More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tery_0784 on replicon NC_008312
Organism: Trichodesmium erythraeum IMS101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
336 aa  678    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  77.71 
 
 
327 aa  502  1e-141  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  75.68 
 
 
327 aa  503  1e-141  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  74.69 
 
 
327 aa  483  1e-135  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  73.46 
 
 
328 aa  483  1e-135  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  72.95 
 
 
328 aa  479  1e-134  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  72.64 
 
 
328 aa  478  1e-134  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  65.38 
 
 
320 aa  411  1e-114  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  62.66 
 
 
318 aa  407  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  63.26 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  62.5 
 
 
319 aa  407  1.0000000000000001e-112  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  63.26 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  62.19 
 
 
320 aa  401  1e-111  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  57.96 
 
 
332 aa  392  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  60.44 
 
 
318 aa  394  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  60.13 
 
 
332 aa  386  1e-106  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  60.58 
 
 
316 aa  382  1e-105  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.68 
 
 
335 aa  340  2.9999999999999998e-92  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  54.34 
 
 
332 aa  339  4e-92  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.12 
 
 
335 aa  324  1e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  51.12 
 
 
335 aa  322  4e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  53.35 
 
 
350 aa  322  5e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  52.56 
 
 
320 aa  321  9.999999999999999e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.21 
 
 
344 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.65 
 
 
344 aa  318  6e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  50.79 
 
 
333 aa  318  7.999999999999999e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.61 
 
 
418 aa  317  1e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  47.62 
 
 
344 aa  318  1e-85  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  49.21 
 
 
335 aa  311  6.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  48.19 
 
 
398 aa  311  9e-84  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.04 
 
 
417 aa  310  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.04 
 
 
417 aa  310  2e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  46.26 
 
 
417 aa  307  1.0000000000000001e-82  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  45.38 
 
 
416 aa  305  8.000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.75 
 
 
455 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.77 
 
 
410 aa  297  2e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.24 
 
 
377 aa  296  4e-79  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  46.78 
 
 
377 aa  293  2e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  46.93 
 
 
314 aa  290  2e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  47.61 
 
 
376 aa  290  2e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.2 
 
 
295 aa  286  4e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09100  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  47.78 
 
 
422 aa  281  1e-74  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.321739  normal  0.63498 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.28 
 
 
390 aa  280  3e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.28 
 
 
409 aa  279  4e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  47.28 
 
 
409 aa  279  4e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.94 
 
 
295 aa  279  5e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  50.67 
 
 
310 aa  279  5e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.5 
 
 
372 aa  278  9e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  42.69 
 
 
390 aa  277  2e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.84 
 
 
378 aa  276  4e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.75 
 
 
444 aa  275  6e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.83 
 
 
372 aa  275  9e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.71 
 
 
386 aa  274  1.0000000000000001e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3764  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.79 
 
 
448 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1311  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.37 
 
 
409 aa  273  4.0000000000000004e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.046516 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.28 
 
 
376 aa  272  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  48.23 
 
 
389 aa  272  6e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.26 
 
 
379 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.26 
 
 
379 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.75 
 
 
451 aa  271  1e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24330  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.54 
 
 
439 aa  271  1e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.134736 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.1 
 
 
384 aa  271  1e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1509  RNA polymerase sigma factor  45.22 
 
 
435 aa  271  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
489 aa  271  1e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3939  RNA polymerase sigma factor  45.22 
 
 
488 aa  270  2e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.44 
 
 
420 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  47.17 
 
 
480 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.75 
 
 
435 aa  270  2e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.47 
 
 
425 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.44 
 
 
420 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  47.17 
 
 
480 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  49.67 
 
 
413 aa  271  2e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2231  RNA polymerase sigma factor  47.17 
 
 
480 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128274  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  45.4 
 
 
528 aa  270  2e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0824  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45 
 
 
455 aa  270  2e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00671165  hitchhiker  0.000482481 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1864  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.9 
 
 
429 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.123565  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.17 
 
 
393 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2461  RNA polymerase sigma factor  45.4 
 
 
478 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  45.59 
 
 
378 aa  270  4e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2057  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.55 
 
 
495 aa  269  4e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.130961  normal  0.746729 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.44 
 
 
397 aa  269  4e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2352  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.06 
 
 
392 aa  269  5.9999999999999995e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.17 
 
 
394 aa  269  5.9999999999999995e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.17 
 
 
394 aa  268  7e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.65 
 
 
374 aa  267  2e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1726  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.75 
 
 
369 aa  267  2e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1878  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.28 
 
 
483 aa  267  2e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.230521  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09420  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  44.79 
 
 
394 aa  267  2e-70  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.702533 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  44.94 
 
 
616 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16690  RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal domain/RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  44.06 
 
 
594 aa  266  2.9999999999999995e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.029353 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14881  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.53 
 
 
313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14741  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.23 
 
 
313 aa  266  4e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1430  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.17 
 
 
495 aa  266  4e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2963  RNA polymerase sigma factor  45.54 
 
 
495 aa  266  4e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.743322  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.34 
 
 
375 aa  266  5e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0569  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like  49.5 
 
 
311 aa  266  5e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544782 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1188  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  49.2 
 
 
367 aa  266  5e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  45.14 
 
 
559 aa  266  5e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1917  RNA polymerase sigma factor  44.38 
 
 
499 aa  265  5.999999999999999e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0130031 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1440  RNA polymerase sigma factor  46.37 
 
 
532 aa  265  8e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00316128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>