More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9515_18181 on replicon NC_008817
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9515



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
333 aa  674    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  95.8 
 
 
344 aa  648    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  94.89 
 
 
344 aa  645    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  94.29 
 
 
344 aa  644    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  79.23 
 
 
335 aa  508  1e-143  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  78.59 
 
 
335 aa  506  9.999999999999999e-143  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  78.27 
 
 
335 aa  499  1e-140  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  75.47 
 
 
332 aa  494  1e-139  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  71.47 
 
 
335 aa  483  1e-135  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  75.3 
 
 
350 aa  471  1e-132  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  73.98 
 
 
320 aa  455  1e-127  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  53.38 
 
 
327 aa  332  4e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  51.89 
 
 
327 aa  330  1e-89  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  52.81 
 
 
320 aa  330  2e-89  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  51.77 
 
 
328 aa  330  2e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  51.24 
 
 
328 aa  329  4e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  50.31 
 
 
328 aa  329  5.0000000000000004e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  54.81 
 
 
320 aa  326  3e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  50.79 
 
 
318 aa  322  5e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  50.79 
 
 
318 aa  322  5e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  51.75 
 
 
318 aa  322  5e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  52.56 
 
 
327 aa  322  8e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  51.61 
 
 
318 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  50.79 
 
 
336 aa  318  7e-86  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  50.31 
 
 
332 aa  313  2.9999999999999996e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  50.64 
 
 
319 aa  312  4.999999999999999e-84  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  48.78 
 
 
332 aa  308  6.999999999999999e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  46.67 
 
 
316 aa  299  3e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.33 
 
 
418 aa  279  5e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.38 
 
 
417 aa  278  9e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.38 
 
 
417 aa  278  9e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  44 
 
 
376 aa  274  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  42.12 
 
 
398 aa  271  8.000000000000001e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.22 
 
 
386 aa  269  4e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  43.22 
 
 
417 aa  267  2e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  42.49 
 
 
377 aa  266  5e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  42.66 
 
 
416 aa  265  7e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  42.82 
 
 
377 aa  264  2e-69  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.44 
 
 
455 aa  262  4.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  42.9 
 
 
390 aa  261  2e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.24 
 
 
378 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.9 
 
 
390 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.57 
 
 
420 aa  256  3e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.57 
 
 
420 aa  256  3e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.24 
 
 
379 aa  256  5e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.57 
 
 
376 aa  256  5e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.24 
 
 
379 aa  256  5e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.64 
 
 
444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.89 
 
 
399 aa  251  1e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.91 
 
 
425 aa  251  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.91 
 
 
451 aa  249  4e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.91 
 
 
435 aa  249  4e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  40.77 
 
 
410 aa  248  1e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  43.32 
 
 
389 aa  247  2e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.54 
 
 
393 aa  246  4e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.17 
 
 
372 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.72 
 
 
295 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.57 
 
 
397 aa  244  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  43 
 
 
378 aa  243  3e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.55 
 
 
413 aa  243  3e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.83 
 
 
409 aa  243  3.9999999999999997e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  41.83 
 
 
409 aa  243  5e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0015  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.28 
 
 
400 aa  242  7.999999999999999e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0128011  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  41.03 
 
 
314 aa  242  7.999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.68 
 
 
372 aa  241  9e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14741  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.55 
 
 
313 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.24 
 
 
394 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14881  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.55 
 
 
313 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14501  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.88 
 
 
313 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.24 
 
 
394 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0164  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.38 
 
 
375 aa  239  4e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2293  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.19 
 
 
328 aa  239  4e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  45.28 
 
 
310 aa  239  4e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2238  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  42.95 
 
 
337 aa  239  4e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0708538  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0160  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.38 
 
 
375 aa  239  4e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.303814  normal  0.0300558 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1761  RNA polymerase sigma factor  40.59 
 
 
559 aa  239  5e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29951  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  42.68 
 
 
344 aa  239  5.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.982291 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18881  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.37 
 
 
339 aa  238  9e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.231535  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1305  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.72 
 
 
340 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1385  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.22 
 
 
313 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3505  sigma 38  42.95 
 
 
422 aa  238  1e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18311  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.59 
 
 
338 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21781  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.72 
 
 
340 aa  238  2e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.185298 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  39.63 
 
 
384 aa  238  2e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3785  RNA polymerase sigma factor SigB  42.33 
 
 
334 aa  236  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0872543  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0569  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)-like  42.86 
 
 
311 aa  236  4e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544782 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18881  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.77 
 
 
339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1790  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.77 
 
 
339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0397126  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19071  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.77 
 
 
339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2664  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.23 
 
 
328 aa  235  6e-61  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0927845  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_41331  predicted protein  40.68 
 
 
344 aa  235  6e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.060749  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0201  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.81 
 
 
398 aa  235  9e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.974231  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2139  RNA polymerase sigma factor  40.07 
 
 
616 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1237  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.43 
 
 
423 aa  235  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.002863 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.14 
 
 
295 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2352  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.98 
 
 
392 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0879  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.07 
 
 
312 aa  233  2.0000000000000002e-60  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.253723  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1430  RNA polymerase, sigma 28 subunit  40.92 
 
 
495 aa  232  5e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4616  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.81 
 
 
401 aa  232  7.000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1520  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.74 
 
 
313 aa  232  8.000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.989243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>