282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1219 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1219  RNA methyltransferase  100 
 
 		 252 aa  511  1e-144  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2840  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  74.24 
 
 		 239 aa  339  2.9999999999999998e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.261142  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3565  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  68.09 
 
 		 243 aa  325  5e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3292  RNA methyltransferase TrmH, group 1  61.33 
 
 		 268 aa  317  9e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.911818  normal  0.434355 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1046  RNA methyltransferase  60.15 
 
 		 264 aa  308  5e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0448584 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0964  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  61.11 
 
 		 264 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301761  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.32 
 
 		 311 aa  301  7.000000000000001e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0754104  normal  0.0118595 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2075  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.88 
 
 		 277 aa  297  1e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0447009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4249  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.3 
 
 		 266 aa  293  2e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0580338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2310  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.13 
 
 		 275 aa  292  4e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222945 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2891  RNA methyltransferase TrmH, group 1  58.17 
 
 		 286 aa  292  4e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  49.79 
 
 		 289 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  49.79 
 
 		 289 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  48.16 
 
 		 273 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  49.61 
 
 		 287 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  48.16 
 
 		 273 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  50.21 
 
 		 314 aa  208  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.95 
 
 		 289 aa  208  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.79 
 
 		 278 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1096  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.21 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1002  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.21 
 
 		 282 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122177  normal  0.0864264 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.79 
 
 		 353 aa  205  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  48.55 
 
 		 276 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  48.74 
 
 		 289 aa  203  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  50.85 
 
 		 289 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2552  RNA methyltransferase  50.43 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2688  RNA methyltransferase  50.43 
 
 		 346 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2604  RNA methyltransferase  50 
 
 		 311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1663  RNA methyltransferase  50 
 
 		 306 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3150  RNA methyltransferase  50 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1440  RNA methyltransferase  50 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.302799  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2167  RNA methyltransferase  50 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1079  RNA methyltransferase TrmH  47.76 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1935  RNA methyltransferase  50.43 
 
 		 338 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136994  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  44.64 
 
 		 251 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  44.64 
 
 		 279 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  44.21 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  44.4 
 
 		 257 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.93 
 
 		 267 aa  177  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.14 
 
 		 257 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.05 
 
 		 251 aa  176  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0853  RNA methyltransferase  40.85 
 
 		 250 aa  176  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  43.83 
 
 		 251 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.36 
 
 		 258 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  41.8 
 
 		 254 aa  175  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  41.67 
 
 		 257 aa  175  7e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  41.23 
 
 		 257 aa  174  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  41.63 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  43.57 
 
 		 308 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.46 
 
 		 254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0985  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 		 250 aa  171  7.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.223489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  44.05 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  43.57 
 
 		 262 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.38 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  43.61 
 
 		 240 aa  166  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.29 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  39.22 
 
 		 239 aa  158  8e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  39.83 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.48 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.44 
 
 		 274 aa  156  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  39.57 
 
 		 244 aa  155  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.06 
 
 		 247 aa  155  8e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.7 
 
 		 249 aa  154  9e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0819  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  42.39 
 
 		 256 aa  153  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0412147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0670  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  42.39 
 
 		 256 aa  153  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.373785  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0715  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  37.24 
 
 		 242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  40.17 
 
 		 241 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  41.2 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  41.2 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  41.2 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  36.64 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  41.2 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  41.2 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  41.2 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  41.2 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  41.2 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.74 
 
 		 241 aa  152  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  41.2 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  39.57 
 
 		 243 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  38.82 
 
 		 287 aa  151  8.999999999999999e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  39.91 
 
 		 243 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.32 
 
 		 241 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  35.8 
 
 		 254 aa  151  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  38.7 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  39.91 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  39.91 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  39.39 
 
 		 257 aa  149  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  39.39 
 
 		 257 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  39.39 
 
 		 257 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  40.35 
 
 		 241 aa  149  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  39.48 
 
 		 243 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  39.17 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.11 
 
 		 259 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  37.24 
 
 		 242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  38.24 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.24 
 
 		 242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  39.74 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.46 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  39.57 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  39.3 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>