More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2568 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2568  response regulator protein  100 
 
 		 214 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0467638  hitchhiker  0.0000000292578 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  45.13 
 
 		 202 aa  163  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 207 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 210 aa  160  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  44.72 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3866  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.36 
 
 		 224 aa  155  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2400  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.79 
 
 		 210 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 208 aa  154  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2166  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.59 
 
 		 220 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 209 aa  152  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 214 aa  152  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2459  two component LuxR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 215 aa  151  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 210 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 210 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  42.42 
 
 		 214 aa  151  8.999999999999999e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 210 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  43.07 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  43.07 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  43.07 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  43.07 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 210 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  43.07 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  40.3 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  43.07 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  43.07 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 212 aa  149  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 241 aa  149  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 201 aa  149  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  41.45 
 
 		 209 aa  149  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  42 
 
 		 205 aa  148  5e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 206 aa  148  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  42.57 
 
 		 212 aa  147  9e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.93 
 
 		 201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.67 
 
 		 211 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2774  LuxR family DNA-binding response regulator  39.81 
 
 		 216 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.67 
 
 		 211 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 212 aa  145  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  45.27 
 
 		 210 aa  145  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 210 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2996  LuxR response regulator receiver  40.51 
 
 		 198 aa  144  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.437807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5456  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.21 
 
 		 230 aa  144  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154935  hitchhiker  0.00976207 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1028  response regulator FixJ  38.92 
 
 		 205 aa  144  9e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5502  two component response regulator  39.18 
 
 		 212 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5088  LuxR response regulator receiver  37.81 
 
 		 212 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 203 aa  142  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5187  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.7 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.209149 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0317  LuxR family DNA-binding response regulator  40.93 
 
 		 250 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0309445  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1539  two component LuxR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 214 aa  141  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  43 
 
 		 207 aa  141  7e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 209 aa  141  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2593  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.71 
 
 		 214 aa  141  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382122  hitchhiker  0.00235574 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1472  two component LuxR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 214 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.781461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2491  LuxR response regulator receiver  41.09 
 
 		 211 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  39.81 
 
 		 205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  41.83 
 
 		 215 aa  139  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  37.44 
 
 		 205 aa  139  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  41.29 
 
 		 204 aa  139  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  39.71 
 
 		 213 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.98 
 
 		 209 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.89 
 
 		 212 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  39.71 
 
 		 208 aa  139  4.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 202 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  42.13 
 
 		 208 aa  138  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 208 aa  138  6e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 210 aa  138  7e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 208 aa  138  7.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  39.27 
 
 		 206 aa  137  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  37 
 
 		 208 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5548  DNA-binding response regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 212 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 204 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.35 
 
 		 222 aa  137  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  38.73 
 
 		 205 aa  136  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 224 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3169  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  38.24 
 
 		 1445 aa  136  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 208 aa  136  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 208 aa  136  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2407  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.56 
 
 		 220 aa  136  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  38.78 
 
 		 204 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.38 
 
 		 228 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  37.93 
 
 		 205 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3794  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 215 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0704  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 		 214 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.753304  normal  0.399327 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2356  response regulator receiver protein  40 
 
 		 215 aa  135  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504321 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1465  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.69 
 
 		 247 aa  135  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 207 aa  135  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 208 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  37.81 
 
 		 231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 213 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.22 
 
 		 208 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 218 aa  135  7.000000000000001e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  41.62 
 
 		 208 aa  135  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>