More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4054 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4054  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 136 aa  277  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1362  response regulator receiver domain-containing protein  75.4 
 
 		 130 aa  197  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1341  response regulator receiver  73.6 
 
 		 131 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4728  response regulator receiver protein  75.2 
 
 		 130 aa  183  9e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2787  response regulator receiver protein  55.74 
 
 		 134 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.058704  normal  0.0692516 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1905  response regulator receiver domain-containing protein  56.14 
 
 		 131 aa  138  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.558841  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1027  response regulator receiver  49.59 
 
 		 135 aa  134  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  34.65 
 
 		 216 aa  98.2  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8084  response regulator receiver protein  34.4 
 
 		 124 aa  92  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2866  response regulator receiver protein  42.2 
 
 		 120 aa  92  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.216907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2829  response regulator receiver protein  42.2 
 
 		 120 aa  92  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  35.66 
 
 		 246 aa  91.7  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 202 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6108  response regulator receiver protein  46.24 
 
 		 120 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0506844 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  36.21 
 
 		 205 aa  87.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  36.52 
 
 		 212 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3276  response regulator receiver protein  40.5 
 
 		 135 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  36.61 
 
 		 214 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  35.16 
 
 		 204 aa  85.1  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  37.61 
 
 		 205 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1578  two component LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 207 aa  85.1  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.661779  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  36.61 
 
 		 212 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 210 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 210 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  31.82 
 
 		 206 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1743  response regulator receiver protein  39.83 
 
 		 129 aa  84.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.961506 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0582  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 206 aa  84.7  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  34.96 
 
 		 205 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 210 aa  83.6  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5088  two component LuxR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 241 aa  83.6  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.685625 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 210 aa  83.6  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1825  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.13 
 
 		 205 aa  83.6  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0736095 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3516  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584359  normal  0.0331166 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2118  response regulator receiver protein  38.71 
 
 		 125 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  35.59 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1194  two component LuxR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal  0.892025 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  37.72 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 203 aa  82  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 210 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  33.6 
 
 		 214 aa  81.6  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  35.9 
 
 		 205 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3890  response regulator receiver protein  39.52 
 
 		 184 aa  81.3  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.173819 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1832  two component LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 208 aa  80.9  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 209 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 210 aa  80.5  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  34.75 
 
 		 205 aa  80.5  0.000000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 207 aa  80.1  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1301  LuxR response regulator receiver  31.45 
 
 		 210 aa  80.1  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  30.6 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2580  response regulator receiver protein  36.15 
 
 		 133 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2096  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2166  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.05 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0126561  normal  0.200699 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  36.13 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1028  response regulator FixJ  34.4 
 
 		 205 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0317  LuxR family DNA-binding response regulator  33.61 
 
 		 250 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0309445  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0182  response regulator receiver domain-containing protein  35.25 
 
 		 129 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.622103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.88 
 
 		 456 aa  78.2  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  77.8  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.45 
 
 		 213 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2249  two component LuxR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 204 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2461  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.17 
 
 		 466 aa  77.4  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4270  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 		 361 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2567  response regulator receiver protein  32 
 
 		 202 aa  77  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.94208 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0907  two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 202 aa  77  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.285724  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  32.77 
 
 		 204 aa  77  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4126  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 202 aa  77  0.00000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  76.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.293905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1267  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 123 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3046  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.23 
 
 		 365 aa  76.3  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0429754  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0811  two-component response regulator  31.15 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2210  two component LuxR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 208 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.891166  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2445  two component LuxR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  34.13 
 
 		 233 aa  75.5  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5548  DNA-binding response regulator, LuxR family  31.67 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  34.48 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2460  two component LuxR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.4 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  33.6 
 
 		 233 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2460  response regulator receiver protein  36.94 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.732516  normal  0.518565 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  33.6 
 
 		 233 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  32.79 
 
 		 250 aa  74.7  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0845  response regulator receiver protein  32.79 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1701  two component LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 201 aa  74.3  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0166117  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0181  two component LuxR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 210 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 201 aa  73.9  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1921  response regulator receiver protein  33.6 
 
 		 208 aa  73.9  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.287441  normal  0.0849999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5088  LuxR response regulator receiver  30.08 
 
 		 212 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 214 aa  73.9  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3480  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 228 aa  73.9  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000540997  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3169  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.78 
 
 		 444 aa  73.6  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.254755  normal  0.187976 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>