More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0561 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0561  carbohydrate kinase, YjeF-related protein  100 
 
 
492 aa  984    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0026662  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0792  carbohydrate kinase, YjeF-related protein  62.2 
 
 
492 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0035803 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0593  carbohydrate kinase, YjeF related protein  60.82 
 
 
499 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.320661  hitchhiker  0.00000405423 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3437  carbohydrate kinase, YjeF related protein  60.82 
 
 
499 aa  569  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.446111  normal  0.221498 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0592  carbohydrate kinase, YjeF related protein  60.61 
 
 
499 aa  568  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000415893 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3285  carbohydrate kinase, YjeF related protein  59.23 
 
 
499 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00260957  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4175  carbohydrate kinase, YjeF related protein  59.1 
 
 
488 aa  565  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3545  carbohydrate kinase, YjeF related protein  59.88 
 
 
492 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0598  yjeF protein  60 
 
 
499 aa  555  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3715  carbohydrate kinase, YjeF related protein  59.75 
 
 
494 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0553  carbohydrate kinase, YjeF related protein  59.05 
 
 
494 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000595011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3898  carbohydrate kinase, YjeF related protein  59.05 
 
 
494 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000196302  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3772  carbohydrate kinase, YjeF related protein  59.05 
 
 
494 aa  545  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00405966  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3030  YjeF protein  57.38 
 
 
496 aa  521  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3243  carbohydrate kinase, YjeF related protein  45.81 
 
 
502 aa  393  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1229  putative carbohydrate kinase  45.51 
 
 
488 aa  357  2.9999999999999997e-97  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1191  sugar kinase  45.31 
 
 
486 aa  351  2e-95  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3804  hypothetical protein  43.81 
 
 
504 aa  350  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000026757  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3658  hypothetical protein  43.81 
 
 
504 aa  350  3e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233957  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0704  hypothetical protein  43.61 
 
 
504 aa  349  5e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000056197  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0530  hypothetical protein  43.98 
 
 
503 aa  347  3e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0814299  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0426  hypothetical protein  46.47 
 
 
462 aa  345  8.999999999999999e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000379244  hitchhiker  0.000000929429 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4638  hypothetical protein  43.15 
 
 
510 aa  343  4e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000291773  normal  0.0355337 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06226  sugar kinase  40.24 
 
 
512 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3726  hypothetical protein  42.68 
 
 
514 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04034  predicted carbohydrate kinase  42.74 
 
 
515 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00166005  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03996  hypothetical protein  42.74 
 
 
515 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000718963  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4408  hypothetical protein  42.54 
 
 
515 aa  336  5.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000123487  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3826  carbohydrate kinase, YjeF related protein  42.54 
 
 
515 aa  336  7e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000026579  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4724  hypothetical protein  42.54 
 
 
515 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000041383  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3846  hypothetical protein  42.54 
 
 
510 aa  335  7.999999999999999e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000624619  hitchhiker  0.00000292473 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0339  hypothetical protein  39.84 
 
 
498 aa  335  1e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00480998  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5683  hypothetical protein  42.54 
 
 
510 aa  335  1e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000899207  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4698  hypothetical protein  42.33 
 
 
515 aa  334  2e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000112402  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0350  hypothetical protein  42.65 
 
 
508 aa  333  4e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00103587  hitchhiker  0.0000473112 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3924  hypothetical protein  42.33 
 
 
510 aa  331  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00146397  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0487  hypothetical protein  41.7 
 
 
513 aa  326  4.0000000000000003e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000620084  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4752  hypothetical protein  42.54 
 
 
514 aa  326  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0825058  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4623  hypothetical protein  42.54 
 
 
514 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4716  hypothetical protein  42.54 
 
 
514 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0539354  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00644  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.98 
 
 
499 aa  325  1e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4773  hypothetical protein  42.54 
 
 
514 aa  325  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0676995 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4633  hypothetical protein  42.54 
 
 
514 aa  325  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000149389  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1301  YjeF-related protein  46.94 
 
 
436 aa  316  6e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000472  YjeF protein  37.4 
 
 
513 aa  315  9.999999999999999e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0892  carbohydrate kinase, YjeF related protein  44.31 
 
 
490 aa  310  4e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177662  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65390  hypothetical protein  42.6 
 
 
502 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0320  YjeF family protein  37.67 
 
 
524 aa  298  1e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3973  carbohydrate kinase, YjeF related protein  38.54 
 
 
504 aa  298  1e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1084  hypothetical protein  39.55 
 
 
494 aa  296  4e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.387482  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4947  YjeF-related protein  40.35 
 
 
496 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0630  carbohydrate kinase, YjeF related protein  42.77 
 
 
499 aa  292  8e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5678  hypothetical protein  41.92 
 
 
502 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1272  hypothetical protein  42.21 
 
 
496 aa  290  6e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2672  ribosomal protein S15  39.4 
 
 
500 aa  286  4e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0518  hypothetical protein  43.11 
 
 
499 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125953  normal  0.1584 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0567  hypothetical protein  41.55 
 
 
496 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1817  hypothetical protein  36.76 
 
 
490 aa  276  7e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0568  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.89 
 
 
492 aa  271  2.9999999999999997e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000379756 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07490  YjeF-related, C-terminal carbohydrate kinase domain-containing protein  41.62 
 
 
500 aa  263  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2755  hypothetical protein  38.66 
 
 
493 aa  261  1e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2628  hypothetical protein  39.07 
 
 
493 aa  262  1e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1954  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.98 
 
 
509 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0698225  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2774  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.96 
 
 
520 aa  261  3e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.966522  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2084  hypothetical protein  42.37 
 
 
496 aa  258  2e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2005  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.94 
 
 
496 aa  256  9e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2757  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.4 
 
 
494 aa  243  7e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00413  YjeF family protein  39.39 
 
 
495 aa  236  6e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.108252  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2019  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.01 
 
 
520 aa  231  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000259128  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0005  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.76 
 
 
498 aa  231  3e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0962  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.27 
 
 
510 aa  231  3e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0005  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.67 
 
 
500 aa  227  5.0000000000000005e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3771  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.23 
 
 
519 aa  226  8e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0302209  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2333  carbohydrate kinase, YjeF related protein  37.29 
 
 
506 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1915  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.59 
 
 
529 aa  221  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.513601  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0288  carbohydrate kinase family protein  32.72 
 
 
499 aa  221  3e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2321  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.74 
 
 
521 aa  221  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000017421  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2927  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.26 
 
 
516 aa  220  5e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0671  carbohydrate kinase, YjeF related protein  44.19 
 
 
509 aa  216  5.9999999999999996e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2696  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.58 
 
 
515 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.590974  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0608  carbohydrate kinase, YjeF-like protein  35.71 
 
 
497 aa  215  9.999999999999999e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.723842 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3823  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.49 
 
 
492 aa  212  1e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2379  hypothetical protein  36.12 
 
 
506 aa  209  7e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0491  carbohydrate kinase, YjeF related protein  38.52 
 
 
504 aa  209  9e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0936655  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1387  hypothetical protein  35.79 
 
 
526 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.176356  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1527  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.94 
 
 
531 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.643488  normal  0.335611 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1884  hypothetical protein  32.75 
 
 
517 aa  207  3e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2259  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.9 
 
 
525 aa  206  6e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.997976  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0283  carbohydrate kinase family protein  30.02 
 
 
499 aa  206  9e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1011  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.13 
 
 
504 aa  205  1e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.311341  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1883  hypothetical protein  36.48 
 
 
514 aa  205  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00817146  hitchhiker  0.000000287535 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0471  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.66 
 
 
532 aa  205  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1878  hypothetical protein  34.5 
 
 
535 aa  204  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00309539  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2528  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.91 
 
 
524 aa  204  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0697576  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1850  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.13 
 
 
518 aa  204  3e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.114808  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_369  carbohydrate kinase  33.14 
 
 
512 aa  204  3e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136231  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0626  hypothetical protein  38.05 
 
 
482 aa  204  4e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0494651  normal  0.803312 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2168  hypothetical protein  34.57 
 
 
530 aa  204  4e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00013257  decreased coverage  0.0000197316 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0561  sugar kinase domain-containing protein  34.71 
 
 
524 aa  202  8e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000100236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2867  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.11 
 
 
517 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>