More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2718 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2718  HhH-GPD family protein  100 
 
 		 254 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.74745 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2945  Endonuclease III FCL domain protein  98.02 
 
 		 254 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.590508  hitchhiker  0.00145788 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2840  HhH-GPD family protein  91.53 
 
 		 259 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465492  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5333  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  73 
 
 		 253 aa  359  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.278444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3412  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  77.29 
 
 		 239 aa  347  7e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.396422 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1733  HhH-GPD family protein  39.65 
 
 		 241 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.361007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2402  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  42 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000142862  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1412  HhH-GPD family protein  40.93 
 
 		 242 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0762  HhH-GPD family protein  41.97 
 
 		 236 aa  143  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4286  HhH-GPD family protein  38.43 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0911  HhH-GPD family protein  36.2 
 
 		 219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.581755  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2290  HhH-GPD  41.36 
 
 		 242 aa  128  8.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1044  HhH-GPD family protein  35.29 
 
 		 233 aa  119  3e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.86718 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0980  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.34 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000905623  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2013  HhH-GPD family protein  33.94 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.367934 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0797  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  33.18 
 
 		 241 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.366524 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0785  HhH-GPD  31.76 
 
 		 269 aa  95.1  9e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0936  endonuclease III  35.75 
 
 		 204 aa  94  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0416  endonuclease III/Nth  28.7 
 
 		 208 aa  92.8  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1482  endonuclease III  26.85 
 
 		 211 aa  89.4  5e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1681  endonuclease III/Nth  32.16 
 
 		 212 aa  89.4  6e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6030  endonuclease III  31.55 
 
 		 215 aa  88.6  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1990  endonuclease III  30.53 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1838  endonuclease III  31.77 
 
 		 267 aa  87.8  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.749072  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0052  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  25.13 
 
 		 218 aa  86.3  4e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1461  endonuclease III  30 
 
 		 216 aa  86.3  4e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1092  endonuclease III  31.31 
 
 		 212 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0457  endonuclease III  28.1 
 
 		 211 aa  84.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.791842 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3749  endonuclease III  32.07 
 
 		 230 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  29.73 
 
 		 212 aa  84.3  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3680  endonuclease III  33.05 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0683  endonuclease III  25.45 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  30.37 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  31.96 
 
 		 213 aa  83.2  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0501  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  29.17 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  30.73 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  31.25 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1965  endonuclease III  28.99 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.522243  normal  0.0145073 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8862  endonuclease III  28.64 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  30.77 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1172  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.26 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0261583  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3611  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  32.02 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0493  endonuclease III  29.7 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  29.15 
 
 		 657 aa  80.5  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1634  endonuclease III  31.31 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4513  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  30.37 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1560  DNA-3-methyladenine glycosylase III  26.73 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.91 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1398  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  30.84 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0950  endonuclease III  31.05 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.066309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1283  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  26.34 
 
 		 213 aa  78.6  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000427752  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13250  endonuclease III  27.68 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0118  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.47 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1289  endonuclease III  28.14 
 
 		 220 aa  78.2  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00130293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1133  endonuclease III  30.8 
 
 		 335 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1074  endonuclease III  38.74 
 
 		 235 aa  77.4  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2331  endonuclease III  24.77 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0552  endonuclease III  30.73 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000152359  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  27.44 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  27.44 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1101  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  26.76 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00131579  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0819  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  28.51 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0566  endonuclease III  30.73 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000803822  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_806  endonuclease III protein  25.79 
 
 		 225 aa  77  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3737  endonuclease III  32.29 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1922  endonuclease III  30.15 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0101  HhH-GPD family protein  26.19 
 
 		 218 aa  76.3  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18880  endonuclease III  30.84 
 
 		 212 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00491393  normal  0.0304533 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1446  endonuclease III  30.21 
 
 		 217 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0935  endonuclease III  29.28 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.0000351084  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1090  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  26.8 
 
 		 236 aa  75.5  0.0000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.311677  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0093  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  26.32 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.169395 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  30.05 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5669  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.53 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2246  endonuclease III  29.05 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.769441 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0970  endonuclease III  29.65 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.99745  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1815  endonuclease III  29.17 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000116865  decreased coverage  0.000297282 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1887  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  29.9 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00394166  normal  0.954448 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2366  endonuclease III  29.05 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2109  endonuclease III  26.77 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.171881  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0091  endonuclease III  28.57 
 
 		 237 aa  75.5  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  28.7 
 
 		 211 aa  75.1  0.0000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2350  endonuclease III  30.53 
 
 		 214 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103385 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1183  endonuclease III  29.15 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123601  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  28.96 
 
 		 211 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4149  endonuclease III  29.91 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1931  endonuclease III  29.15 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514789  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3888  endonuclease III/Nth  29.44 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.324947 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18220  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  30.66 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.331491  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1050  endonuclease III  27.09 
 
 		 215 aa  74.7  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.872905  normal  0.0952767 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1669  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  28.69 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3106  endonuclease III  28.57 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0504  endonuclease III  25.46 
 
 		 212 aa  75.1  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0305  endonuclease III  29.15 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.77155  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3075  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  30.58 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2327  endonuclease III  30.53 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1175  endonuclease III  29.15 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  40.74 
 
 		 228 aa  75.1  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0843  endonuclease III  29.15 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667209  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1022  endonuclease III  29.15 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.99743  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>