More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0212 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0212  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 137 aa  273  6e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1518  response regulator receiver protein  72.93 
 
 		 143 aa  171  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.966484  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2681  response regulator receiver protein  55.75 
 
 		 121 aa  114  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 256 aa  104  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2250  response regulator receiver domain-containing protein  47.37 
 
 		 123 aa  101  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 214 aa  99.4  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2399  response regulator receiver protein  44.26 
 
 		 128 aa  98.6  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4620  response regulator receiver protein  37.82 
 
 		 128 aa  98.2  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2381  response regulator receiver protein  41.73 
 
 		 124 aa  96.3  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5240  response regulator  41.53 
 
 		 122 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1519  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.62 
 
 		 228 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.444774  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5742  response regulator receiver protein  43.97 
 
 		 131 aa  94.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5691  response regulator receiver protein  44.55 
 
 		 127 aa  94.7  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.263538 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5150  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 122 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.56838 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5088  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 124 aa  94  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3179  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 132 aa  94  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00699153  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3866  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 224 aa  93.2  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0182  response regulator receiver domain-containing protein  40.52 
 
 		 129 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2406  response regulator receiver protein  47.57 
 
 		 124 aa  92  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.88187 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5523  response regulator receiver protein  43.22 
 
 		 122 aa  89.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7251  response regulator receiver protein  38.6 
 
 		 133 aa  89  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1832  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 208 aa  89  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7266  response regulator receiver protein  45.1 
 
 		 122 aa  89  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0232  response regulator receiver protein  40.5 
 
 		 124 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.156918  normal  0.401209 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1551  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 277 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  hitchhiker  0.0028864 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6855  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 201 aa  85.5  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2452  response regulator receiver domain-containing protein  35.77 
 
 		 140 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  38.28 
 
 		 206 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 208 aa  84.7  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.58 
 
 		 213 aa  84.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  37.8 
 
 		 204 aa  84  7e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1086  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 123 aa  84  7e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  38.71 
 
 		 211 aa  84  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3728  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 117 aa  83.6  8e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  36.89 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2407  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.25 
 
 		 220 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3511  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.71 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.247452 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 206 aa  82  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  36.89 
 
 		 203 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4282  two component LuxR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0845  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 183 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3729  two component LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 209 aa  82.8  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6166  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  81.6  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 213 aa  81.3  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2885  response regulator receiver domain-containing protein  37.72 
 
 		 123 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.514979 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 216 aa  81.3  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  34.45 
 
 		 210 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2400  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.19 
 
 		 210 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2317  two component LuxR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 209 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 210 aa  80.5  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2318  response regulator receiver protein  42.5 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.07 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1685  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.44 
 
 		 215 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166103  normal  0.907447 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 241 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2070  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.1 
 
 		 459 aa  79.7  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0818  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.92 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.501115  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2964  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 441 aa  79  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210387  normal  0.108805 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2682  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.15 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5633  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 209 aa  78.6  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 207 aa  78.2  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0686  two component LuxR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 203 aa  77.8  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1552  response regulator receiver protein  40.95 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2166  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.07 
 
 		 220 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0944  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6901  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 123 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279255  normal  0.546779 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  40.31 
 
 		 237 aa  77.8  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1699  response regulator receiver domain-containing protein  35.29 
 
 		 124 aa  77.8  0.00000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000935694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2568  response regulator protein  34.13 
 
 		 214 aa  77.8  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0467638  hitchhiker  0.0000000292578 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 203 aa  77.8  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  39.06 
 
 		 243 aa  77.4  0.00000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 201 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 203 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000207768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0637  two component LuxR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 203 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000059529 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0583  response regulator receiver protein  39.45 
 
 		 123 aa  77  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 241 aa  77  0.00000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 203 aa  77  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 201 aa  77  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 208 aa  76.6  0.00000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  31.9 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6169  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.93 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  36.36 
 
 		 205 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00709  nodulation protein  32.79 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00695869  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 207 aa  75.5  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  34.91 
 
 		 202 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>