261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2310 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2310  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 275 aa  561  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.222945 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0964  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  73.84 
 
 		 264 aa  407  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.301761  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1046  RNA methyltransferase  73.12 
 
 		 264 aa  404  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0448584 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2891  RNA methyltransferase TrmH, group 1  71.17 
 
 		 286 aa  384  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3292  RNA methyltransferase TrmH, group 1  70.79 
 
 		 268 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.911818  normal  0.434355 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2075  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  68.06 
 
 		 277 aa  375  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0447009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1381  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.88 
 
 		 311 aa  368  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0754104  normal  0.0118595 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4249  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.87 
 
 		 266 aa  355  5.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0580338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3565  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  64.79 
 
 		 243 aa  338  5e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1219  RNA methyltransferase  55.17 
 
 		 252 aa  288  5.0000000000000004e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2840  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  55.06 
 
 		 239 aa  278  6e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.261142  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  45.29 
 
 		 287 aa  203  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1096  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.21 
 
 		 294 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.477555 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1002  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.1 
 
 		 282 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.122177  normal  0.0864264 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1079  RNA methyltransferase TrmH  43.86 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.179328 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  42.91 
 
 		 314 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.36 
 
 		 278 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  44.32 
 
 		 273 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.01 
 
 		 289 aa  185  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  43.96 
 
 		 273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.17 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  41.4 
 
 		 353 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  43.17 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  43.59 
 
 		 276 aa  182  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  42.44 
 
 		 289 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1935  RNA methyltransferase  42.75 
 
 		 338 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136994  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  41.58 
 
 		 289 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0853  RNA methyltransferase  41.11 
 
 		 250 aa  171  9e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3150  RNA methyltransferase  41.61 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2604  RNA methyltransferase  41.61 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1440  RNA methyltransferase  41.61 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.302799  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2167  RNA methyltransferase  41.61 
 
 		 303 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1663  RNA methyltransferase  41.61 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2552  RNA methyltransferase  41.24 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2688  RNA methyltransferase  41.24 
 
 		 346 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0985  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40 
 
 		 250 aa  165  8e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.223489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0812  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.21 
 
 		 251 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000476063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.06 
 
 		 254 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  36.3 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  37.59 
 
 		 251 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0673  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.63 
 
 		 267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000736147  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  37.59 
 
 		 279 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.29 
 
 		 257 aa  152  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3629  RNA methyltransferase  36.43 
 
 		 244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  37.86 
 
 		 251 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  36.79 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.18 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  36.76 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.55 
 
 		 264 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2786  RNA methyltransferase  35.02 
 
 		 243 aa  148  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000395932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  38.04 
 
 		 262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1279  RNA methyltransferase  36.74 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2700  RNA methyltransferase  35.02 
 
 		 243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000906061  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2807  RNA methyltransferase  35.02 
 
 		 243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0201876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.7 
 
 		 256 aa  147  3e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3029  RNA methyltransferase  35.66 
 
 		 244 aa  146  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1296  putative methyltransferase  36.4 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2920  RNA methyltransferase  34.66 
 
 		 243 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0175386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.97 
 
 		 254 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2745  RNA methyltransferase  34.66 
 
 		 243 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00735302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1242  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.93 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.626014  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02424  predicted methyltransferase  34.17 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.438411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1136  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.17 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.631773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2685  RNA methyltransferase  34.17 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0309108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2684  RNA methyltransferase  34.17 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000664328  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1230  rRNA methylase, SpoU family  36.36 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.420687  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2907  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.17 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000722285  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3764  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.17 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000603217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2817  RNA methyltransferase  34.17 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000707701  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02388  hypothetical protein  34.17 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.373948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1145  RNA methyltransferase  34.17 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0763368  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3033  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.56 
 
 		 241 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0996868  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0437  RNA methyltransferase  35.25 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.293753  hitchhiker  0.0000675678 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.9 
 
 		 258 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1166  RNA methyltransferase  35.25 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000032697  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1274  RNA methyltransferase  35.25 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  33.21 
 
 		 257 aa  142  5e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  32.84 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.46 
 
 		 249 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0245796  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2753  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.33 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0620173  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1646  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.58 
 
 		 247 aa  140  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1119  RNA methyltransferase  35.79 
 
 		 287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37 
 
 		 268 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000217405  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.36 
 
 		 256 aa  135  8e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  36.84 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  36.84 
 
 		 263 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36 
 
 		 274 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  32.84 
 
 		 241 aa  133  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  36.76 
 
 		 247 aa  132  5e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.69 
 
 		 246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  33.21 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  31.12 
 
 		 254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  30.97 
 
 		 241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  30.97 
 
 		 241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  32.33 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01053  rRNA methylase  29.85 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  31.6 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  30.6 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01352  putative tRNA/rRNA methyltransferase (trmH family) protein  32.47 
 
 		 261 aa  126  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0228097  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  30.36 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>