263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2891 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2891  RNA methyltransferase TrmH, group 1  100 
 
 		 286 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3292  RNA methyltransferase TrmH, group 1  69.23 
 
 		 268 aa  384  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.911818  normal  0.434355 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0964  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  71.79 
 
 		 264 aa  385  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301761  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2310  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  71.17 
 
 		 275 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222945 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1046  RNA methyltransferase  71.43 
 
 		 264 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0448584 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2075  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  72.32 
 
 		 277 aa  374  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0447009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69 
 
 		 311 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0754104  normal  0.0118595 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3565  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  69.29 
 
 		 243 aa  360  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4249  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.41 
 
 		 266 aa  348  5e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0580338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1219  RNA methyltransferase  58.24 
 
 		 252 aa  289  4e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2840  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  56.55 
 
 		 239 aa  278  6e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.261142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.55 
 
 		 314 aa  206  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1002  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.17 
 
 		 282 aa  202  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122177  normal  0.0864264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1096  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.55 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  43.25 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1079  RNA methyltransferase TrmH  43.26 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.24 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  42.24 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  42.03 
 
 		 273 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  41.37 
 
 		 289 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  40.93 
 
 		 276 aa  189  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  41.94 
 
 		 273 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  41.73 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.86 
 
 		 278 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  42.5 
 
 		 353 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1663  RNA methyltransferase  43.01 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2604  RNA methyltransferase  43.01 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3150  RNA methyltransferase  43.01 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2552  RNA methyltransferase  43.17 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  41.73 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1440  RNA methyltransferase  43.01 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.302799  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2167  RNA methyltransferase  43.01 
 
 		 303 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2688  RNA methyltransferase  43.01 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1935  RNA methyltransferase  43.01 
 
 		 338 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136994  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  40.29 
 
 		 279 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  40.29 
 
 		 251 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  40.65 
 
 		 251 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.14 
 
 		 258 aa  169  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.58 
 
 		 264 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  39.93 
 
 		 251 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  39.48 
 
 		 262 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.15 
 
 		 257 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  38.79 
 
 		 257 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  37.55 
 
 		 240 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.49 
 
 		 254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  38.43 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.49 
 
 		 251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.33 
 
 		 254 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.6 
 
 		 267 aa  161  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0853  RNA methyltransferase  35.93 
 
 		 250 aa  157  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0985  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.56 
 
 		 250 aa  156  4e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.223489  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  36.54 
 
 		 257 aa  156  4e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  36.54 
 
 		 257 aa  155  6e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  38.01 
 
 		 244 aa  155  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  37.87 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.87 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  37.87 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  37.87 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  37.87 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  37.87 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.87 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.87 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  37.87 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.69 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  39.31 
 
 		 240 aa  152  7e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  37.13 
 
 		 243 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  37.13 
 
 		 243 aa  152  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  37.13 
 
 		 243 aa  151  8.999999999999999e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  36.76 
 
 		 243 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  36.06 
 
 		 244 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  36.76 
 
 		 243 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  35 
 
 		 241 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  38.93 
 
 		 240 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  37.97 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  37.59 
 
 		 263 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  34.66 
 
 		 254 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.81 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.67 
 
 		 249 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.24 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  34.39 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.57 
 
 		 241 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  34.39 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  34.39 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004362  tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase  34.09 
 
 		 239 aa  142  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00237949  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.82 
 
 		 244 aa  142  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.4 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0715  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  33.46 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  36.07 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  33.58 
 
 		 241 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  32.73 
 
 		 254 aa  140  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.83 
 
 		 245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  32.46 
 
 		 252 aa  139  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  34.42 
 
 		 261 aa  139  7e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  30.72 
 
 		 267 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  33.69 
 
 		 254 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.02 
 
 		 256 aa  139  7e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  34.09 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  32.95 
 
 		 241 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  33.58 
 
 		 240 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  32.95 
 
 		 241 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>