More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1881 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1881  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 199 aa  394  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  89.66 
 
 		 201 aa  207  7e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  48.31 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0475  transcriptional regulator, LuxR family  57.53 
 
 		 123 aa  68.2  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.282737  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1716  LuxR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4091  LuxR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0720604  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3765  LuxR family transcriptional regulator  65.96 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.825501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0915  two component LuxR family transcriptional regulator  72.73 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000299753  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2455  response regulator VSRC transcription regulator protein  35.07 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  68.89 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  53.7 
 
 		 855 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2742  LuxR response regulator receiver  53.33 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4082  regulatory protein, LuxR  53.85 
 
 		 888 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.566011 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0906  transcriptional regulator, LuxR family  71.11 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000244022  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2880  two component LuxR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.449931 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0902  two component transcriptional regulator, LuxR family  71.11 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.154451  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0857  two component LuxR family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00237341  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  69.77 
 
 		 919 aa  58.5  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  64.44 
 
 		 878 aa  58.2  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 197 aa  58.2  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3502  two component LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2723  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.33 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2334  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.33 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.477601  normal  0.267999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3176  two component LuxR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0570221  normal  0.472976 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3591  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  hitchhiker  0.00313735 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3760  response regulator receiver protein  55.17 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.358522  normal  0.345814 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4530  two component LuxR family transcriptional regulator  60 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470183 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  32.95 
 
 		 960 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1379  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.81 
 
 		 292 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0210202  hitchhiker  0.00446461 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  64.44 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  61.7 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3278  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 214 aa  54.7  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749326 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4528  response regulator receiver  40.43 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5633  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.17 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.603295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  49.12 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  37.96 
 
 		 218 aa  53.9  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0454  two component LuxR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 208 aa  53.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698939  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.68 
 
 		 214 aa  53.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3116  two component transcriptional regulator, LuxR family  60 
 
 		 215 aa  53.1  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4133  two component LuxR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 240 aa  53.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3572  transcriptional regulator, LuxR family  58.82 
 
 		 914 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3065  two component LuxR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4258  two component LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2565  response regulator protein  54.72 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000140338  decreased coverage  0.00000000000000164026 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4433  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.64 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1299  two component LuxR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 273 aa  53.1  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0170327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0625  two component transcriptional regulator, LuxR family  54 
 
 		 216 aa  53.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.732521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 209 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0280  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.69 
 
 		 245 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.417338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 221 aa  52.4  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 194 aa  52.8  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5374  two component response regulator  53.19 
 
 		 779 aa  52.4  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 216 aa  52.8  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  52.17 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 212 aa  52  0.000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0094  two component LuxR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 222 aa  52  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  48.21 
 
 		 216 aa  52  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1106  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 223 aa  52  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2497  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 229 aa  52  0.000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000315398  normal  0.0281112 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  50.98 
 
 		 896 aa  51.6  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  46.97 
 
 		 919 aa  51.6  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2443  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 215 aa  51.6  0.000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.5 
 
 		 227 aa  51.6  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 204 aa  51.6  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3163  two component LuxR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 203 aa  51.6  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.932633  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3954  two component LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 229 aa  51.2  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1962  transcriptional regulator NarL  39.13 
 
 		 216 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.356331 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 550 aa  50.8  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1373  transcriptional regulator NarL  39.13 
 
 		 216 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276843  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3437  two component transcriptional regulator, LuxR family  60 
 
 		 248 aa  51.2  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.39912  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6830  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.55 
 
 		 270 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.54 
 
 		 228 aa  50.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1346  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.39 
 
 		 236 aa  50.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.361751  hitchhiker  0.00000337078 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1904  transcriptional regulator NarL  39.13 
 
 		 216 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1898  transcriptional regulator NarL  39.13 
 
 		 216 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.335981 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 219 aa  51.2  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1556  transcriptional regulator NarL  39.13 
 
 		 216 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.109518 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2318  transcriptional regulator NarL  39.13 
 
 		 216 aa  51.2  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  51.92 
 
 		 925 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3331  transcriptional regulator, LuxR family  38.81 
 
 		 429 aa  50.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.573332  normal  0.222542 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 227 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1848  transcriptional regulator NarL  35 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0710  two component LuxR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 240 aa  50.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.95 
 
 		 225 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 219 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21600  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  36.52 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.49613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2014  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.78 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.172206  hitchhiker  0.00394331 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2840  LuxR family two component transcriptional regulator  54.17 
 
 		 238 aa  50.4  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3718  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.98 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0262455  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2194  transcriptional regulator, LuxR family  59.57 
 
 		 937 aa  50.1  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  41.38 
 
 		 894 aa  50.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  50.79 
 
 		 917 aa  50.4  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03853  transcriptional regulator NarL  37.27 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000020037  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3324  two component transcriptional regulator, LuxR family  59.09 
 
 		 219 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0107044  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 947 aa  50.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4795  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.98 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.180506 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6933  two component LuxR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 244 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.322421 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2357  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 234 aa  50.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  52.73 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>