More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_01641 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  100 
 
 
350 aa  702    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  94.19 
 
 
320 aa  550  1e-155  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  80.42 
 
 
335 aa  543  1e-153  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  78.92 
 
 
332 aa  530  1e-149  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  78.27 
 
 
335 aa  499  1e-140  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  77.96 
 
 
335 aa  496  1e-139  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  73.1 
 
 
344 aa  495  1e-139  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  72.22 
 
 
344 aa  491  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  72.51 
 
 
344 aa  493  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  76.32 
 
 
333 aa  492  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  74.76 
 
 
335 aa  478  1e-134  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  57.1 
 
 
320 aa  352  4e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  54.66 
 
 
328 aa  350  3e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  54.34 
 
 
328 aa  348  6e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  56.59 
 
 
320 aa  345  8e-94  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  55.16 
 
 
318 aa  340  2e-92  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  54.84 
 
 
318 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  54.84 
 
 
318 aa  338  5.9999999999999996e-92  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  55.31 
 
 
318 aa  338  9.999999999999999e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  51.23 
 
 
328 aa  334  1e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  53.82 
 
 
332 aa  330  2e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  52.73 
 
 
327 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  53.35 
 
 
336 aa  328  1.0000000000000001e-88  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  52.41 
 
 
327 aa  325  1e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  52.09 
 
 
332 aa  323  2e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  52.73 
 
 
327 aa  322  4e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  52.72 
 
 
319 aa  323  4e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  47.23 
 
 
316 aa  297  2e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.77 
 
 
417 aa  285  9e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.77 
 
 
417 aa  285  9e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  44.74 
 
 
376 aa  280  2e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.33 
 
 
418 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  44.44 
 
 
417 aa  275  8e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  44.61 
 
 
416 aa  269  5e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.48 
 
 
451 aa  269  5e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  40.84 
 
 
398 aa  269  5.9999999999999995e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.48 
 
 
435 aa  267  2e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.81 
 
 
444 aa  267  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.15 
 
 
425 aa  266  4e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.82 
 
 
420 aa  266  4e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.82 
 
 
420 aa  266  5e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.03 
 
 
455 aa  266  5e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.22 
 
 
376 aa  265  1e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  43.57 
 
 
377 aa  263  3e-69  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  42.98 
 
 
377 aa  262  8e-69  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.15 
 
 
386 aa  260  2e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.35 
 
 
295 aa  260  3e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.15 
 
 
390 aa  259  6e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  43.81 
 
 
390 aa  259  7e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.88 
 
 
379 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.88 
 
 
379 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.14 
 
 
378 aa  256  4e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14501  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.18 
 
 
313 aa  255  8e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.18 
 
 
372 aa  255  9e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2238  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  44.72 
 
 
337 aa  253  3e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0708538  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3785  RNA polymerase sigma factor SigB  44.73 
 
 
334 aa  253  3e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0872543  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  40.06 
 
 
384 aa  253  3e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46 
 
 
372 aa  253  5.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14741  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.86 
 
 
313 aa  251  1e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.48 
 
 
397 aa  251  1e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  42.39 
 
 
314 aa  251  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1430  RNA polymerase, sigma 28 subunit  42.04 
 
 
495 aa  251  1e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.48 
 
 
394 aa  251  1e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.48 
 
 
393 aa  251  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1385  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  47.85 
 
 
313 aa  251  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.48 
 
 
394 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  47.06 
 
 
310 aa  250  3e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14881  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.53 
 
 
313 aa  249  5e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  44.19 
 
 
389 aa  249  6e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  42.23 
 
 
410 aa  249  7e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  41.77 
 
 
559 aa  248  8e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.21 
 
 
295 aa  248  9e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1864  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.67 
 
 
429 aa  247  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.123565  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  42.16 
 
 
616 aa  246  3e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0856  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)  46.88 
 
 
313 aa  246  3e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.366395  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  43.52 
 
 
378 aa  246  3e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15880  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.69 
 
 
516 aa  246  3e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.876653  normal  0.155423 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17091  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.88 
 
 
313 aa  246  3e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.428948  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3939  RNA polymerase sigma factor  41.48 
 
 
488 aa  246  4e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41331  predicted protein  42.16 
 
 
344 aa  246  4e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.060749  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  42.44 
 
 
478 aa  246  4e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1834  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.4 
 
 
330 aa  245  6e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.918452  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  42.12 
 
 
528 aa  245  6.999999999999999e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.61 
 
 
489 aa  245  8e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1917  RNA polymerase sigma factor  40.31 
 
 
499 aa  245  9.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0130031 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0297  RNA polymerase sigma factor  41.5 
 
 
474 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.81 
 
 
399 aa  244  1.9999999999999999e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  40.95 
 
 
480 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13361  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.2 
 
 
313 aa  244  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.104239  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24330  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.61 
 
 
439 aa  243  3e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134736 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1878  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.97 
 
 
483 aa  243  3e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.230521  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  40.95 
 
 
480 aa  243  3e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2963  RNA polymerase sigma factor  42.48 
 
 
495 aa  243  3e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.743322  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2231  RNA polymerase sigma factor  40.95 
 
 
480 aa  243  3e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128274  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1607  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.57 
 
 
559 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.512877  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2398  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  42.24 
 
 
555 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.107802  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2057  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.4 
 
 
495 aa  243  5e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130961  normal  0.746729 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19601  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  46.08 
 
 
313 aa  243  5e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0713549 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1509  RNA polymerase sigma factor  41.35 
 
 
435 aa  243  5e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.7 
 
 
413 aa  243  5e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>