More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_2290 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_2290  HhH-GPD  100 
 
 
242 aa  496  1e-139  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1733  HhH-GPD family protein  46.98 
 
 
241 aa  201  9e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.361007  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4286  HhH-GPD family protein  53.66 
 
 
224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.507198  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0762  HhH-GPD family protein  41.28 
 
 
236 aa  166  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2402  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  40.39 
 
 
222 aa  149  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000142862  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0797  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  42.58 
 
 
241 aa  145  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.366524 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5333  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.98 
 
 
253 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.278444  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2013  HhH-GPD family protein  39.9 
 
 
236 aa  128  7.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.367934 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0911  HhH-GPD family protein  36.81 
 
 
219 aa  128  7.000000000000001e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.581755  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1044  HhH-GPD family protein  39.22 
 
 
233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.86718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3412  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.46 
 
 
239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.396422 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2840  HhH-GPD family protein  41.34 
 
 
259 aa  124  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465492  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2718  HhH-GPD family protein  40.78 
 
 
254 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.74745 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0980  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.41 
 
 
232 aa  122  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000905623  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2945  Endonuclease III FCL domain protein  40.22 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.590508  hitchhiker  0.00145788 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1412  HhH-GPD family protein  34.65 
 
 
242 aa  104  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  30.45 
 
 
657 aa  102  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1990  endonuclease III  30.59 
 
 
212 aa  97.4  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0066  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 
219 aa  96.7  3e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2110  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.96 
 
 
230 aa  96.7  3e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1887  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.52 
 
 
230 aa  94.7  1e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00394166  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0501  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  33.65 
 
 
216 aa  95.1  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0457  endonuclease III  29.05 
 
 
211 aa  93.2  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.791842 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1681  endonuclease III/Nth  32.97 
 
 
212 aa  93.2  4e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0416  endonuclease III/Nth  32.24 
 
 
208 aa  91.3  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  32.28 
 
 
213 aa  90.9  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1244  HhH-GPD family protein  31.46 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00988433  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0785  HhH-GPD  30.7 
 
 
269 aa  90.9  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  32.28 
 
 
213 aa  90.9  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0438  endonuclease III  30.32 
 
 
203 aa  89.7  3e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0343367  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0904  HhH-GPD family protein  32.38 
 
 
221 aa  90.1  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00777346  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2676  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  33.94 
 
 
214 aa  89.7  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1461  endonuclease III  34.59 
 
 
216 aa  87.8  1e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  29.24 
 
 
236 aa  87.8  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1388  endonuclease III  30.53 
 
 
210 aa  87  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.212617  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0353  HhH-GPD family protein  32.56 
 
 
222 aa  86.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.822084 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  31.88 
 
 
212 aa  86.3  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.02 
 
 
218 aa  85.9  5e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0393  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.58 
 
 
240 aa  85.5  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0160174  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1482  endonuclease III  28.24 
 
 
211 aa  85.9  6e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0366  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  33.16 
 
 
211 aa  85.1  9e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0580  HhH-GPD family protein  33.33 
 
 
234 aa  84.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0504  endonuclease III  30.1 
 
 
212 aa  84.3  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1752  HhH-GPD family protein  29.9 
 
 
216 aa  84  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.249541 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1891  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  34.3 
 
 
233 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0436  endonuclease III  33.7 
 
 
220 aa  84  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.22324  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1273  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.51 
 
 
215 aa  83.2  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2704  endonuclease III  28.25 
 
 
215 aa  83.2  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0141  HhH-GPD family protein  29.38 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1090  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.77 
 
 
236 aa  82  0.000000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.311677  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  32.79 
 
 
213 aa  82  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1838  endonuclease III  36.04 
 
 
267 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.749072  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2309  HhH-GPD family protein  32.64 
 
 
220 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000091499  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2702  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.84 
 
 
274 aa  81.6  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.620908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1634  endonuclease III  31.28 
 
 
212 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2164  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  28.88 
 
 
219 aa  81.3  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3567  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.67 
 
 
268 aa  81.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1316  endonuclease III  29.38 
 
 
252 aa  80.5  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0493  endonuclease III  30.05 
 
 
220 aa  80.9  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1523  HhH-GPD family protein  24.64 
 
 
216 aa  80.9  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.951977  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0683  endonuclease III  28.64 
 
 
210 aa  80.5  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0533  HhH-GPD family protein  27.17 
 
 
220 aa  80.9  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.208461  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0093  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.12 
 
 
222 aa  80.5  0.00000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.169395 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0399  endonuclease III  28.57 
 
 
221 aa  80.1  0.00000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00555795  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2633  endonuclease III  31.1 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0547  HhH-GPD family protein  26.49 
 
 
220 aa  79.7  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1914  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  33.68 
 
 
220 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1140  HhH-GPD family protein  31.03 
 
 
222 aa  79.7  0.00000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000000277091 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0070  DNA-3-methyladenine glycosylase III  27.91 
 
 
223 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.678566 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0880  endonuclease III  30.77 
 
 
231 aa  79.3  0.00000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000630803  hitchhiker  0.000000662064 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1318  endonuclease III  28.42 
 
 
209 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000293814  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1062  endonuclease III  30.41 
 
 
227 aa  79.3  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.561785 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0597  endonuclease III  30.77 
 
 
233 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.326491 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0153  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  32.42 
 
 
237 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0561  endonuclease III  31.22 
 
 
233 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.1956 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0921  HhH-GPD family protein  30.23 
 
 
226 aa  79  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.595294  normal  0.257216 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0612  HhH-GPD family protein  22.58 
 
 
225 aa  79  0.00000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0586  endonuclease III  30.77 
 
 
270 aa  79  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1031  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  32.86 
 
 
214 aa  79  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474778  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1101  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.8 
 
 
204 aa  79  0.00000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00131579  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1398  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  30 
 
 
212 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1050  endonuclease III  30.48 
 
 
215 aa  78.6  0.00000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.872905  normal  0.0952767 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3695  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  29.89 
 
 
218 aa  78.6  0.00000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2692  endonuclease III  32.86 
 
 
214 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.841587  normal  0.269141 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0009  endonuclease III  32.97 
 
 
216 aa  78.6  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385159  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  33.33 
 
 
228 aa  78.2  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1450  endonuclease III, putative  32.09 
 
 
209 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  29.15 
 
 
219 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.15 
 
 
219 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0851  endonuclease III  28.77 
 
 
231 aa  77  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1475  HhH-GPD  27.94 
 
 
226 aa  76.6  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1665  endonuclease III  32.8 
 
 
228 aa  76.6  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.628404  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1525  endonuclease III  27.32 
 
 
209 aa  76.6  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000771043  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1358  HhH-GPD family protein  27.05 
 
 
223 aa  76.6  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3023  endonuclease III  30.14 
 
 
214 aa  76.6  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.296739  normal  0.295544 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10790  endonuclease III  27.57 
 
 
212 aa  76.6  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2806  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.24 
 
 
218 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000001485  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6030  endonuclease III  30.81 
 
 
215 aa  76.3  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  31.72 
 
 
229 aa  76.3  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0197  endonuclease III  32.52 
 
 
214 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>