272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3810 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  100 
 
 		 243 aa  494  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  97.53 
 
 		 243 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  97.53 
 
 		 243 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  71.43 
 
 		 255 aa  351  7e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.66 
 
 		 258 aa  342  2.9999999999999997e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  65.56 
 
 		 249 aa  330  1e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  65.42 
 
 		 246 aa  308  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  56.09 
 
 		 262 aa  253  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.79 
 
 		 253 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  51.27 
 
 		 251 aa  218  8.999999999999998e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.93 
 
 		 279 aa  215  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50 
 
 		 399 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.16 
 
 		 248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  50 
 
 		 410 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.43 
 
 		 398 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  47.83 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  47.26 
 
 		 286 aa  203  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.3 
 
 		 258 aa  202  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.4 
 
 		 257 aa  201  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.67 
 
 		 276 aa  201  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  48.72 
 
 		 399 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  49.15 
 
 		 250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  46.67 
 
 		 276 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  50.21 
 
 		 248 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.44 
 
 		 266 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  47.15 
 
 		 261 aa  198  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  45.57 
 
 		 276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  50 
 
 		 397 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.19 
 
 		 249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  47.33 
 
 		 245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  45.38 
 
 		 245 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.78 
 
 		 245 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  50.21 
 
 		 403 aa  194  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.52 
 
 		 271 aa  189  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  46.15 
 
 		 262 aa  188  7e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  47.68 
 
 		 410 aa  186  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.64 
 
 		 281 aa  180  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  43.16 
 
 		 281 aa  178  8e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  42.31 
 
 		 276 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  42.31 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  40.17 
 
 		 275 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39.42 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  39.42 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  37.3 
 
 		 276 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5390  RNA methyltransferase TrmH, group 1  39 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.43 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  37.55 
 
 		 273 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2874  RNA methyltransferase  38.37 
 
 		 254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.718962  hitchhiker  0.0000000232974 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1990  RNA methyltransferase TrmH, group 1  38.56 
 
 		 254 aa  135  5e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal  0.905028 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  37.65 
 
 		 273 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2517  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.55 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127237  hitchhiker  0.00000580733 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  36.21 
 
 		 251 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  36.44 
 
 		 279 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4615  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.29 
 
 		 264 aa  132  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00452302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  36.21 
 
 		 251 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1773  RNA methyltransferase  37.65 
 
 		 254 aa  131  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.12594  hitchhiker  0.00165952 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1620  RNA methyltransferase TrmH, group 1  37.3 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.298646 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1485  RNA methyltransferase  36.1 
 
 		 254 aa  129  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0403715  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2103  RNA methyltransferase  39 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.247201 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2552  RNA methyltransferase  38.37 
 
 		 303 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.13 
 
 		 257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1663  RNA methyltransferase  38.37 
 
 		 306 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2688  RNA methyltransferase  38.37 
 
 		 346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3150  RNA methyltransferase  38.37 
 
 		 303 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2604  RNA methyltransferase  38.37 
 
 		 311 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1440  RNA methyltransferase  38.37 
 
 		 303 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.302799  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2320  RNA methyltransferase  34.93 
 
 		 252 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000515226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2167  RNA methyltransferase  38.37 
 
 		 303 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0985  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 		 250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.223489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.86 
 
 		 254 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1197  RNA methyltransferase  37.86 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0280134 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2505  RNA methyltransferase  35.62 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000223047  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2389  RNA methyltransferase  35.62 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000450659  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1958  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.62 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144903  hitchhiker  0.00948062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2261  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 241 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1935  RNA methyltransferase  38.43 
 
 		 338 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136994  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2427  RNA methyltransferase  34.71 
 
 		 240 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.25 
 
 		 254 aa  123  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1455  RNA methyltransferase TrmH, group 1  33.33 
 
 		 259 aa  123  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000119002  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2400  RNA methyltransferase  35.62 
 
 		 242 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000262197  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.45 
 
 		 258 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1736  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000887935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1816  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00001341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  35.83 
 
 		 241 aa  122  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2283  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 241 aa  122  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000130955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0853  RNA methyltransferase  33.89 
 
 		 250 aa  122  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1411  RNA methyltransferase  36.6 
 
 		 267 aa  122  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.993978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.18 
 
 		 258 aa  122  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2624  RNA methyltransferase  35.39 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  32.63 
 
 		 257 aa  120  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  32.63 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  35.29 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2152  RNA methyltransferase  34.89 
 
 		 241 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0159142  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  35.19 
 
 		 245 aa  119  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1290  RNA methyltransferase  34.75 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0442169  normal  0.0143019 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0492  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  33.19 
 
 		 253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14690  putative methyltransferase  36.13 
 
 		 257 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  34.91 
 
 		 251 aa  118  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.32 
 
 		 245 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1407  RNA methyltransferase TrmH, group 1  32.91 
 
 		 243 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>