181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3975 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3975  hypothetical protein  100 
 
 		 153 aa  317  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.123478 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1859  endoribonuclease L-PSP  98.04 
 
 		 153 aa  311  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1661  Endoribonuclease L-PSP  57.66 
 
 		 152 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.16372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2378  endoribonuclease L-PSP  53.28 
 
 		 151 aa  154  4e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4894  endoribonuclease L-PSP  36.69 
 
 		 134 aa  87  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.657922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2499  endoribonuclease L-PSP  41.54 
 
 		 127 aa  80.1  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0836  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.496581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3905  Endoribonuclease L-PSP  36.72 
 
 		 164 aa  67.4  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0995322 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  27.94 
 
 		 137 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  31.34 
 
 		 133 aa  56.6  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1821  endoribonuclease L-PSP  29.93 
 
 		 132 aa  56.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.589735 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3493  Endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0674  endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 134 aa  54.3  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.892091 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  28.99 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3101  Endoribonuclease L-PSP  27.91 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.281845  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2736  endoribonuclease L-PSP  29.77 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0684  Endoribonuclease L-PSP  27.86 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 129 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0885  endoribonuclease L-PSP  29.55 
 
 		 155 aa  52  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.60332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2243  endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 133 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0340055  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2408  hypothetical protein  31.11 
 
 		 128 aa  50.8  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0314271  normal  0.0494567 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5540  endoribonuclease L-PSP  32.74 
 
 		 131 aa  50.4  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00356179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6387  endoribonuclease L-PSP  30.6 
 
 		 137 aa  50.4  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1433  Endoribonuclease L-PSP  29.13 
 
 		 132 aa  50.4  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.652248  normal  0.596243 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5488  endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.236112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3572  endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.800436  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4795  endoribonuclease L-PSP  34.74 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3519  endoribonuclease L-PSP  26.98 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0915  endoribonuclease L-PSP  35.79 
 
 		 140 aa  49.7  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5596  Endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 135 aa  49.7  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.87435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0821  endoribonuclease L-PSP  30.95 
 
 		 126 aa  48.9  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  31.75 
 
 		 126 aa  48.5  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2046  L-PSP family endoribonuclease  31.75 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3938  Endoribonuclease L-PSP  32.17 
 
 		 133 aa  48.9  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.014328  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2477  endoribonuclease L-PSP family protein  29.6 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395896  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5043  endoribonuclease L-PSP  27.07 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6257  endoribonuclease L-PSP  28.69 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5817  endoribonuclease L-PSP  27.07 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4362  endoribonuclease L-PSP  27.07 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2669  Endoribonuclease L-PSP  31.11 
 
 		 133 aa  48.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  34.18 
 
 		 141 aa  48.1  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5952  endoribonuclease L-PSP  29.09 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  26.72 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2774  Endoribonuclease L-PSP  28.24 
 
 		 132 aa  48.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3236  YjgF-like protein  30.16 
 
 		 129 aa  47.8  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  26.72 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4748  endoribonuclease L-PSP  32.91 
 
 		 126 aa  47.8  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0742897  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2898  Endoribonuclease L-PSP  28.91 
 
 		 148 aa  47.8  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.399725  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  30.36 
 
 		 125 aa  47.4  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4710  endoribonuclease L-PSP  28.97 
 
 		 125 aa  47.4  0.00008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0704377  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  31.01 
 
 		 131 aa  47.4  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5597  Endoribonuclease L-PSP  28.18 
 
 		 135 aa  47.4  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  35.4 
 
 		 143 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3401  Endoribonuclease L-PSP  27.86 
 
 		 131 aa  47.4  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00168089  normal  0.0966279 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2367  endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 134 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2374  endoribonuclease L-PSP  29.77 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00553105 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4836  endoribonuclease L-PSP family protein  27.42 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4700  endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 136 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  31.93 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5718  Endoribonuclease L-PSP  26.98 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.698181 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5769  endoribonuclease L-PSP family protein  27.42 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.81717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2016  endoribonuclease L-PSP  26.98 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0910058  normal  0.042718 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0180  endoribonuclease L-PSP  29.6 
 
 		 131 aa  46.6  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00581457  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04115  predicted mRNA endoribonuclease  27.42 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1735  hypothetical protein  25.4 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.338014  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  32.29 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04079  hypothetical protein  27.42 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4728  endoribonuclease L-PSP family protein  27.42 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0759  endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 138 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4178  endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 136 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.18793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0767  Endoribonuclease L-PSP  27.91 
 
 		 129 aa  46.2  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0528895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  31.2 
 
 		 402 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2495  Endoribonuclease L-PSP  25.71 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.628081  normal  0.767882 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4504  endoribonuclease L-PSP family protein  27.42 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.282438  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1027  Endoribonuclease L-PSP  28.15 
 
 		 131 aa  46.2  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.84839  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3748  Endoribonuclease L-PSP  27.42 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1711  endoribonuclease L-PSP  29.13 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0130  endoribonuclease L-PSP  26.98 
 
 		 130 aa  45.4  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429607  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1357  Endoribonuclease L-PSP  27.05 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4820  endoribonuclease L-PSP family protein  27.42 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3031  endoribonuclease L-PSP  30.16 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00544929  normal  0.808496 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3764  endoribonuclease L-PSP  27.42 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3818  endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515952  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5273  endoribonuclease L-PSP  28.18 
 
 		 134 aa  44.7  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  29.03 
 
 		 126 aa  44.7  0.0004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  28.23 
 
 		 133 aa  44.7  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0709  putative endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 128 aa  45.1  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2891  Endoribonuclease L-PSP  28.68 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0848604  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  31.3 
 
 		 128 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  27.1 
 
 		 138 aa  44.3  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1620  endoribonuclease L-PSP family protein  27.13 
 
 		 129 aa  44.7  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.384169  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  28.12 
 
 		 137 aa  44.7  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09920  putative translation initiation inhibitor  27.05 
 
 		 132 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00640677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1252  Endoribonuclease L-PSP  30.4 
 
 		 128 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  27.42 
 
 		 126 aa  44.3  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4917  Endoribonuclease L-PSP  29.66 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.51623  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0351  endoribonuclease L-PSP  27.41 
 
 		 132 aa  43.9  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000170484  normal  0.265808 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  30.23 
 
 		 131 aa  43.9  0.0007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>