More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_5333 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_5333  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 		 253 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.278444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2840  HhH-GPD family protein  71.73 
 
 		 259 aa  334  9e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465492  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2718  HhH-GPD family protein  75.23 
 
 		 254 aa  332  3e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.74745 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2945  Endonuclease III FCL domain protein  75.68 
 
 		 254 aa  332  5e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.590508  hitchhiker  0.00145788 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3412  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  74.21 
 
 		 239 aa  321  6e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.396422 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1733  HhH-GPD family protein  42.2 
 
 		 241 aa  168  9e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.361007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2402  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  40.84 
 
 		 222 aa  159  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000142862  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1412  HhH-GPD family protein  43.01 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0762  HhH-GPD family protein  42.59 
 
 		 236 aa  148  8e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4286  HhH-GPD family protein  38.91 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2290  HhH-GPD  42.41 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0911  HhH-GPD family protein  36.71 
 
 		 219 aa  131  9e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.581755  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0797  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.17 
 
 		 241 aa  125  9e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.366524 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0980  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  35.23 
 
 		 232 aa  109  5e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000905623  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1044  HhH-GPD family protein  33.82 
 
 		 233 aa  105  6e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.86718 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1838  endonuclease III  36.63 
 
 		 267 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.749072  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2013  HhH-GPD family protein  34.21 
 
 		 236 aa  102  7e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.367934 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0785  HhH-GPD  35.68 
 
 		 269 aa  100  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0416  endonuclease III/Nth  30.14 
 
 		 208 aa  98.6  9e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0936  endonuclease III  35.2 
 
 		 204 aa  97.8  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1482  endonuclease III  30.18 
 
 		 211 aa  96.3  4e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6030  endonuclease III  33 
 
 		 215 aa  90.1  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1461  endonuclease III  31.22 
 
 		 216 aa  89.4  6e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  32.77 
 
 		 657 aa  87  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_806  endonuclease III protein  28.18 
 
 		 225 aa  87  3e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1681  endonuclease III/Nth  30.65 
 
 		 212 aa  86.7  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18220  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  34.9 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.331491  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0569  endonuclease III  28 
 
 		 235 aa  86.7  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0915424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1990  endonuclease III  29.36 
 
 		 212 aa  86.3  5e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0819  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  30.32 
 
 		 218 aa  86.3  5e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0935  endonuclease III  30 
 
 		 218 aa  85.5  8e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.0000351084  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1446  endonuclease III  34.58 
 
 		 217 aa  85.5  8e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2702  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.06 
 
 		 274 aa  85.1  9e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.620908  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0457  endonuclease III  28.57 
 
 		 211 aa  84.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.791842 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1090  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.69 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.311677  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  35.42 
 
 		 213 aa  84.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1364  endonuclease III  31.11 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.621669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0118  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.9 
 
 		 258 aa  84  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0493  endonuclease III  28.63 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2727  endonuclease III  30.14 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  33 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  30.89 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0683  endonuclease III  27.98 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0436  endonuclease III  31.82 
 
 		 220 aa  83.2  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.22324  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2676  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  33.16 
 
 		 214 aa  82  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  25.26 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  31.21 
 
 		 219 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  31.21 
 
 		 219 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1101  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.17 
 
 		 204 aa  81.6  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00131579  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  30.56 
 
 		 212 aa  81.6  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0469  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  32.47 
 
 		 241 aa  81.6  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.751701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  32.98 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2331  endonuclease III  25.91 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3269  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  27.48 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.398571  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1092  endonuclease III  32.98 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4289  putative endonuclease III  32.76 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5194  endonuclease III  28.26 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.03252e-16 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8862  endonuclease III  28.57 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3749  endonuclease III  33.99 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5316  endonuclease III  32.29 
 
 		 248 aa  79.3  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.541945 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3376  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  29.91 
 
 		 277 aa  79.3  0.00000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.996166  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0532  endonuclease III  30.89 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000213835  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08500  endonuclease III  28.88 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.479508 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0720  endonuclease III  32.12 
 
 		 284 aa  78.6  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13705  endonuclease III nth  30.5 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.034727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  32.98 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25390  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  29.9 
 
 		 244 aa  78.2  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3311  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  29.95 
 
 		 214 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0501  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  27.91 
 
 		 216 aa  78.2  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0504  endonuclease III  26.05 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  31.02 
 
 		 228 aa  78.6  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3680  endonuclease III  34.34 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1665  endonuclease III  31.02 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.628404  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  28.42 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  42.59 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1731  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  28.76 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1235  endonuclease III  29.49 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.649386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3627  endonuclease III  29.74 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620738  normal  0.69522 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1283  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  25 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000427752  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3737  endonuclease III  33.84 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0422  endonuclease III  30.85 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.226123  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1172  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.38 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0261583  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2097  endonuclease III  30.41 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161318 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2247  endonuclease III  30.89 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000650328  normal  0.36112 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  27.89 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1901  endonuclease III  30.89 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000183349  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3611  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  34.85 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  31.12 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0507  endonuclease III  30.73 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2013  endonuclease III  30.89 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000346358  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  31.12 
 
 		 213 aa  77  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4848  endonuclease III  28.87 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1133  endonuclease III  33.33 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1815  endonuclease III  28.7 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000116865  decreased coverage  0.000297282 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3057  endonuclease III  29.59 
 
 		 208 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0437  endonuclease III  32 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.186096 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0326  endonuclease III  29.27 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.425287  normal  0.0561637 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04910  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  31 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0519  endonuclease III  28.57 
 
 		 276 aa  75.9  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0492  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, endonuclease III  28.21 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0222024 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>