272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1133 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 253 aa  505  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.08 
 
 		 248 aa  342  2.9999999999999997e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  73.14 
 
 		 251 aa  328  4e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  52.79 
 
 		 243 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  50 
 
 		 262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.5 
 
 		 243 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  51.5 
 
 		 243 aa  231  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  53.16 
 
 		 246 aa  230  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  51.42 
 
 		 262 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.91 
 
 		 249 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.15 
 
 		 266 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  47.15 
 
 		 286 aa  212  4.9999999999999996e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  47.26 
 
 		 276 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.78 
 
 		 258 aa  210  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  44.36 
 
 		 255 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  46.96 
 
 		 261 aa  202  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.69 
 
 		 276 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.87 
 
 		 276 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.1 
 
 		 279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.8 
 
 		 399 aa  197  9e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.54 
 
 		 248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.05 
 
 		 410 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.53 
 
 		 245 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  48.12 
 
 		 250 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  45.53 
 
 		 245 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.38 
 
 		 245 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.86 
 
 		 257 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.53 
 
 		 271 aa  189  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  45.8 
 
 		 399 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.7 
 
 		 398 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.26 
 
 		 281 aa  186  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  44.98 
 
 		 281 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.98 
 
 		 258 aa  186  4e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  43.37 
 
 		 291 aa  185  6e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  43.37 
 
 		 276 aa  185  7e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.54 
 
 		 397 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  42.8 
 
 		 275 aa  179  4.999999999999999e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.26 
 
 		 249 aa  176  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  40.24 
 
 		 298 aa  171  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.28 
 
 		 403 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.17 
 
 		 410 aa  158  8e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 		 258 aa  145  7.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  40.95 
 
 		 245 aa  142  5e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.44 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  38.53 
 
 		 247 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.96 
 
 		 245 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  36.4 
 
 		 251 aa  131  9e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.53 
 
 		 245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.11 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.98 
 
 		 253 aa  129  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0670  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.75 
 
 		 256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.373785  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0819  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.75 
 
 		 256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0412147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.39 
 
 		 245 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.66 
 
 		 254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.87 
 
 		 256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  35.32 
 
 		 246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  35.34 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.45 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.39 
 
 		 245 aa  125  8.000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  34.91 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  38.17 
 
 		 263 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  38.17 
 
 		 263 aa  124  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  37.61 
 
 		 244 aa  124  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  35.19 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.15 
 
 		 274 aa  123  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  35.19 
 
 		 257 aa  122  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  36.29 
 
 		 240 aa  122  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.17 
 
 		 247 aa  122  7e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  34.48 
 
 		 252 aa  122  7e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  35.65 
 
 		 255 aa  122  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  36.71 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  34.76 
 
 		 241 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  34.05 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  35.43 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  35.43 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  36.17 
 
 		 240 aa  118  7e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  34.82 
 
 		 241 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  38.46 
 
 		 262 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  36.02 
 
 		 279 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  36.02 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  35.12 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.27 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  35.44 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.87 
 
 		 244 aa  116  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  35.44 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  35.44 
 
 		 257 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  34.57 
 
 		 254 aa  116  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  36.02 
 
 		 251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  35.12 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.6 
 
 		 241 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  35.39 
 
 		 254 aa  115  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1843  RNA methyltransferase TrmH family, group 1  41.28 
 
 		 257 aa  115  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.19 
 
 		 241 aa  115  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  36.02 
 
 		 241 aa  115  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  35.32 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  35.32 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  35.32 
 
 		 243 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  35.74 
 
 		 240 aa  115  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  35.86 
 
 		 243 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.94 
 
 		 259 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>