More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4728 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4728  response regulator receiver protein  100 
 
 		 130 aa  264  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1341  response regulator receiver  76.92 
 
 		 131 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1362  response regulator receiver domain-containing protein  76.92 
 
 		 130 aa  209  7e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4054  response regulator receiver domain-containing protein  75.2 
 
 		 136 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2787  response regulator receiver protein  58.12 
 
 		 134 aa  143  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.058704  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1905  response regulator receiver domain-containing protein  54.84 
 
 		 131 aa  136  7.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.558841  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1027  response regulator receiver  48.41 
 
 		 135 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2829  response regulator receiver protein  46.23 
 
 		 120 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2866  response regulator receiver protein  46.23 
 
 		 120 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  39.67 
 
 		 205 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 202 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  36.92 
 
 		 205 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  39.67 
 
 		 210 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  39.67 
 
 		 210 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8084  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  37.4 
 
 		 246 aa  90.5  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6108  response regulator receiver protein  45.83 
 
 		 120 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1743  response regulator receiver protein  40.8 
 
 		 129 aa  89.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.961506 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 212 aa  87  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 208 aa  86.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 209 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 206 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 207 aa  84  6e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  39.17 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  34.13 
 
 		 216 aa  82  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.21 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2461  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 132 aa  82  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.79 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  40.35 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  37.93 
 
 		 214 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2130  two component LuxR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.281977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.89 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  37.93 
 
 		 212 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  37.19 
 
 		 204 aa  81.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  37.29 
 
 		 231 aa  80.9  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 207 aa  80.9  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 207 aa  80.9  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  35.71 
 
 		 205 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  38.02 
 
 		 233 aa  80.5  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.21 
 
 		 208 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 208 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 208 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 216 aa  79.7  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2118  response regulator receiver protein  40.48 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3890  response regulator receiver protein  42.34 
 
 		 184 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.173819 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.62 
 
 		 472 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3714  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1505  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1723  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0901353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2748  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 201 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2614  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.37823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2670  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2343  response regulator receiver protein  35.51 
 
 		 138 aa  78.6  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  38.21 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3087  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2232  LuxR family DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 212 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.97455  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  37.74 
 
 		 210 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3276  response regulator receiver protein  38.21 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  33.88 
 
 		 205 aa  77.8  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 233 aa  77.4  0.00000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2580  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 250 aa  77.4  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 210 aa  77.4  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1832  two component LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 208 aa  77.4  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 210 aa  77.4  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 207 aa  77  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2157  two component LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1267  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 123 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1792  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.71 
 
 		 984 aa  76.3  0.0000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4270  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  34.43 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0589444  normal  0.612677 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5938  two component LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0703  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 236 aa  76.6  0.0000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2176  two component LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116055  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2139  two component LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 212 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  34.71 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1028  response regulator FixJ  36.36 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1862  LuxR family DNA-binding response regulator  33.9 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.340696  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  34.48 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  34.43 
 
 		 205 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3728  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 213 aa  75.1  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2250  response regulator receiver domain-containing protein  37.39 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0230  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 459 aa  74.7  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 233 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5540  response regulator receiver protein  34.13 
 
 		 226 aa  74.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  32.03 
 
 		 239 aa  74.3  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  32.03 
 
 		 239 aa  74.3  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 233 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  32.03 
 
 		 239 aa  74.3  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1616  two component LuxR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 218 aa  74.3  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 215 aa  74.3  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  35.09 
 
 		 236 aa  74.3  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>