More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1738 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  85.14 
 
 		 398 aa  676    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  100 
 
 		 397 aa  805    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  82.12 
 
 		 399 aa  645    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  77.27 
 
 		 410 aa  624  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  76.26 
 
 		 403 aa  571  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  75.89 
 
 		 410 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  72.38 
 
 		 399 aa  528  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  55.86 
 
 		 298 aa  272  6e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  51.5 
 
 		 262 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.24 
 
 		 276 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.86 
 
 		 276 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.33 
 
 		 281 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  47.08 
 
 		 286 aa  238  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  51.41 
 
 		 262 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.71 
 
 		 271 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  52.74 
 
 		 248 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  51.24 
 
 		 250 aa  231  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  49.79 
 
 		 276 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  51.46 
 
 		 261 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.38 
 
 		 245 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.45 
 
 		 279 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.15 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.85 
 
 		 243 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  50.85 
 
 		 243 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  49.15 
 
 		 245 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.77 
 
 		 257 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  50 
 
 		 243 aa  212  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.1 
 
 		 248 aa  212  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  46.18 
 
 		 281 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  46.18 
 
 		 291 aa  210  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  46.18 
 
 		 276 aa  210  5e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.53 
 
 		 249 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.86 
 
 		 258 aa  202  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  45.65 
 
 		 255 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  44.22 
 
 		 275 aa  199  7.999999999999999e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.52 
 
 		 258 aa  198  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  46.81 
 
 		 251 aa  192  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.45 
 
 		 266 aa  190  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.96 
 
 		 253 aa  189  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  45.89 
 
 		 246 aa  189  1e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.51 
 
 		 249 aa  178  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.95 
 
 		 254 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  38.96 
 
 		 247 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  36.09 
 
 		 251 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  36.09 
 
 		 279 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.92 
 
 		 257 aa  133  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  36.09 
 
 		 251 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.8 
 
 		 271 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  37.24 
 
 		 263 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  37.24 
 
 		 263 aa  129  7.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.66 
 
 		 245 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  33.77 
 
 		 257 aa  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  33.77 
 
 		 257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  36.36 
 
 		 251 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  39.57 
 
 		 241 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.22 
 
 		 258 aa  127  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  39.15 
 
 		 241 aa  126  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  38.59 
 
 		 254 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  38.08 
 
 		 254 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  35.02 
 
 		 262 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.38 
 
 		 268 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  35.15 
 
 		 251 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  39.15 
 
 		 241 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  39.15 
 
 		 241 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.96 
 
 		 248 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.01 
 
 		 264 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  32.34 
 
 		 246 aa  124  4e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.57 
 
 		 256 aa  123  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.03 
 
 		 258 aa  123  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.82 
 
 		 245 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.74 
 
 		 246 aa  123  7e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  36.36 
 
 		 252 aa  122  9e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.48 
 
 		 256 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  37.02 
 
 		 241 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  37.07 
 
 		 244 aa  120  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  33.09 
 
 		 287 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 240 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.62 
 
 		 266 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  33.33 
 
 		 261 aa  119  7.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1301  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.93 
 
 		 249 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.375594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  35 
 
 		 254 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  32.64 
 
 		 260 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 241 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  34.17 
 
 		 244 aa  117  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.47 
 
 		 244 aa  117  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  36.64 
 
 		 242 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  36.64 
 
 		 242 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.64 
 
 		 242 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  33.05 
 
 		 260 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  34.44 
 
 		 243 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  36.64 
 
 		 242 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  34.98 
 
 		 245 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  34.71 
 
 		 243 aa  116  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  34.71 
 
 		 243 aa  116  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  34.71 
 
 		 243 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.33 
 
 		 245 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  36.13 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3565  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.2 
 
 		 243 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  34.71 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  34.71 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>