More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0420 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 258 aa  524  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  77.17 
 
 		 257 aa  408  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  56.56 
 
 		 279 aa  275  4e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  53.72 
 
 		 262 aa  242  5e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.74 
 
 		 266 aa  223  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.87 
 
 		 399 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  45.3 
 
 		 243 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.3 
 
 		 243 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  45.3 
 
 		 243 aa  202  5e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.54 
 
 		 410 aa  201  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  44.67 
 
 		 286 aa  201  7e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  43.62 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  44.21 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  44.66 
 
 		 262 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.96 
 
 		 398 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  44.96 
 
 		 281 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.53 
 
 		 276 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  46.64 
 
 		 399 aa  194  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.12 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  45.02 
 
 		 276 aa  192  4e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  45.02 
 
 		 291 aa  192  4e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.17 
 
 		 249 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.62 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  42.62 
 
 		 298 aa  188  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.49 
 
 		 248 aa  187  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  44.17 
 
 		 246 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.88 
 
 		 248 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  44.9 
 
 		 250 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.98 
 
 		 253 aa  186  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.86 
 
 		 397 aa  185  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  41 
 
 		 275 aa  185  6e-46  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.94 
 
 		 271 aa  182  6e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  42.92 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.44 
 
 		 410 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.61 
 
 		 403 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  42.5 
 
 		 245 aa  178  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  41.83 
 
 		 261 aa  175  7e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.04 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.18 
 
 		 249 aa  171  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  41.67 
 
 		 251 aa  170  3e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.39 
 
 		 281 aa  166  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.5 
 
 		 258 aa  129  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  36.63 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.1 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.83 
 
 		 247 aa  126  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.96 
 
 		 254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  36.44 
 
 		 251 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  34.89 
 
 		 263 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  34.89 
 
 		 263 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  31.93 
 
 		 246 aa  123  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  36.02 
 
 		 251 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  34.19 
 
 		 257 aa  122  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1245  RNA methyltransferase  36.91 
 
 		 260 aa  122  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  36.48 
 
 		 262 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  34.19 
 
 		 257 aa  122  7e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  36.02 
 
 		 279 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  37.61 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  37.61 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.48 
 
 		 264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  34.89 
 
 		 247 aa  116  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  36.99 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0670  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.14 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.373785  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0819  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.14 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0412147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  35.19 
 
 		 240 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  36.18 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.02 
 
 		 274 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.27 
 
 		 256 aa  112  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  33.91 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0463  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.96 
 
 		 256 aa  110  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.74203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.76 
 
 		 271 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  33.73 
 
 		 240 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  34.58 
 
 		 244 aa  109  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  34.98 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  34.02 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 		 258 aa  107  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  33.61 
 
 		 254 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  33.19 
 
 		 267 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.56 
 
 		 289 aa  105  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  33.07 
 
 		 287 aa  105  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  32.77 
 
 		 249 aa  105  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.62 
 
 		 254 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1297  RNA methyltransferase  33.19 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.69308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  32.49 
 
 		 260 aa  103  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.73 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  33.89 
 
 		 241 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  33.9 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  34.73 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  31.51 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  33.9 
 
 		 241 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  34.76 
 
 		 241 aa  102  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  30.33 
 
 		 244 aa  102  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.06 
 
 		 245 aa  102  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2076  RNA methyltransferase  32.62 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.780076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1219  RNA methyltransferase  35.09 
 
 		 252 aa  102  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  34.03 
 
 		 241 aa  102  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.9 
 
 		 267 aa  102  7e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  34.66 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.5 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.4 
 
 		 259 aa  100  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  31.09 
 
 		 251 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>