More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4947 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4947  YjeF-related protein  100 
 
 
496 aa  974    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0567  hypothetical protein  87.7 
 
 
496 aa  804    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0630  carbohydrate kinase, YjeF related protein  67.87 
 
 
499 aa  632  1e-180  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0518  hypothetical protein  72.29 
 
 
499 aa  629  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125953  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65390  hypothetical protein  66.67 
 
 
502 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5678  hypothetical protein  66.67 
 
 
502 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07490  YjeF-related, C-terminal carbohydrate kinase domain-containing protein  69.68 
 
 
500 aa  582  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0339  hypothetical protein  44.35 
 
 
498 aa  372  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00480998  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0892  carbohydrate kinase, YjeF related protein  48.17 
 
 
490 aa  372  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177662  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1272  hypothetical protein  52.49 
 
 
496 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1229  putative carbohydrate kinase  42.77 
 
 
488 aa  347  3e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2774  carbohydrate kinase, YjeF related protein  44.06 
 
 
520 aa  345  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.966522  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00644  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.42 
 
 
499 aa  343  2.9999999999999997e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1191  sugar kinase  42.77 
 
 
486 aa  343  4e-93  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4775  carbohydrate kinase, YjeF related protein  59.6 
 
 
307 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686463  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3243  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.85 
 
 
502 aa  342  8e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0426  hypothetical protein  46.49 
 
 
462 aa  342  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000379244  hitchhiker  0.000000929429 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1301  YjeF-related protein  48.19 
 
 
436 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4899  carbohydrate kinase, YjeF related protein  61.57 
 
 
286 aa  340  5e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2672  ribosomal protein S15  44.8 
 
 
500 aa  338  9.999999999999999e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4951  carbohydrate kinase, YjeF related protein  58.92 
 
 
307 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.479254  normal  0.232956 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3973  carbohydrate kinase, YjeF related protein  42.28 
 
 
504 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0568  carbohydrate kinase, YjeF related protein  47.42 
 
 
492 aa  336  5.999999999999999e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000379756 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2084  hypothetical protein  47.11 
 
 
496 aa  334  2e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3726  hypothetical protein  41.92 
 
 
514 aa  332  7.000000000000001e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2005  carbohydrate kinase, YjeF related protein  47.11 
 
 
496 aa  332  1e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0530  hypothetical protein  44.01 
 
 
503 aa  330  3e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0814299  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3804  hypothetical protein  41.85 
 
 
504 aa  330  4e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026757  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4690  carbohydrate kinase, YjeF related protein  64.26 
 
 
286 aa  330  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.993931  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0704  hypothetical protein  41.65 
 
 
504 aa  329  7e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000056197  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3658  hypothetical protein  41.85 
 
 
504 aa  328  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233957  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4724  hypothetical protein  40.85 
 
 
515 aa  327  3e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000041383  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4408  hypothetical protein  40.85 
 
 
515 aa  327  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000123487  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4752  hypothetical protein  42.45 
 
 
514 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0825058  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0350  hypothetical protein  40.88 
 
 
508 aa  326  5e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00103587  hitchhiker  0.0000473112 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04034  predicted carbohydrate kinase  42.04 
 
 
515 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00166005  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03996  hypothetical protein  42.04 
 
 
515 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000718963  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3846  hypothetical protein  40.88 
 
 
510 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000624619  hitchhiker  0.00000292473 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4638  hypothetical protein  40.44 
 
 
510 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000291773  normal  0.0355337 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3826  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.88 
 
 
515 aa  325  9e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000026579  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4633  hypothetical protein  42.45 
 
 
514 aa  325  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000149389  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5683  hypothetical protein  40.64 
 
 
510 aa  325  9e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000899207  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4773  hypothetical protein  42.45 
 
 
514 aa  325  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0676995 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4716  hypothetical protein  42.45 
 
 
514 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0539354  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4698  hypothetical protein  40.68 
 
 
515 aa  325  1e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000112402  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4623  hypothetical protein  42.45 
 
 
514 aa  325  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3924  hypothetical protein  41.97 
 
 
510 aa  323  5e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00146397  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000472  YjeF protein  41.97 
 
 
513 aa  320  3e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06226  sugar kinase  41.8 
 
 
512 aa  316  8e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3545  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.4 
 
 
492 aa  311  1e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0487  hypothetical protein  42.14 
 
 
513 aa  310  5e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000620084  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00413  YjeF family protein  43.7 
 
 
495 aa  309  9e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3898  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.29 
 
 
494 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000196302  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3715  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.88 
 
 
494 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0553  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.88 
 
 
494 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000595011  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3772  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.88 
 
 
494 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00405966  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0593  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.46 
 
 
499 aa  300  5e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.320661  hitchhiker  0.00000405423 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1084  hypothetical protein  39.28 
 
 
494 aa  300  5e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.387482  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0592  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.46 
 
 
499 aa  299  6e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000415893 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0598  yjeF protein  41.38 
 
 
499 aa  299  8e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0561  carbohydrate kinase, YjeF-related protein  40.84 
 
 
492 aa  298  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0026662  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3437  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.26 
 
 
499 aa  298  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.446111  normal  0.221498 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0792  carbohydrate kinase, YjeF-related protein  37.83 
 
 
492 aa  298  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0035803 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2755  hypothetical protein  40.53 
 
 
493 aa  298  2e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2628  hypothetical protein  40.33 
 
 
493 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3285  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.27 
 
 
499 aa  292  8e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00260957  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3030  YjeF protein  40.88 
 
 
496 aa  292  8e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2757  carbohydrate kinase, YjeF related protein  42.08 
 
 
494 aa  288  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0320  YjeF family protein  36.59 
 
 
524 aa  283  7.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4175  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.93 
 
 
488 aa  281  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1817  hypothetical protein  37.37 
 
 
490 aa  276  6e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0671  carbohydrate kinase, YjeF related protein  46.65 
 
 
509 aa  266  5e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2259  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.4 
 
 
525 aa  261  3e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.997976  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2019  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.6 
 
 
520 aa  256  7e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000259128  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3022  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.05 
 
 
520 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1954  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.92 
 
 
509 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0698225  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2384  hypothetical protein  38.3 
 
 
522 aa  253  4.0000000000000004e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1261  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.05 
 
 
514 aa  252  8.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.169741  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2379  hypothetical protein  38 
 
 
506 aa  247  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2321  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.43 
 
 
521 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000017421  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0491  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.58 
 
 
504 aa  245  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0936655  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1883  hypothetical protein  37.08 
 
 
514 aa  242  1e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00817146  hitchhiker  0.000000287535 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1884  hypothetical protein  34.11 
 
 
517 aa  240  4e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3823  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.33 
 
 
492 aa  236  6e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2168  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.63 
 
 
521 aa  236  9e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01670  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.17 
 
 
513 aa  234  3e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0283  carbohydrate kinase family protein  28.31 
 
 
499 aa  233  6e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0962  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.21 
 
 
510 aa  232  1e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2528  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.19 
 
 
524 aa  232  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0697576  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0500  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.27 
 
 
524 aa  231  2e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3282  hypothetical protein  35.05 
 
 
522 aa  231  3e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.172995  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0288  carbohydrate kinase family protein  28.06 
 
 
499 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0626  hypothetical protein  39.44 
 
 
482 aa  227  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0494651  normal  0.803312 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0775  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.26 
 
 
533 aa  226  6e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00360184  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1759  carbohydrate kinase, YjeF related protein  38.1 
 
 
530 aa  222  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2696  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.05 
 
 
515 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.590974  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1527  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.5 
 
 
531 aa  222  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.643488  normal  0.335611 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2570  carbohydrate kinase, YjeF related protein  38.99 
 
 
513 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0989158  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3771  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.27 
 
 
519 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0302209  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2331  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.78 
 
 
511 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>