More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_0672 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  100 
 
 
320 aa  642    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  71.38 
 
 
318 aa  449  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  69.5 
 
 
318 aa  444  1e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  69.33 
 
 
318 aa  440  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  69.33 
 
 
318 aa  440  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  69.18 
 
 
332 aa  436  1e-121  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  69.69 
 
 
319 aa  437  1e-121  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  68.55 
 
 
332 aa  429  1e-119  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  65.81 
 
 
327 aa  416  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  63.75 
 
 
328 aa  411  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  62.62 
 
 
328 aa  410  1e-113  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  62.62 
 
 
328 aa  409  1e-113  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  62.94 
 
 
327 aa  404  1e-111  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  61.98 
 
 
327 aa  395  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  61.88 
 
 
336 aa  392  1e-108  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  61.02 
 
 
320 aa  378  1e-104  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  56.43 
 
 
335 aa  350  2e-95  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  55.24 
 
 
335 aa  345  7e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  56.59 
 
 
332 aa  344  1e-93  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  54.98 
 
 
335 aa  338  8e-92  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  55.31 
 
 
335 aa  337  9.999999999999999e-92  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  56.59 
 
 
350 aa  335  7.999999999999999e-91  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  51.4 
 
 
416 aa  333  2e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  51.24 
 
 
417 aa  333  2e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.72 
 
 
417 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.72 
 
 
417 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.28 
 
 
455 aa  326  3e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  54.02 
 
 
344 aa  326  3e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  54.81 
 
 
333 aa  326  3e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  54.84 
 
 
320 aa  325  6e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.58 
 
 
418 aa  325  6e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.7 
 
 
344 aa  325  8.000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  51.44 
 
 
316 aa  325  9e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  53.38 
 
 
344 aa  324  1e-87  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  49.86 
 
 
398 aa  322  8e-87  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  48.2 
 
 
410 aa  313  1.9999999999999998e-84  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.77 
 
 
390 aa  293  3e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.11 
 
 
377 aa  291  8e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  47.47 
 
 
377 aa  290  2e-77  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  45.79 
 
 
376 aa  288  9e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.51 
 
 
378 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.14 
 
 
376 aa  285  9e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  54.14 
 
 
372 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  44.83 
 
 
390 aa  284  1.0000000000000001e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.41 
 
 
435 aa  280  2e-74  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.41 
 
 
379 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.41 
 
 
379 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.41 
 
 
451 aa  280  3e-74  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.41 
 
 
386 aa  280  3e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.09 
 
 
444 aa  279  4e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.41 
 
 
420 aa  278  7e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.41 
 
 
420 aa  278  8e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.03 
 
 
399 aa  278  1e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.09 
 
 
425 aa  277  2e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1493  RNA polymerase sigma factor SigB  48.05 
 
 
330 aa  276  4e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.499176  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41331  predicted protein  43.99 
 
 
344 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.060749  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  47.3 
 
 
409 aa  273  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0365  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.17 
 
 
338 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.3 
 
 
409 aa  273  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.84 
 
 
372 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.68 
 
 
295 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  49.35 
 
 
389 aa  270  2e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.77 
 
 
397 aa  269  5e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  50.8 
 
 
413 aa  268  5.9999999999999995e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.77 
 
 
393 aa  268  8e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1607  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.74 
 
 
559 aa  268  8.999999999999999e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.512877  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4379  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.5 
 
 
400 aa  268  1e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.77 
 
 
394 aa  267  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1237  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.56 
 
 
423 aa  267  2e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.002863 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24480  RNA polymerase sigma factor SigB  48.2 
 
 
342 aa  267  2e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0306487  normal  0.46381 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0160  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.12 
 
 
375 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.303814  normal  0.0300558 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0164  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.12 
 
 
375 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.77 
 
 
394 aa  267  2e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3505  sigma 38  47.52 
 
 
422 aa  266  5e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.03 
 
 
375 aa  264  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09100  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  44.41 
 
 
422 aa  263  2e-69  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.321739  normal  0.63498 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  48.38 
 
 
378 aa  263  3e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3785  RNA polymerase sigma factor SigB  45.14 
 
 
334 aa  263  3e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0872543  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  46.11 
 
 
616 aa  263  4e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.7 
 
 
374 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7088  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  45.6 
 
 
561 aa  262  6e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0640657  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  45.82 
 
 
528 aa  261  8e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2398  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  45.57 
 
 
555 aa  261  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.107802  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1311  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.26 
 
 
409 aa  260  2e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.046516 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1991  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.17 
 
 
549 aa  260  2e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.918536  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1188  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  46.52 
 
 
367 aa  260  2e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3764  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.56 
 
 
448 aa  259  3e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1704  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  46.47 
 
 
478 aa  259  4e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.602243  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  45.26 
 
 
480 aa  259  6e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0015  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.18 
 
 
400 aa  259  6e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128011  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  45.26 
 
 
480 aa  258  7e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2231  RNA polymerase sigma factor  45.26 
 
 
480 aa  258  7e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128274  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1864  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.91 
 
 
429 aa  258  8e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.123565  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15880  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.03 
 
 
516 aa  258  9e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.876653  normal  0.155423 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2057  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.72 
 
 
495 aa  258  1e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130961  normal  0.746729 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  45.98 
 
 
310 aa  258  1e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0114  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.01 
 
 
344 aa  258  1e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1617  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.69 
 
 
441 aa  258  1e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00878104  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1430  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.43 
 
 
495 aa  258  1e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2238  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  45.45 
 
 
337 aa  257  1e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0708538  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>