More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ava_1892 on replicon NC_007413
Organism: Anabaena variabilis ATCC 29413



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  100 
 
 
332 aa  669    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  86.14 
 
 
332 aa  580  1e-164  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  77.67 
 
 
318 aa  503  1e-141  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  75.47 
 
 
318 aa  484  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  75.24 
 
 
319 aa  481  1e-135  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  75.47 
 
 
318 aa  484  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  75.47 
 
 
318 aa  477  1e-133  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  69.18 
 
 
320 aa  436  1e-121  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  64.35 
 
 
327 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  63.03 
 
 
328 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  63.03 
 
 
328 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  61.03 
 
 
328 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  63.23 
 
 
327 aa  414  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  61.96 
 
 
327 aa  416  9.999999999999999e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  62.03 
 
 
320 aa  396  1e-109  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  57.96 
 
 
336 aa  381  1e-105  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  54.49 
 
 
316 aa  346  3e-94  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  54.08 
 
 
335 aa  343  2e-93  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.52 
 
 
332 aa  335  5e-91  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  49.73 
 
 
416 aa  335  7e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  51.56 
 
 
417 aa  333  3e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  47.85 
 
 
398 aa  327  1.0000000000000001e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.04 
 
 
335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.72 
 
 
335 aa  325  6e-88  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.58 
 
 
455 aa  322  6e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  53.82 
 
 
350 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.51 
 
 
418 aa  316  4e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.16 
 
 
344 aa  315  8e-85  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.16 
 
 
344 aa  314  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  52.52 
 
 
320 aa  313  1.9999999999999998e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.31 
 
 
333 aa  313  2.9999999999999996e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.79 
 
 
344 aa  312  4.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.74 
 
 
335 aa  312  5.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.42 
 
 
417 aa  310  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.42 
 
 
417 aa  310  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.99 
 
 
410 aa  307  1.0000000000000001e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.19 
 
 
386 aa  298  9e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  46.6 
 
 
390 aa  293  2e-78  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.63 
 
 
376 aa  293  4e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.85 
 
 
378 aa  292  5e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.71 
 
 
379 aa  292  7e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.71 
 
 
379 aa  292  7e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.3 
 
 
390 aa  291  1e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  44.6 
 
 
377 aa  291  1e-77  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 
399 aa  290  3e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  42.25 
 
 
377 aa  289  4e-77  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  43.85 
 
 
376 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  49.17 
 
 
389 aa  280  2e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.03 
 
 
420 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  48.84 
 
 
378 aa  277  2e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.35 
 
 
372 aa  276  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.72 
 
 
420 aa  276  3e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.48 
 
 
444 aa  276  4e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.58 
 
 
435 aa  275  9e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.72 
 
 
451 aa  275  1.0000000000000001e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.64 
 
 
425 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.01 
 
 
295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.84 
 
 
397 aa  273  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.16 
 
 
394 aa  273  3e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.68 
 
 
409 aa  273  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.23 
 
 
372 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0160  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50 
 
 
375 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.303814  normal  0.0300558 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  48.68 
 
 
409 aa  273  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0164  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50 
 
 
375 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  43.28 
 
 
384 aa  273  4.0000000000000004e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.84 
 
 
393 aa  272  5.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.84 
 
 
394 aa  271  9e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  48.85 
 
 
413 aa  270  2e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  46.51 
 
 
478 aa  269  5e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3939  RNA polymerase sigma factor  46.51 
 
 
488 aa  268  1e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1607  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.28 
 
 
559 aa  268  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.512877  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  47.51 
 
 
528 aa  267  1e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.84 
 
 
295 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3505  sigma 38  47.78 
 
 
422 aa  266  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1237  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.52 
 
 
423 aa  266  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.002863 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2963  RNA polymerase sigma factor  45.25 
 
 
495 aa  265  7e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.743322  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24330  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.1 
 
 
439 aa  265  1e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134736 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3764  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.43 
 
 
448 aa  265  1e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  46.84 
 
 
480 aa  263  2e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  44.62 
 
 
559 aa  263  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  46.84 
 
 
480 aa  263  2e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2231  RNA polymerase sigma factor  46.84 
 
 
480 aa  263  2e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128274  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1430  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.98 
 
 
495 aa  263  3e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2057  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.45 
 
 
495 aa  263  3e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130961  normal  0.746729 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  45.05 
 
 
616 aa  263  4e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.18 
 
 
489 aa  263  4e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24480  RNA polymerase sigma factor SigB  47.04 
 
 
342 aa  261  8e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0306487  normal  0.46381 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.67 
 
 
375 aa  261  8e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16690  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  45.25 
 
 
594 aa  261  1e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.029353 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13280  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  44.16 
 
 
497 aa  261  1e-68  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00389203  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1509  RNA polymerase sigma factor  46.1 
 
 
435 aa  261  1e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.67 
 
 
374 aa  261  1e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1864  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.78 
 
 
429 aa  260  2e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.123565  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1917  RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 
499 aa  260  2e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0130031 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2398  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  46.49 
 
 
555 aa  260  2e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.107802  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1704  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  45.28 
 
 
478 aa  260  2e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.602243  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7088  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  46.05 
 
 
561 aa  259  3e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0640657  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0365  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.33 
 
 
338 aa  259  3e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1878  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.18 
 
 
483 aa  260  3e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.230521  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  45.25 
 
 
310 aa  259  4e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>