More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0873 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0873  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 135 aa  271  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5632  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 140 aa  88.2  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.653856 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6901  response regulator receiver protein  40 
 
 		 123 aa  87.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279255  normal  0.546779 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2139  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.4 
 
 		 213 aa  86.7  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 256 aa  85.5  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2452  response regulator receiver domain-containing protein  34.88 
 
 		 140 aa  84  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2459  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 215 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.4 
 
 		 209 aa  81.3  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5240  response regulator  37.07 
 
 		 122 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6677  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5523  response regulator receiver protein  32.79 
 
 		 122 aa  78.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5150  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 122 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.56838 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1699  response regulator receiver domain-containing protein  35.54 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000935694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00709  nodulation protein  33.33 
 
 		 200 aa  77  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00695869  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  34.48 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  30.97 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2250  response regulator receiver domain-containing protein  35.14 
 
 		 123 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0944  response regulator receiver protein  39.17 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0042  LuxR family DNA-binding response regulator  35.83 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0317  LuxR family DNA-binding response regulator  30.83 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0309445  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0038  LuxR family DNA-binding response regulator  35.83 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5310  two component LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  30.83 
 
 		 206 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7459  nodulation protein W, two-component transcriptional regulator  29.57 
 
 		 219 aa  73.9  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 212 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  74.3  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1832  two component LuxR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 208 aa  73.9  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5548  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  31.67 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5742  response regulator receiver protein  32.5 
 
 		 131 aa  73.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0645  two component LuxR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 240 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3866  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.58 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  33.05 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  29.2 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 205 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2407  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.86 
 
 		 220 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 241 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5090  two component LuxR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3181  two component LuxR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.246114  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5186  two component LuxR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0583  response regulator receiver protein  35.04 
 
 		 123 aa  72  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 216 aa  71.2  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5189  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 213 aa  71.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.814448  normal  0.223105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1553  two component LuxR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 212 aa  71.2  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0845  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 183 aa  70.9  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 210 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.52 
 
 		 222 aa  70.5  0.000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 224 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5458  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.78 
 
 		 213 aa  70.1  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0682828  normal  0.0164406 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5088  LuxR response regulator receiver  31.36 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1545  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.17 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0982964  normal  0.0521608 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5187  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.209149 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2568  response regulator protein  31.67 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0467638  hitchhiker  0.0000000292578 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2279  two component LuxR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 212 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0654  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.65 
 
 		 229 aa  69.3  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200991  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5502  response regulator receiver protein  35.4 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.020979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1362  response regulator receiver domain-containing protein  32.81 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4620  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  31.15 
 
 		 210 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0232  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.156918  normal  0.401209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2455  response regulator receiver domain-containing protein  31.03 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 210 aa  67.8  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 206 aa  67.8  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1905  response regulator receiver domain-containing protein  34.15 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.558841  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 210 aa  67.8  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0844  response regulator receiver protein  36.7 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 218 aa  67.8  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6678  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.58 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10499  two component system sensor transduction protein regX3  34.48 
 
 		 227 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.46064e-66  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.27 
 
 		 208 aa  67  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3839  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 		 210 aa  67.4  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.287356  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 208 aa  67  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 204 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2400  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.62 
 
 		 210 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2356  response regulator receiver protein  30 
 
 		 215 aa  67  0.00000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504321 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0674  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.850641 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5691  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.263538 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4176  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 452 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0661  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0654  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.682961 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.247452 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5182  response regulator receiver protein  30 
 
 		 152 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.468487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0710  two component transcriptional regulator  32.52 
 
 		 248 aa  66.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.53 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4929  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.91 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1341  response regulator receiver  35.29 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.04 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>