More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5632 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5632  response regulator receiver protein  100 
 
 		 140 aa  288  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.653856 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6901  response regulator receiver protein  54.1 
 
 		 123 aa  127  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279255  normal  0.546779 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 208 aa  95.9  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  40.34 
 
 		 205 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  42.48 
 
 		 204 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 256 aa  89.7  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2452  response regulator receiver domain-containing protein  40.68 
 
 		 140 aa  89  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2250  response regulator receiver domain-containing protein  41.03 
 
 		 123 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  36.84 
 
 		 205 aa  88.2  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0873  response regulator receiver domain-containing protein  38.98 
 
 		 135 aa  88.2  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 218 aa  87.8  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 224 aa  87.8  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  38.1 
 
 		 205 aa  88.2  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3728  response regulator receiver protein  41.23 
 
 		 117 aa  88.2  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 209 aa  87.8  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 224 aa  87  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.247452 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 208 aa  86.7  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  40 
 
 		 205 aa  86.7  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  41.23 
 
 		 205 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6902  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.23 
 
 		 210 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.173656  normal  0.571333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  44.74 
 
 		 211 aa  85.9  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1401  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.6 
 
 		 444 aa  84.7  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 330 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5240  response regulator  41.03 
 
 		 122 aa  84.3  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  44.74 
 
 		 205 aa  84.3  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  33.08 
 
 		 210 aa  84  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6855  response regulator receiver protein  38.33 
 
 		 124 aa  84  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  36.72 
 
 		 233 aa  83.6  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  37.39 
 
 		 205 aa  83.6  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  37.29 
 
 		 203 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 444 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.13 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5150  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 122 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.56838 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 215 aa  82  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5152  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341934  normal  0.483556 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0704  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.29 
 
 		 214 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.753304  normal  0.399327 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  33.88 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2279  two component LuxR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 214 aa  81.6  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  38.84 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 202 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.72 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  38.26 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5090  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 214 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2681  response regulator receiver protein  37.39 
 
 		 121 aa  81.3  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 208 aa  81.3  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5186  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 214 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0645  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 240 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 208 aa  81.3  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3181  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 214 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.246114  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.04 
 
 		 212 aa  80.5  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  35.65 
 
 		 205 aa  80.5  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 208 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7459  nodulation protein W, two-component transcriptional regulator  34.11 
 
 		 219 aa  80.1  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 208 aa  79.7  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7251  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5548  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.09 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3995  helix-turn-helix, Fis-type  36.84 
 
 		 444 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0385153 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3260  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.83 
 
 		 450 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2459  two component LuxR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 215 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1249  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 452 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1545  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0982964  normal  0.0521608 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.04 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68250  two-component response regulator  33.91 
 
 		 462 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.371358  normal  0.144717 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.61 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  33.08 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2996  LuxR response regulator receiver  33.62 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.437807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  38.79 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.21 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2130  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 442 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.558101  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2541  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 438 aa  79  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.281957  normal  0.250281 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2406  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.88187 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0844  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 130 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0805  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 442 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1461  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 445 aa  79  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0783973  normal  0.675596 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0715  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 442 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0889351  normal  0.39603 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0944  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5088  LuxR response regulator receiver  35.54 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5905  two-component response regulator  33.91 
 
 		 462 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  37.29 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  32.28 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1081  two component  36.84 
 
 		 441 aa  78.2  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.136641  normal  0.653656 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  37.29 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  37.29 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  37.29 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 216 aa  78.2  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  37.29 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>