288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1517 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  100 
 
 		 276 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  71.22 
 
 		 286 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  73.66 
 
 		 276 aa  396  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  73.28 
 
 		 276 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  65.67 
 
 		 276 aa  359  2e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  65.67 
 
 		 291 aa  360  2e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  65.68 
 
 		 281 aa  357  9e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  66.03 
 
 		 262 aa  348  4e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  56.51 
 
 		 275 aa  308  8e-83  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  53.96 
 
 		 262 aa  278  7e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  51.49 
 
 		 410 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  51 
 
 		 399 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  50.19 
 
 		 279 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.8 
 
 		 398 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.38 
 
 		 271 aa  231  9e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  53.16 
 
 		 248 aa  230  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.43 
 
 		 399 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  52.94 
 
 		 250 aa  226  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50 
 
 		 245 aa  223  3e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  49.79 
 
 		 245 aa  221  8e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  46.61 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.4 
 
 		 281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  49.79 
 
 		 397 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  51.46 
 
 		 261 aa  215  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.06 
 
 		 266 aa  213  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.79 
 
 		 245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.26 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.59 
 
 		 410 aa  207  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  45.38 
 
 		 246 aa  206  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.78 
 
 		 403 aa  205  6e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  47.7 
 
 		 251 aa  202  4e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.35 
 
 		 257 aa  202  6e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  44.81 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.35 
 
 		 249 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.21 
 
 		 258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.99 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  45.57 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.72 
 
 		 248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  45.99 
 
 		 243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.88 
 
 		 258 aa  195  7e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.74 
 
 		 249 aa  179  5.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.69 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  36.17 
 
 		 251 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  33.98 
 
 		 279 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  36.44 
 
 		 251 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  35.27 
 
 		 257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.05 
 
 		 257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  34.82 
 
 		 257 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  37.71 
 
 		 240 aa  129  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.99 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.93 
 
 		 258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  36.13 
 
 		 262 aa  125  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.34 
 
 		 268 aa  125  6e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.48 
 
 		 274 aa  125  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.59 
 
 		 264 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  37.29 
 
 		 240 aa  125  8.000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  34.33 
 
 		 251 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  35.53 
 
 		 260 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.8 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  35.22 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.53 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  36.16 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1602  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.84 
 
 		 245 aa  123  3e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.289024  normal  0.479369 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  35.22 
 
 		 263 aa  123  3e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  36 
 
 		 240 aa  122  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.89 
 
 		 245 aa  122  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  35.08 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  38.08 
 
 		 245 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.77 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  33.76 
 
 		 244 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0974  RNA methyltransferase  34.41 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.48 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  34.82 
 
 		 267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.24 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  34.73 
 
 		 239 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.77 
 
 		 256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  35.12 
 
 		 251 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.19 
 
 		 254 aa  119  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  35.15 
 
 		 239 aa  119  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2433  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.1 
 
 		 231 aa  119  7e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  35.47 
 
 		 257 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.57 
 
 		 266 aa  118  9e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.02 
 
 		 244 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1219  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 252 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.33 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.93 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  32.92 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1245  RNA methyltransferase  33.74 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.22 
 
 		 314 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.5 
 
 		 258 aa  116  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.17 
 
 		 245 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0441  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.92 
 
 		 248 aa  116  5e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.63 
 
 		 289 aa  115  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.2 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  35.11 
 
 		 252 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  34.2 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.23 
 
 		 247 aa  115  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  35.27 
 
 		 240 aa  115  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1843  RNA methyltransferase TrmH family, group 1  35.54 
 
 		 257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.33 
 
 		 278 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>