More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3412 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3412  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 239 aa  482  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.396422 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2945  Endonuclease III FCL domain protein  78.26 
 
 		 254 aa  352  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.590508  hitchhiker  0.00145788 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2718  HhH-GPD family protein  77.29 
 
 		 254 aa  348  5e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.74745 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2840  HhH-GPD family protein  77.68 
 
 		 259 aa  342  4e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465492  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5333  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  74.21 
 
 		 253 aa  340  1e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.278444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2402  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  44.62 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000142862  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1733  HhH-GPD family protein  39.33 
 
 		 241 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.361007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1412  HhH-GPD family protein  45.08 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0762  HhH-GPD family protein  42.08 
 
 		 236 aa  152  7e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4286  HhH-GPD family protein  38.53 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2290  HhH-GPD  40.48 
 
 		 242 aa  132  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0797  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.92 
 
 		 241 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.366524 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0911  HhH-GPD family protein  32.37 
 
 		 219 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.581755  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0980  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  34.08 
 
 		 232 aa  111  9e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000905623  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2013  HhH-GPD family protein  36.17 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.367934 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1044  HhH-GPD family protein  34.16 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.86718 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0785  HhH-GPD  34.19 
 
 		 269 aa  99.8  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0416  endonuclease III/Nth  28.37 
 
 		 208 aa  98.2  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0936  endonuclease III  32.81 
 
 		 204 aa  95.5  6e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1990  endonuclease III  27.15 
 
 		 212 aa  92.8  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1838  endonuclease III  34.55 
 
 		 267 aa  92.8  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.749072  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  26.21 
 
 		 218 aa  92  8e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1090  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.78 
 
 		 236 aa  90.9  1e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.311677  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1461  endonuclease III  33.16 
 
 		 216 aa  91.3  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0504  endonuclease III  27.6 
 
 		 212 aa  90.5  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1681  endonuclease III/Nth  28.89 
 
 		 212 aa  90.9  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3611  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  38.34 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  32.55 
 
 		 657 aa  90.1  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1289  endonuclease III  31.84 
 
 		 220 aa  89.7  4e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00130293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3680  endonuclease III  36.27 
 
 		 230 aa  89.4  5e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3749  endonuclease III  36.27 
 
 		 230 aa  89.4  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2702  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.2 
 
 		 274 aa  89  6e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.620908  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6030  endonuclease III  30.88 
 
 		 215 aa  88.6  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1446  endonuclease III  31.75 
 
 		 217 aa  88.2  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2331  endonuclease III  30.33 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  32.81 
 
 		 207 aa  87.8  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  30.09 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  31.43 
 
 		 213 aa  86.7  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0501  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  27.03 
 
 		 216 aa  86.3  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13250  endonuclease III  31.16 
 
 		 210 aa  85.9  5e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0493  endonuclease III  28.7 
 
 		 220 aa  85.5  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1482  endonuclease III  23.58 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2676  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  31.09 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1318  endonuclease III  27.78 
 
 		 209 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000293814  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1525  endonuclease III  27.27 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000771043  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3737  endonuclease III  35.75 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1965  endonuclease III  29.13 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.522243  normal  0.0145073 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1101  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  26.42 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00131579  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  32.47 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  32.47 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08500  endonuclease III  29.73 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.479508 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1050  endonuclease III  29.59 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.872905  normal  0.0952767 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18220  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  31.56 
 
 		 268 aa  81.6  0.00000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.331491  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2109  endonuclease III  27.78 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.171881  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25390  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  29.74 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0457  endonuclease III  25.58 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.791842 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8862  endonuclease III  29.61 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3075  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.18 
 
 		 270 aa  79.7  0.00000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  30.66 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1244  HhH-GPD family protein  29.73 
 
 		 250 aa  79.3  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00988433  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0118  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.09 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1172  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.32 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0261583  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4319  endonuclease III  30.05 
 
 		 276 aa  78.6  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.145875 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2595  HhH-GPD family protein  32.18 
 
 		 269 aa  78.6  0.00000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  30.19 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1388  endonuclease III  25.62 
 
 		 210 aa  78.2  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.212617  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5316  endonuclease III  30.56 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.541945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1634  endonuclease III  30.53 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0819  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  28.11 
 
 		 218 aa  78.2  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0197  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  31.09 
 
 		 213 aa  78.2  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000114708  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  25.65 
 
 		 219 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  25.65 
 
 		 219 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2692  endonuclease III  29.86 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.841587  normal  0.269141 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.57 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1031  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  29.86 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474778  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4758  endonuclease III  30.33 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0812049  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1074  endonuclease III  38.05 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0720  endonuclease III  32.29 
 
 		 284 aa  77.4  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1092  endonuclease III  30.66 
 
 		 212 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0091  endonuclease III  31.44 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0438  endonuclease III  26.18 
 
 		 203 aa  76.6  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0343367  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1187  endonuclease III, DNA repair  28.42 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00300969  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0422  endonuclease III  32.54 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.226123  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  29.65 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2727  endonuclease III  27.48 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  29.38 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0935  endonuclease III  28.9 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.0000351084  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3695  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  28.27 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0804  endonuclease III  30.73 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.61713 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2319  endonuclease III  28.08 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0190  endonuclease III  27.96 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0197  endonuclease III  29.52 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  30.09 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0470  endonuclease III  31.41 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2122  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.57 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1815  endonuclease III  28.14 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000116865  decreased coverage  0.000297282 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0510  endonuclease III  27.67 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1398  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  30.19 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1731  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  28.65 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3627  endonuclease III  30.15 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620738  normal  0.69522 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>