273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1002 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1002  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  100 
 
 		 282 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122177  normal  0.0864264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1096  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  94.68 
 
 		 294 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  89.21 
 
 		 287 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1079  RNA methyltransferase TrmH  68.8 
 
 		 289 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  67.89 
 
 		 314 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  59.51 
 
 		 273 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  58.94 
 
 		 273 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  58.47 
 
 		 289 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  58.47 
 
 		 289 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  54.61 
 
 		 289 aa  266  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  58.94 
 
 		 276 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  55.26 
 
 		 353 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  58.87 
 
 		 289 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  55.85 
 
 		 278 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  57.14 
 
 		 289 aa  250  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1935  RNA methyltransferase  58.13 
 
 		 338 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2688  RNA methyltransferase  57.32 
 
 		 346 aa  242  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1663  RNA methyltransferase  57.32 
 
 		 306 aa  241  9e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2604  RNA methyltransferase  57.32 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1440  RNA methyltransferase  57.32 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.302799  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3150  RNA methyltransferase  57.32 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2167  RNA methyltransferase  57.32 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2552  RNA methyltransferase  56.91 
 
 		 303 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0964  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  52.11 
 
 		 264 aa  227  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301761  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1046  RNA methyltransferase  52.11 
 
 		 264 aa  227  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0448584 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  50 
 
 		 251 aa  219  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.24 
 
 		 311 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0754104  normal  0.0118595 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4249  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.76 
 
 		 266 aa  216  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0580338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3565  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  49.59 
 
 		 243 aa  215  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2840  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  51.43 
 
 		 239 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.261142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  49.79 
 
 		 251 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3292  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.52 
 
 		 268 aa  211  7.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.911818  normal  0.434355 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2891  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.33 
 
 		 286 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2310  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.8 
 
 		 275 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222945 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1219  RNA methyltransferase  50.84 
 
 		 252 aa  207  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  47.27 
 
 		 279 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2075  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.49 
 
 		 277 aa  206  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0447009  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  49.58 
 
 		 251 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  47.13 
 
 		 257 aa  206  4e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  47.13 
 
 		 257 aa  205  7e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  47.33 
 
 		 257 aa  205  7e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  49.58 
 
 		 251 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0853  RNA methyltransferase  47.86 
 
 		 250 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  46.91 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.64 
 
 		 254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0985  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.24 
 
 		 250 aa  196  5.000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.223489  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.89 
 
 		 257 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  45.56 
 
 		 262 aa  192  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.92 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  43.36 
 
 		 244 aa  188  7e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.46 
 
 		 267 aa  188  8e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  45.31 
 
 		 254 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.4 
 
 		 258 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  44.67 
 
 		 243 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  45.49 
 
 		 246 aa  185  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  44.03 
 
 		 244 aa  185  7e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  45.49 
 
 		 245 aa  185  7e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.49 
 
 		 245 aa  185  7e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  45.12 
 
 		 243 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  45.49 
 
 		 246 aa  185  8e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.49 
 
 		 246 aa  185  8e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.49 
 
 		 246 aa  185  8e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  45.49 
 
 		 246 aa  185  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  45.49 
 
 		 246 aa  185  8e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  45.49 
 
 		 246 aa  185  8e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  44.67 
 
 		 243 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  44.67 
 
 		 243 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.03 
 
 		 241 aa  185  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.35 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  44.72 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.03 
 
 		 241 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  44.26 
 
 		 243 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.4 
 
 		 274 aa  183  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  47.06 
 
 		 240 aa  182  5.0000000000000004e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  44.66 
 
 		 256 aa  182  6e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  42.06 
 
 		 246 aa  182  8.000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  44.4 
 
 		 252 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  44.35 
 
 		 241 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  44.35 
 
 		 257 aa  180  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.75 
 
 		 247 aa  180  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  44.35 
 
 		 257 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  44.35 
 
 		 257 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  41.11 
 
 		 249 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  46.64 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  43.8 
 
 		 241 aa  179  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  43.5 
 
 		 254 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  44.03 
 
 		 241 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.08 
 
 		 245 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  43.21 
 
 		 241 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  44.03 
 
 		 241 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  42.26 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  42.45 
 
 		 240 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  44.03 
 
 		 241 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  43.8 
 
 		 242 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.8 
 
 		 242 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  43.8 
 
 		 242 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  43.39 
 
 		 242 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  43.57 
 
 		 240 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45 
 
 		 247 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  41.42 
 
 		 254 aa  172  5e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>