277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0788 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0788  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 248 aa  498  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0987211  normal  0.0803398 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1133  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  70.08 
 
 		 253 aa  342  2.9999999999999997e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2243  tRNA/rRNA methyltransferase  66.94 
 
 		 251 aa  296  3e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.425244  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2581  RNA methyltransferase  49.37 
 
 		 262 aa  228  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0271019  normal  0.93463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  48.97 
 
 		 399 aa  222  4e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1336  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.53 
 
 		 249 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3698  RNA methyltransferase  50.58 
 
 		 246 aa  220  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.274562  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3810  hypothetical protein  49.16 
 
 		 243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0410022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.52 
 
 		 398 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3829  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.58 
 
 		 243 aa  211  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.542381  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3522  RNA methyltransferase  49.58 
 
 		 243 aa  211  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0833085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0696  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.59 
 
 		 279 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45.04 
 
 		 410 aa  205  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1915  tRNA/rRNA methyltransferase  45.53 
 
 		 286 aa  203  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  48.1 
 
 		 397 aa  201  8e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3522  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.68 
 
 		 266 aa  201  9e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.391338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2433  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.47 
 
 		 258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.127939  normal  0.10084 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1517  RNA methyltransferase  44.72 
 
 		 276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.9954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  46.84 
 
 		 399 aa  195  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5766  RNA methyltransferase  45.57 
 
 		 261 aa  193  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1268  RNA methyltransferase  46.86 
 
 		 262 aa  192  6e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.681367  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1513  putative tRNA/rRNA methyltransferase  42.68 
 
 		 255 aa  191  7e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217497  normal  0.686219 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1950  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.67 
 
 		 276 aa  191  9e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168874  normal  0.372622 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2161  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  43.67 
 
 		 276 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0486585  normal  0.265451 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4570  RNA methyltransferase  45.08 
 
 		 298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0223529  normal  0.0756262 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3468  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.63 
 
 		 245 aa  188  7e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.19102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3341  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  45.9 
 
 		 245 aa  188  9e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2632  RNA methyltransferase  44.31 
 
 		 250 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3144  RNA methyltransferase  44.21 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.317738  normal  0.930486 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0420  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.49 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.674451  normal  0.0345812 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  44.67 
 
 		 248 aa  185  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695937  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.94 
 
 		 271 aa  184  8e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.277848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  46.41 
 
 		 403 aa  184  9e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1403  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.32 
 
 		 257 aa  182  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1995  RNA methyltransferase  42.08 
 
 		 281 aa  181  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.720646  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1196  RNA methyltransferase  40.93 
 
 		 276 aa  179  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1158  RNA methyltransferase  40.83 
 
 		 291 aa  179  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.04 
 
 		 249 aa  176  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0828  RNA methyltransferase  42.68 
 
 		 275 aa  176  4e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151565  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  43.39 
 
 		 410 aa  171  9e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0394  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.97 
 
 		 281 aa  169  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1635  tRNA/rRNA methyltransferase  37.6 
 
 		 263 aa  131  9e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0827  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.53 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.293121 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1578  RNA methyltransferase  37.2 
 
 		 263 aa  130  3e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373161  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2030  RNA methyltransferase  38.96 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.433712  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2846  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.95 
 
 		 274 aa  125  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2705  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  38.08 
 
 		 253 aa  125  8.000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1550  RNA methyltransferase  35.5 
 
 		 244 aa  124  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0671761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1258  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.37 
 
 		 245 aa  123  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00338281  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  36.36 
 
 		 256 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000875813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0279  tRNA/rRNA methyltransferase  32.5 
 
 		 246 aa  117  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2161  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.95 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00198375  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1155  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.29 
 
 		 266 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.043355 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1420  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.74 
 
 		 257 aa  115  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1571  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.62 
 
 		 258 aa  115  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2610  RNA methyltransferase  34.76 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2687  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.06 
 
 		 245 aa  113  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.491891  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0645  RNA methyltransferase  33.76 
 
 		 251 aa  113  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0451004  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1129  RNA methyltransferase  34.25 
 
 		 273 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4339  RNA methyltransferase  35.25 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160755 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1234  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.85 
 
 		 254 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.600347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1396  RNA methyltransferase  36.75 
 
 		 276 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.901296  hitchhiker  0.00503729 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2949  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.46 
 
 		 239 aa  112  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.226864 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1552  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.06 
 
 		 245 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140105 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1369  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.32 
 
 		 248 aa  111  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000282911  hitchhiker  0.0000077591 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1711  hypothetical protein  32.35 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1711  hypothetical protein  32.35 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2746  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  37.08 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.504131  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00387  tRNA/rRNA methyltransferase  38.14 
 
 		 228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.344075  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1116  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.57 
 
 		 314 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2062  tRNA/rRNA methyltransferase, TrmH family, group 1  34.29 
 
 		 247 aa  108  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.260682  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1682  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.58 
 
 		 254 aa  108  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1935  RNA methyltransferase  36.21 
 
 		 338 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136994  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1475  RNA methyltransferase  33.05 
 
 		 255 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3514  RNA methyltransferase  34.84 
 
 		 262 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40430  RNA methyltransferase TrmH, group 1  34.26 
 
 		 258 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.573027  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1843  RNA methyltransferase TrmH family, group 1  39.17 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.56 
 
 		 225 aa  108  1e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0869  RNA methyltransferase  33.61 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.164985  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2187  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  30.92 
 
 		 271 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0839  RNA methyltransferase  33.61 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.742035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1322  RNA methyltransferase  33.75 
 
 		 254 aa  106  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000628419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2604  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2552  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 303 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5993  RNA methyltransferase TrmH, group 1  35.37 
 
 		 289 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2084  RNA methyltransferase  35.37 
 
 		 289 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00462385  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1663  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 306 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1440  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 303 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.302799  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2167  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 303 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3150  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 303 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2688  RNA methyltransferase  35.78 
 
 		 346 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1161  putative tRNA/rRNA methyltransferase protein  34.45 
 
 		 287 aa  105  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.325888 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1235  RNA methyltransferase  30.96 
 
 		 241 aa  105  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.207917  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0670  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.02 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.373785  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2281  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.39 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0794239  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2119  RNA methyltransferase  34.55 
 
 		 273 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0819  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  35.02 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0412147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3506  RNA methyltransferase  30.96 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.899672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1989  RNA methyltransferase  34.55 
 
 		 273 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.418465 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0882  RNA methyltransferase  33.47 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00955273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>