More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5240 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5240  response regulator  100 
 
 		 122 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5150  response regulator receiver protein  98.36 
 
 		 122 aa  238  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.56838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0232  response regulator receiver protein  77.5 
 
 		 124 aa  181  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.156918  normal  0.401209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2250  response regulator receiver domain-containing protein  49.12 
 
 		 123 aa  115  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 256 aa  105  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5523  response regulator receiver protein  44.74 
 
 		 122 aa  104  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 214 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2681  response regulator receiver protein  44.44 
 
 		 121 aa  100  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 210 aa  99.8  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 208 aa  98.2  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5548  DNA-binding response regulator, LuxR family  43.48 
 
 		 212 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5088  LuxR response regulator receiver  41.74 
 
 		 212 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 220 aa  97.1  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5187  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.61 
 
 		 230 aa  97.1  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.209149 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5456  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.74 
 
 		 230 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154935  hitchhiker  0.00976207 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  39.83 
 
 		 212 aa  96.7  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0212  response regulator receiver domain-containing protein  41.53 
 
 		 137 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  43.86 
 
 		 216 aa  95.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 201 aa  94  7e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  46.15 
 
 		 204 aa  93.6  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3728  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 117 aa  93.6  8e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 209 aa  93.6  8e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5742  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 131 aa  93.6  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  45.61 
 
 		 211 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 201 aa  92.8  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 209 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 		 209 aa  92.8  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4615  two component LuxR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 218 aa  93.2  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  40.35 
 
 		 204 aa  92.8  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  45.54 
 
 		 212 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 203 aa  91.7  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0845  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 183 aa  92  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 		 228 aa  92  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3049  response regulator receiver  44.07 
 
 		 228 aa  91.3  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.651154  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2381  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  44.74 
 
 		 218 aa  90.9  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4961  two component LuxR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 214 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373586  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7459  nodulation protein W, two-component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 219 aa  90.9  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3199  two component LuxR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 214 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 208 aa  90.9  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 207 aa  90.9  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.74 
 
 		 212 aa  90.9  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  42.37 
 
 		 212 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1832  two component LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 208 aa  90.5  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6169  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.22 
 
 		 221 aa  90.5  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  42.11 
 
 		 210 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  39.47 
 
 		 210 aa  89.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 212 aa  89.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 210 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 218 aa  89  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2139  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.72 
 
 		 213 aa  88.2  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00709  nodulation protein  36.84 
 
 		 200 aa  88.6  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00695869  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 206 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 		 222 aa  88.6  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  43.75 
 
 		 214 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  43.22 
 
 		 246 aa  87.8  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 209 aa  87.8  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 208 aa  88.2  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 201 aa  87.4  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 224 aa  87.4  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  39.47 
 
 		 205 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  38.14 
 
 		 209 aa  87.4  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 203 aa  87  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6855  response regulator receiver protein  43.52 
 
 		 124 aa  87  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 207 aa  87  7e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1267  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 123 aa  87  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4653  two component LuxR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 209 aa  87  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 203 aa  87  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5502  response regulator receiver protein  43.22 
 
 		 136 aa  86.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.020979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5521  response regulator receiver protein  40.74 
 
 		 120 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0747322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 206 aa  86.3  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  43.48 
 
 		 205 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 204 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1553  two component LuxR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 212 aa  86.3  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 210 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  38.26 
 
 		 205 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4620  response regulator receiver protein  42 
 
 		 128 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  40 
 
 		 205 aa  86.7  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1123  Fis family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 202 aa  86.3  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5152  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.52 
 
 		 207 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341934  normal  0.483556 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.59 
 
 		 201 aa  85.5  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1545  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.47 
 
 		 218 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0982964  normal  0.0521608 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 233 aa  85.9  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  37.72 
 
 		 205 aa  85.9  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 210 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 212 aa  85.5  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5088  response regulator receiver protein  39 
 
 		 124 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1028  response regulator FixJ  39.83 
 
 		 205 aa  85.1  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 216 aa  85.1  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0645  two component LuxR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 240 aa  84.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3179  response regulator receiver protein  39 
 
 		 132 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00699153  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  38.21 
 
 		 203 aa  84.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 208 aa  84.7  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.47 
 
 		 208 aa  84.7  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6901  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 123 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279255  normal  0.546779 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  37.93 
 
 		 205 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 207 aa  84.3  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5632  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 140 aa  84.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.653856 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5691  response regulator receiver protein  40.82 
 
 		 127 aa  84.3  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.263538 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 224 aa  84  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.247452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>