More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_0093 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_0093  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
335 aa  675    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0139  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  90.45 
 
 
332 aa  617  1e-176  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20821  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  77.25 
 
 
335 aa  518  1e-146  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01641  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  80.42 
 
 
350 aa  520  1e-146  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1207  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  76.35 
 
 
335 aa  517  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18211  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  75.53 
 
 
344 aa  504  9.999999999999999e-143  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18391  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  77.57 
 
 
344 aa  506  9.999999999999999e-143  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09841  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  81.33 
 
 
320 aa  501  1e-141  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1722  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  74.32 
 
 
344 aa  498  1e-140  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.733843  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18181  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  78.27 
 
 
333 aa  499  1e-140  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17561  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  72.24 
 
 
335 aa  484  1e-136  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.041437  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1746  group2 RNA polymerase sigma factor SigB  58.39 
 
 
320 aa  361  1e-98  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.204199  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2539  RNA polymerase sigma factor  52.55 
 
 
328 aa  351  1e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3060  RNA polymerase sigma factor SigD  56.13 
 
 
318 aa  350  2e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.650467 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3061  RNA polymerase sigma factor SigD  56.13 
 
 
318 aa  350  2e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3567  RNA polymerase sigma factor  52.25 
 
 
328 aa  350  3e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000319642  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0672  RNA polymerase sigma factor SigD  56.43 
 
 
320 aa  350  3e-95  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194136  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2825  RNA polymerase sigma factor  51.82 
 
 
328 aa  347  1e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000598465 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4527  RNA polymerase sigma factor SigD  55.45 
 
 
318 aa  347  1e-94  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.479044 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1480  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  55.16 
 
 
327 aa  345  8.999999999999999e-94  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000452918  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1673  RNA polymerase sigma factor SigD  55.48 
 
 
318 aa  344  1e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1584  RNA polymerase sigma factor  53.52 
 
 
327 aa  343  2e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0418085 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1892  RNA polymerase sigma factor SigD  54.08 
 
 
332 aa  343  2e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.96303 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0572  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  51.34 
 
 
332 aa  343  2e-93  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1905  RNA polymerase sigma factor  54.52 
 
 
327 aa  337  9.999999999999999e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000225231  normal  0.0162266 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0784  RNA polymerase sigma factor  51.68 
 
 
336 aa  333  2e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532885  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4058  RNA polymerase sigma factor SigD  53.82 
 
 
319 aa  333  2e-90  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.284305  normal  0.0136203 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0053  sigma-28  47.42 
 
 
316 aa  303  3.0000000000000004e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4132  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.48 
 
 
417 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4172  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.48 
 
 
417 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0384182  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2820  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.93 
 
 
418 aa  282  7.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.075955 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1164  RNA polymerase sigma factor SigC  44.88 
 
 
416 aa  280  2e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.115543  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1849  RNA polymerase sigma factor SigC  42.06 
 
 
398 aa  280  2e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.291457 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0565  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  46.06 
 
 
417 aa  278  6e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29561  putative type II alternative RNA polymerase sigma factor  42.46 
 
 
376 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07291  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.63 
 
 
444 aa  269  5e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5068  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.3 
 
 
386 aa  269  5.9999999999999995e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.651182  normal  0.814117 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1788  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.32 
 
 
455 aa  268  7e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.847972  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1979  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.97 
 
 
376 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.953654 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2596  type II alternative RNA polymerase sigma factor  43.4 
 
 
377 aa  268  1e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.297655 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04961  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.9 
 
 
425 aa  267  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.147427  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1678  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.63 
 
 
451 aa  267  2e-70  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2234  type II alternative RNA polymerase sigma factor  42.15 
 
 
377 aa  267  2e-70  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0681  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.41 
 
 
435 aa  265  8e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.875896 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0111  sigma-70  44.66 
 
 
314 aa  265  1e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1410  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 
390 aa  263  3e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.414735  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.3 
 
 
420 aa  262  6e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.417716 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2817  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  42.55 
 
 
390 aa  262  6.999999999999999e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00156659  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1829  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.3 
 
 
420 aa  262  8e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0150  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.29 
 
 
379 aa  259  4e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00526884  hitchhiker  0.00120338 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3985  RpoD subfamily RNA polymerase sigma 70 subunit  43.12 
 
 
389 aa  259  4e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0154  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.29 
 
 
379 aa  259  4e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1514  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.29 
 
 
378 aa  258  7e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1198  sigma 28 (flagella/sporulation)  42.81 
 
 
378 aa  256  3e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1557  principal RNA polymerase sigma factor SigA  46.11 
 
 
310 aa  256  5e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.110322  normal  0.483499 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1415  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.69 
 
 
295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3122  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.03 
 
 
372 aa  251  8.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4426  RNA polymerase, sigma 28 subunit  41.53 
 
 
384 aa  252  8.000000000000001e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1956  RNA polymerase, sigma 28 subunit  42.05 
 
 
410 aa  251  1e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.672319  decreased coverage  0.00257504 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21781  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.98 
 
 
340 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.185298 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1305  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.98 
 
 
340 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14741  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.84 
 
 
313 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0568  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.18 
 
 
372 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14501  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  46.53 
 
 
313 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14881  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.87 
 
 
313 aa  249  4e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0649  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.63 
 
 
399 aa  248  9e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0164  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.1 
 
 
375 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2293  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.9 
 
 
328 aa  248  1e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0160  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.1 
 
 
375 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.303814  normal  0.0300558 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05601  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.3 
 
 
397 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29951  Type II alternative RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family protein  44.01 
 
 
344 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.982291 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0497  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.3 
 
 
393 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1385  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.87 
 
 
313 aa  248  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05231  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.3 
 
 
394 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05531  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.3 
 
 
394 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3149  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.24 
 
 
295 aa  245  9e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.363768 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17091  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.27 
 
 
313 aa  244  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.428948  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0856  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)  44.27 
 
 
313 aa  244  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.366395  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18881  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  42.42 
 
 
339 aa  245  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.231535  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0297  RNA polymerase sigma factor  42.04 
 
 
474 aa  244  9.999999999999999e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18311  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.34 
 
 
338 aa  244  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3785  RNA polymerase sigma factor SigB  44.84 
 
 
334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0872543  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2664  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.55 
 
 
328 aa  244  1.9999999999999999e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0927845  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2238  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  43.21 
 
 
337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0708538  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1188  RpoD subfamily RNA polymerase sigma-70  43.81 
 
 
367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1713  RNA polymerase, sigma 28 subunit  45.33 
 
 
413 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.0793228 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13361  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.34 
 
 
313 aa  243  3e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.104239  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1834  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.4 
 
 
330 aa  243  3e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.918452  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12724  RNA polymerase sigma factor SigB  41.81 
 
 
345 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2129  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.13 
 
 
409 aa  243  3.9999999999999997e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0692  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.16 
 
 
489 aa  243  5e-63  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1283  sigma 38  43.13 
 
 
409 aa  243  5e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12718  RNA polymerase sigma factor  43.32 
 
 
528 aa  242  6e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0365  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  44.67 
 
 
338 aa  242  6e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1878  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.8 
 
 
483 aa  242  7e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.230521  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2245  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 
489 aa  241  9e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0879  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  44.89 
 
 
312 aa  241  9e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.253723  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3939  RNA polymerase sigma factor  43 
 
 
488 aa  241  1e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2185  RNA polymerase sigma factor  41.8 
 
 
480 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2174  RNA polymerase sigma factor  41.8 
 
 
480 aa  241  1e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.512894  hitchhiker  0.00228971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>