More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2565 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2565  response regulator protein  100 
 
 		 213 aa  419  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000140338  decreased coverage  0.00000000000000164026 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  33.01 
 
 		 215 aa  105  6e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  33.01 
 
 		 215 aa  105  7e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  33.01 
 
 		 215 aa  105  7e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  33.01 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  33.01 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  33.01 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  33.01 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  33.01 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  33.01 
 
 		 215 aa  103  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 215 aa  102  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1579  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 242 aa  101  8e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0938  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 242 aa  101  9e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1346  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 		 236 aa  99.8  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.361751  hitchhiker  0.00000337078 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.33 
 
 		 228 aa  99.8  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3810  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.52 
 
 		 236 aa  99.4  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225059  normal  0.0261757 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1769  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.56 
 
 		 219 aa  98.6  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.221401  normal  0.0578747 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  33.01 
 
 		 234 aa  97.4  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3421  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 223 aa  97.4  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2848  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.04 
 
 		 212 aa  97.1  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.857037  normal  0.944506 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1617  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.27 
 
 		 214 aa  95.9  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321528  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3639  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.89 
 
 		 215 aa  95.9  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.274763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0553  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 213 aa  95.5  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.82888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 215 aa  95.1  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 		 224 aa  95.1  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.58 
 
 		 226 aa  94.7  8e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2804  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.54 
 
 		 216 aa  94.4  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  0.311692 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  34.78 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 207 aa  94  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2171  two component LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 218 aa  93.6  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0762379  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.24 
 
 		 253 aa  94  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1708  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.685529 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0775  LuxR family two component transcriptional regulator  32.54 
 
 		 234 aa  92.8  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.336237 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0717  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.95 
 
 		 209 aa  92  6e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.854815  normal  0.189113 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4778  two component LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 208 aa  92  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000269792  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0676  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.86 
 
 		 215 aa  91.7  7e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1142  two component LuxR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 222 aa  91.7  7e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4906  response regulator receiver  33.33 
 
 		 205 aa  91.3  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275081  normal  0.875639 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2510  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.99 
 
 		 217 aa  91.3  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0020  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 		 229 aa  90.9  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4080  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.61 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.858367 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1102  LuxR family DNA-binding response regulator  28.99 
 
 		 214 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 208 aa  90.1  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 222 aa  90.1  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04459  two-component system regulatory protein  31.88 
 
 		 213 aa  90.1  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0919  two component LuxR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 214 aa  89.7  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.37 
 
 		 227 aa  89.7  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1616  response regulator receiver  27.01 
 
 		 210 aa  89.7  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.869432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2491  LuxR response regulator receiver  29.19 
 
 		 242 aa  89.4  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.470277  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 237 aa  89.4  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 217 aa  89.4  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1686  two component LuxR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 240 aa  89.4  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.173725  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0759  two component LuxR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 217 aa  89.4  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000356105  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1038  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.56 
 
 		 215 aa  89  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.942109  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0404  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.41 
 
 		 218 aa  88.6  6e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3326  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.56 
 
 		 223 aa  88.6  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3811  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.35 
 
 		 206 aa  89  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252848 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.1 
 
 		 225 aa  88.2  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0857  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.58 
 
 		 219 aa  87.8  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0762303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0609  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 218 aa  87.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4922  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.92 
 
 		 206 aa  87.4  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0302523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0508  response regulator receiver protein  34.76 
 
 		 212 aa  87.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 220 aa  87.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8800  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 215 aa  87  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.752334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3040  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.34 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0154763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5840  two component LuxR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 237 aa  87  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0206065  normal  0.380036 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  30.1 
 
 		 213 aa  87  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1134  two component LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 213 aa  87  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0467  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.44 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000507383 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 238 aa  86.3  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1099  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.4 
 
 		 213 aa  86.3  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1152  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 225 aa  86.3  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 303 aa  86.3  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3238  regulatory protein LuxR  30.63 
 
 		 228 aa  86.3  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  32.86 
 
 		 206 aa  86.7  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 213 aa  86.3  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3380  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.18 
 
 		 222 aa  85.9  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0239  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.18 
 
 		 230 aa  85.9  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2352  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 230 aa  85.9  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.139824 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0214  two component LuxR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 220 aa  85.9  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1936  regulatory protein LuxR  29.77 
 
 		 218 aa  85.5  5e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.548655  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1151  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 225 aa  85.5  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0451  two component transcriptional regulator, LuxR family  29 
 
 		 216 aa  85.5  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2573  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.19 
 
 		 221 aa  85.5  6e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0970392  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3043  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.83 
 
 		 225 aa  85.1  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652561  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3262  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 222 aa  85.1  7e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.764026 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5512  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 250 aa  85.1  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0065  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.84 
 
 		 204 aa  84.7  8e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0806  two component LuxR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 216 aa  84.7  8e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.81 
 
 		 218 aa  84.7  9e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 221 aa  84.7  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.81 
 
 		 218 aa  84.7  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 227 aa  84.7  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0322  DNA-binding response regulator  29.76 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2443  two component LuxR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 215 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 208 aa  84.3  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  31 
 
 		 214 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.79 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>