More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4289 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4289  putative endonuclease III  100 
 
 		 178 aa  358  2e-98  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0326  endonuclease III  85.21 
 
 		 241 aa  285  2e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.425287  normal  0.0561637 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4759  endonuclease III  66.28 
 
 		 270 aa  249  1e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.033358  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0519  endonuclease III  67.26 
 
 		 276 aa  248  4e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5316  endonuclease III  70.24 
 
 		 248 aa  247  7e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.541945 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4848  endonuclease III  69.64 
 
 		 246 aa  247  7e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0507  endonuclease III  66.47 
 
 		 248 aa  245  2e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13705  endonuclease III nth  67.63 
 
 		 245 aa  245  2e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.034727 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1373  endonuclease III  65.9 
 
 		 260 aa  245  2e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.822659  normal  0.0581262 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5433  endonuclease III  65.32 
 
 		 258 aa  245  3e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.828323  normal  0.428987 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4319  endonuclease III  66.28 
 
 		 276 aa  244  4e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.145875 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0469  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  66.07 
 
 		 241 aa  238  4e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.751701 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5203  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  63.01 
 
 		 259 aa  237  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000830378 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0255  endonuclease III  64.16 
 
 		 257 aa  236  1e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4816  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.43 
 
 		 259 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.308298  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4902  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  62.43 
 
 		 259 aa  236  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.184225 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3930  endonuclease III  62.72 
 
 		 256 aa  234  4e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0720  endonuclease III  64.91 
 
 		 284 aa  232  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0422  endonuclease III  67.86 
 
 		 234 aa  229  2e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.226123  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0437  endonuclease III  62.71 
 
 		 246 aa  223  9e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.186096 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0118  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  61.9 
 
 		 258 aa  223  2e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0340  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  64.88 
 
 		 243 aa  222  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0205  endonuclease III  63.91 
 
 		 239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0490975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3376  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  60.71 
 
 		 277 aa  219  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.996166  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1993  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  67.26 
 
 		 263 aa  218  3e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04910  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  65.48 
 
 		 238 aa  218  3e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3166  endonuclease III  59.52 
 
 		 291 aa  218  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0244001 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3037  endonuclease III  64.88 
 
 		 259 aa  213  9.999999999999999e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3093  endonuclease III  66.27 
 
 		 228 aa  212  2.9999999999999995e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150861 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36110  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  63.58 
 
 		 256 aa  212  2.9999999999999995e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.755364 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1071  endonuclease III  61.99 
 
 		 245 aa  209  2e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25390  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  60.36 
 
 		 244 aa  208  4e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8862  endonuclease III  57.14 
 
 		 251 aa  206  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18220  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  58.08 
 
 		 268 aa  202  3e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.331491  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2405  endonuclease III  52.29 
 
 		 220 aa  176  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.997056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2355  endonuclease III  52.29 
 
 		 220 aa  176  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2676  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  53.5 
 
 		 214 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5194  endonuclease III  50.31 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.03252e-16 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1364  endonuclease III  52.2 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.621669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0009  endonuclease III  50.33 
 
 		 216 aa  164  5e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385159  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1446  endonuclease III  50.64 
 
 		 217 aa  164  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0569  endonuclease III  46.41 
 
 		 235 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0915424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3269  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  48.37 
 
 		 217 aa  164  5.9999999999999996e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.398571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1731  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  48.7 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3934  endonuclease III  51.92 
 
 		 234 aa  161  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.386422  hitchhiker  0.00986962 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1195  putative EndoIII-related endonuclease  47.8 
 
 		 228 aa  160  9e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.643643  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0935  endonuclease III  50.33 
 
 		 218 aa  157  6e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.0000351084  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1283  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  43.33 
 
 		 213 aa  157  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000427752  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0447  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  50 
 
 		 228 aa  155  3e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1461  endonuclease III  49.33 
 
 		 216 aa  154  6e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2727  endonuclease III  47.68 
 
 		 224 aa  153  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0198  endonuclease III  47.02 
 
 		 228 aa  153  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0150  endonuclease III  44.23 
 
 		 215 aa  153  2e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1493  endonuclease III  39.74 
 
 		 209 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.319133  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0190  endonuclease III  43.87 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0584  endonuclease III  48.08 
 
 		 228 aa  151  5e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.675785  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0144  endonuclease III  43.42 
 
 		 229 aa  151  5.9999999999999996e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0580  endonuclease III  47.44 
 
 		 222 aa  150  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.814346  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1887  endonuclease III  41.18 
 
 		 210 aa  150  8e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.299157  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2164  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  45.1 
 
 		 219 aa  150  1e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_806  endonuclease III protein  47.06 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1062  endonuclease III  48 
 
 		 227 aa  149  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.561785 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0819  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  47.71 
 
 		 218 aa  149  3e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0248  endonuclease III  48.39 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3737  endonuclease III  48.39 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1050  endonuclease III  46.36 
 
 		 215 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.872905  normal  0.0952767 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1468  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.22 
 
 		 178 aa  145  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0613  endonuclease III  43.1 
 
 		 286 aa  145  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1965  endonuclease III  46.75 
 
 		 212 aa  144  5e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.522243  normal  0.0145073 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3103  endonuclease III  43.79 
 
 		 228 aa  142  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3749  endonuclease III  48.39 
 
 		 230 aa  142  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3680  endonuclease III  47.74 
 
 		 230 aa  142  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2937  endonuclease III  43.93 
 
 		 281 aa  141  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.206628 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1004  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  43.51 
 
 		 216 aa  141  5e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.557567  normal  0.350835 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3057  endonuclease III  43.42 
 
 		 208 aa  140  6e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0436  endonuclease III  42.67 
 
 		 220 aa  140  9e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.22324  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1954  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  44.37 
 
 		 278 aa  139  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0091  endonuclease III  42.86 
 
 		 237 aa  138  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0826  endonuclease III  40.38 
 
 		 212 aa  138  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.377332 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1318  endonuclease III  39.87 
 
 		 209 aa  138  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000293814  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0510  endonuclease III  44.37 
 
 		 223 aa  138  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1999  endonuclease III  43.37 
 
 		 285 aa  138  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.71433  normal  0.505258 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1299  endonuclease III  39.87 
 
 		 213 aa  137  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000804758  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1037  endonuclease III  45.45 
 
 		 218 aa  137  1e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.36835  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0954  endonuclease III  42.48 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2331  endonuclease III  43.42 
 
 		 211 aa  135  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1525  endonuclease III  38.56 
 
 		 209 aa  136  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000771043  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13250  endonuclease III  42.41 
 
 		 210 aa  135  2e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  42 
 
 		 207 aa  134  8e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0761  endonuclease III  41.06 
 
 		 220 aa  132  3e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.169913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2109  endonuclease III  42.38 
 
 		 223 aa  132  3e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.171881  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1187  endonuclease III, DNA repair  39.61 
 
 		 214 aa  131  3.9999999999999996e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00300969  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0492  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, endonuclease III  38 
 
 		 218 aa  130  6.999999999999999e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0222024 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  34.64 
 
 		 218 aa  130  7.999999999999999e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26220  endonuclease III  45.68 
 
 		 230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.420808  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0683  endonuclease III  35.95 
 
 		 210 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08500  endonuclease III  43.87 
 
 		 222 aa  129  3e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.479508 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0123  endonuclease III  40.26 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000215731  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3611  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  47.1 
 
 		 226 aa  128  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1456  endonuclease III  40.4 
 
 		 215 aa  128  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>