More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1341 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1341  response regulator receiver  100 
 
 		 131 aa  263  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1362  response regulator receiver domain-containing protein  87.69 
 
 		 130 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4728  response regulator receiver protein  76.92 
 
 		 130 aa  196  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4054  response regulator receiver domain-containing protein  73.6 
 
 		 136 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1905  response regulator receiver domain-containing protein  53.85 
 
 		 131 aa  137  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.558841  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2787  response regulator receiver protein  52.76 
 
 		 134 aa  134  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.058704  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1027  response regulator receiver  50 
 
 		 135 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2829  response regulator receiver protein  43.12 
 
 		 120 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2866  response regulator receiver protein  43.12 
 
 		 120 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8084  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 124 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6108  response regulator receiver protein  45.83 
 
 		 120 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 216 aa  90.9  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  39.83 
 
 		 246 aa  90.9  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 203 aa  89  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  38.79 
 
 		 212 aa  88.6  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  38.14 
 
 		 214 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 212 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  36.67 
 
 		 205 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1743  response regulator receiver protein  42.37 
 
 		 129 aa  87.8  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.961506 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 207 aa  87  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  36.29 
 
 		 231 aa  87  8e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  37.98 
 
 		 208 aa  86.3  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 208 aa  86.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 207 aa  85.5  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  39.84 
 
 		 205 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.77 
 
 		 210 aa  85.5  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 216 aa  85.5  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3890  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 184 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.173819 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 208 aa  84.7  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 202 aa  84  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 208 aa  83.6  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 208 aa  83.6  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3276  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 135 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2118  response regulator receiver protein  45.3 
 
 		 125 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.77 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  38.33 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 209 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  38.71 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1267  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 123 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  34.78 
 
 		 210 aa  80.9  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  36.84 
 
 		 204 aa  80.5  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 206 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 208 aa  80.1  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0182  response regulator receiver domain-containing protein  38.14 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3728  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 117 aa  79.7  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0845  response regulator receiver protein  35.38 
 
 		 183 aa  79  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2461  response regulator receiver protein  37.38 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  38.74 
 
 		 215 aa  78.2  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0401  response regulator receiver protein  37.4 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 207 aa  77.8  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 214 aa  77.8  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2580  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 207 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 210 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 256 aa  77.4  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003036  tetrathionate reductase two-component response regulator  36.22 
 
 		 200 aa  77  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  33.59 
 
 		 226 aa  77  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  34.96 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1792  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 		 984 aa  76.3  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  35.25 
 
 		 202 aa  75.9  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  32.23 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2460  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.732516  normal  0.518565 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.93 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0844  response regulator receiver protein  37.27 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  39 
 
 		 204 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.65 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24135  normal  0.0521212 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.65 
 
 		 211 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2343  response regulator receiver protein  36.45 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  34.92 
 
 		 213 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1552  response regulator receiver protein  39 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  35.48 
 
 		 205 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 210 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1597  response regulator transcription regulator protein  35.65 
 
 		 210 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.395881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2166  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.67 
 
 		 220 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  31.3 
 
 		 212 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  31.3 
 
 		 212 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  31.3 
 
 		 212 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  31.3 
 
 		 212 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  31.3 
 
 		 212 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  31.3 
 
 		 212 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  31.3 
 
 		 212 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  35.29 
 
 		 205 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  37.07 
 
 		 204 aa  73.9  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 210 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  36.29 
 
 		 233 aa  73.9  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3046  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.62 
 
 		 365 aa  73.6  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0429754  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 210 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 210 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 210 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>