More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PCC8801_2539 on replicon NC_011726
Organism: Cyanothece sp. PCC 8801



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  99.7 
 
 
328 aa  669    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
328 aa  670    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  82.93 
 
 
328 aa  560  1e-158  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  75.84 
 
 
327 aa  510  1e-143  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  74.92 
 
 
327 aa  501  1e-141  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  71.56 
 
 
327 aa  486  1e-136  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  72.95 
 
 
336 aa  469  1.0000000000000001e-131  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  68.87 
 
 
320 aa  451  1.0000000000000001e-126  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  67.63 
 
 
318 aa  436  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  67.63 
 
 
318 aa  436  1e-121  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  66.67 
 
 
318 aa  434  1e-120  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  66.13 
 
 
319 aa  429  1e-119  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  63.03 
 
 
332 aa  425  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  66.45 
 
 
318 aa  427  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  61.96 
 
 
332 aa  425  1e-118  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  62.62 
 
 
320 aa  410  1e-113  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  58.97 
 
 
316 aa  378  1e-104  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.42 
 
 
332 aa  352  5.9999999999999994e-96  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.55 
 
 
335 aa  351  1e-95  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  54.66 
 
 
350 aa  335  5.999999999999999e-91  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  52.09 
 
 
344 aa  332  5e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  52.87 
 
 
320 aa  331  9e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.77 
 
 
344 aa  331  1e-89  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.77 
 
 
344 aa  331  1e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.77 
 
 
333 aa  330  2e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.29 
 
 
335 aa  328  8e-89  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.4 
 
 
418 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.29 
 
 
335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  49.58 
 
 
398 aa  326  4.0000000000000003e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.01 
 
 
417 aa  322  7e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.01 
 
 
417 aa  322  7e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  46.59 
 
 
417 aa  320  1.9999999999999998e-86  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.97 
 
 
335 aa  319  5e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.33 
 
 
377 aa  315  5e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  45.26 
 
 
377 aa  315  8e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  46.2 
 
 
416 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.74 
 
 
455 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  46.87 
 
 
410 aa  306  4.0000000000000004e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.04 
 
 
376 aa  302  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  45.76 
 
 
376 aa  302  6.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.25 
 
 
390 aa  300  3e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  46.88 
 
 
390 aa  300  3e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.69 
 
 
386 aa  298  7e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.66 
 
 
295 aa  296  2e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.5 
 
 
444 aa  296  3e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.37 
 
 
379 aa  295  5e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.37 
 
 
379 aa  295  5e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.25 
 
 
378 aa  295  7e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.82 
 
 
451 aa  293  3e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.82 
 
 
435 aa  293  3e-78  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.6 
 
 
399 aa  290  2e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.18 
 
 
425 aa  290  3e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.5 
 
 
420 aa  288  7e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.5 
 
 
420 aa  288  8e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.86 
 
 
394 aa  286  4e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.54 
 
 
397 aa  283  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.54 
 
 
393 aa  283  3.0000000000000004e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.54 
 
 
394 aa  282  5.000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.67 
 
 
295 aa  282  6.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  47.95 
 
 
310 aa  280  3e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  49.17 
 
 
389 aa  278  8e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.5 
 
 
372 aa  276  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.12 
 
 
374 aa  276  3e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  46.6 
 
 
314 aa  276  4e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1726  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.12 
 
 
369 aa  275  6e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.79 
 
 
375 aa  275  6e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1704  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  46.51 
 
 
478 aa  275  9e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.602243  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  44.79 
 
 
409 aa  274  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.79 
 
 
409 aa  274  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  49.01 
 
 
413 aa  273  3e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  48.17 
 
 
378 aa  272  6e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  45.05 
 
 
616 aa  272  7e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.62 
 
 
489 aa  271  7e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1607  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.79 
 
 
559 aa  271  1e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.512877  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1878  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.37 
 
 
483 aa  270  2.9999999999999997e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.230521  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1430  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.94 
 
 
495 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.68 
 
 
372 aa  269  4e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2352  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.01 
 
 
392 aa  269  5e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  45.69 
 
 
559 aa  269  5.9999999999999995e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09100  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  44.55 
 
 
422 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.321739  normal  0.63498 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3939  RNA polymerase sigma factor  45.94 
 
 
488 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1188  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  46.95 
 
 
367 aa  268  8e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3312  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.05 
 
 
571 aa  268  1e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1493  RNA polymerase sigma factor SigB  42.81 
 
 
330 aa  267  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.499176  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0624  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.47 
 
 
361 aa  266  2e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00076534  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4216  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.83 
 
 
372 aa  267  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000301264  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  45.62 
 
 
528 aa  267  2e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  44.79 
 
 
478 aa  267  2e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2398  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  46.3 
 
 
555 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.107802  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7088  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  46.65 
 
 
561 aa  266  2.9999999999999995e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0640657  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1311  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44 
 
 
409 aa  266  4e-70  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.046516 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24330  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.37 
 
 
439 aa  266  4e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134736 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  45.31 
 
 
480 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  45.31 
 
 
480 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2231  RNA polymerase sigma factor  45.31 
 
 
480 aa  266  4e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128274  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3764  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.43 
 
 
448 aa  265  5.999999999999999e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14501  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  47.32 
 
 
313 aa  265  8e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2057  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.16 
 
 
495 aa  265  8e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130961  normal  0.746729 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4016  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like protein  46.38 
 
 
452 aa  265  8.999999999999999e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0626871  normal  0.0433462 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3197  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.69 
 
 
385 aa  265  1e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>