More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0080 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_0080  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 
459 aa  909    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.163875 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2788  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.71 
 
 
512 aa  217  4e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.786059  normal  0.240357 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4162  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  54.23 
 
 
472 aa  212  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4202  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.83 
 
 
407 aa  191  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.217189  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.21 
 
 
560 aa  177  4e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0081  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.28 
 
 
564 aa  174  3.9999999999999995e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.171245 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2244  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.72 
 
 
499 aa  172  9e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2344  TonB family protein  36.12 
 
 
220 aa  137  5e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.388453  hitchhiker  0.00869444 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1093  TonB family protein  44.54 
 
 
134 aa  82.4  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1508  TonB family protein  40.91 
 
 
121 aa  74.7  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1009  TonB family protein  39.33 
 
 
565 aa  74.7  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0137762 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0385  TonB family protein  41.86 
 
 
112 aa  73.9  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.07 
 
 
205 aa  73.9  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0845  TonB domain-containing protein  41.75 
 
 
259 aa  72.8  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.286568  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1647  sigma-24 (FecI-like)  28.23 
 
 
541 aa  69.7  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6420  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.25 
 
 
174 aa  69.7  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.562422 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4505  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.43 
 
 
174 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.14647  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.94 
 
 
186 aa  68.6  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1657  TonB family protein  40.86 
 
 
237 aa  67.8  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.107478  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3852  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
189 aa  67  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0456  TonB-like  31.88 
 
 
223 aa  66.6  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00460811  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  30.36 
 
 
203 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1461  TonB family protein  40.54 
 
 
225 aa  65.1  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0575  TonB family protein  37.5 
 
 
270 aa  64.3  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3452  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.42 
 
 
198 aa  63.9  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
203 aa  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0545  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.32 
 
 
175 aa  63.5  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.54892  normal  0.0924037 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3681  RNA polymerase sigma factor  29.44 
 
 
207 aa  63.5  0.000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.911534  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0350  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.64 
 
 
196 aa  63.2  0.000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0293923 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2156  TonB-like  37.89 
 
 
219 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2863  TonB family protein  38.04 
 
 
390 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1857  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.59 
 
 
201 aa  62  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.389355  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  29.17 
 
 
203 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.29 
 
 
186 aa  62  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  28.65 
 
 
189 aa  61.6  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3056  RNA polymerase sigma factor  28.9 
 
 
203 aa  60.8  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331913  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02810  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  31.64 
 
 
223 aa  60.5  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3521  TonB family protein  33.65 
 
 
212 aa  60.1  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2004  RNA polymerase sigma factor  32.73 
 
 
196 aa  60.1  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4446  LuxR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
165 aa  60.1  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0133892 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  28.89 
 
 
203 aa  60.1  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2038  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.73 
 
 
205 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.304694  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  27.53 
 
 
189 aa  59.3  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  28.09 
 
 
189 aa  59.7  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2826  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  28.65 
 
 
208 aa  58.5  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3705  tonB protein  38.3 
 
 
277 aa  58.9  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.252589  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0090  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.9 
 
 
212 aa  58.5  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000230493  normal  0.0688251 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.05 
 
 
214 aa  58.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3549  RNA polymerase sigma factor  28.65 
 
 
189 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0093  RNA polymerase sigma factor  27.11 
 
 
203 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.31 
 
 
215 aa  57.8  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  32.57 
 
 
200 aa  57.8  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2122  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.06 
 
 
180 aa  57.8  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.830545  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4422  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.26 
 
 
183 aa  57.4  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0009  TonB family protein  41.03 
 
 
221 aa  57.4  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
194 aa  57  0.0000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.141228  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0009  TonB protein  41.03 
 
 
221 aa  57  0.0000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3842  TonB family protein  36.17 
 
 
227 aa  57  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1570  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.65 
 
 
185 aa  57  0.0000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.17061 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3224  TonB family protein  32.29 
 
 
413 aa  57  0.0000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.222698  normal  0.927933 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.44 
 
 
185 aa  57  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2850  RNA polymerase sigma-70 factor  25 
 
 
192 aa  57  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.105417 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1782  TonB family protein  35.58 
 
 
252 aa  56.6  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0948  RNA polymerase sigma-70 factor  29.82 
 
 
189 aa  56.6  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.799329  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4383  TonB domain/peptidase M56 domain-containing protein  25.82 
 
 
700 aa  56.2  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.5 
 
 
209 aa  56.2  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1923  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.73 
 
 
218 aa  55.8  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.802306  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.63 
 
 
191 aa  56.2  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2085  TonB family protein  35.87 
 
 
319 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.744558  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.71 
 
 
183 aa  56.2  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  28.07 
 
 
253 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  27.03 
 
 
212 aa  55.8  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4405  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.5 
 
 
209 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4988  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.22 
 
 
158 aa  55.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.88444  normal  0.236889 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06430  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  29.09 
 
 
197 aa  55.1  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.53 
 
 
192 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1532  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.9 
 
 
180 aa  55.5  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0195109  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5449  TonB-like  33.73 
 
 
218 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0228377 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0024  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
224 aa  55.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  28.09 
 
 
189 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.48 
 
 
202 aa  55.1  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4496  RNA polymerase sigma factor SigE  29.01 
 
 
269 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11684  normal  0.283711 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0459  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.88 
 
 
199 aa  54.7  0.000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0598  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.64 
 
 
185 aa  54.3  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  28.07 
 
 
260 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4535  RNA polymerase sigma factor SigK  33.91 
 
 
200 aa  53.9  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.394166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  28.07 
 
 
260 aa  54.3  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0473  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.86 
 
 
188 aa  54.3  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1735  TonB family protein  28.08 
 
 
228 aa  54.3  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.298977  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2024  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.9 
 
 
198 aa  53.9  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00199735  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0723  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.63 
 
 
195 aa  53.9  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10450  RNA polymerase sigma factor SigK  31.11 
 
 
187 aa  53.5  0.000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0610  TonB-like protein  33.59 
 
 
217 aa  53.5  0.000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00121909  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.15 
 
 
195 aa  53.5  0.000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3133  RNA polymerase sigma factor SigX  25.69 
 
 
176 aa  53.5  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1836  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.81 
 
 
197 aa  53.5  0.000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1002  TonB family protein  33.7 
 
 
260 aa  53.5  0.000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000685032 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1462  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.22 
 
 
197 aa  53.1  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0151365  normal  0.153091 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  28.75 
 
 
257 aa  53.1  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3677  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.95 
 
 
197 aa  52.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00549514  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>