More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2461 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_2461  response regulator receiver protein  100 
 
 		 132 aa  265  1e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2343  response regulator receiver protein  63.36 
 
 		 138 aa  165  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2460  response regulator receiver protein  54.55 
 
 		 131 aa  118  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.732516  normal  0.518565 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2967  response regulator receiver protein  48.65 
 
 		 147 aa  108  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135716 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2787  response regulator receiver protein  37.9 
 
 		 134 aa  86.3  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.058704  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1027  response regulator receiver  30.83 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 202 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1362  response regulator receiver domain-containing protein  38.32 
 
 		 130 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3276  response regulator receiver protein  41.82 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1341  response regulator receiver  37.38 
 
 		 131 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4054  response regulator receiver domain-containing protein  33.64 
 
 		 136 aa  77.4  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  41.35 
 
 		 202 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.35 
 
 		 202 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.94 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5240  response regulator  34.55 
 
 		 122 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 210 aa  73.9  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 256 aa  72.8  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  38.05 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8084  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 124 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7251  response regulator receiver protein  36.54 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  33.9 
 
 		 204 aa  71.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 201 aa  70.9  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 203 aa  70.9  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 236 aa  70.9  0.000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2580  response regulator receiver protein  40.59 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 233 aa  70.5  0.000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1466  response regulator receiver protein  35.54 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 207 aa  70.1  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0212  response regulator receiver domain-containing protein  36.07 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  38.46 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 203 aa  68.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4728  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1267  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 123 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5150  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 122 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.56838 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5088  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 124 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1905  response regulator receiver domain-containing protein  31.78 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.558841  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  35.24 
 
 		 205 aa  68.6  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3179  response regulator receiver protein  35.05 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00699153  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.04 
 
 		 242 aa  67.8  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2866  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 120 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 201 aa  68.2  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2829  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 120 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 214 aa  67.8  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3680  response regulator receiver domain-containing protein  37.72 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.383377  normal  0.047176 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1546  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 131 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0280611  normal  0.028816 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  31.93 
 
 		 232 aa  65.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 204 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.96 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.9 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  31.9 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5632  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.653856 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6166  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3631  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.5 
 
 		 235 aa  65.1  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  34.31 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 233 aa  65.1  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 455 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 1419 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  34.31 
 
 		 203 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6901  response regulator receiver protein  36.61 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279255  normal  0.546779 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0789  response regulator  32.52 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 236 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  31.9 
 
 		 237 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  37.04 
 
 		 204 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.9 
 
 		 237 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.9 
 
 		 237 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  34.19 
 
 		 240 aa  64.3  0.0000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  32.26 
 
 		 233 aa  64.3  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1086  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.04 
 
 		 231 aa  63.9  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 233 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 233 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 233 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1069  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0511705  normal  0.476202 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0961  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 		 1154 aa  63.9  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.544458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.73 
 
 		 466 aa  63.9  0.0000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5691  response regulator receiver protein  33.96 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.263538 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4620  response regulator receiver protein  33.96 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  31.9 
 
 		 239 aa  63.9  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  31.9 
 
 		 239 aa  63.9  0.0000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 239 aa  63.5  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  31.58 
 
 		 209 aa  63.5  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 211 aa  63.5  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  31.3 
 
 		 205 aa  63.5  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  34.55 
 
 		 233 aa  63.5  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  37.04 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2719  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.51 
 
 		 448 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1743  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 129 aa  63.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.961506 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.03 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>