More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3888 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3888  endonuclease III/Nth  100 
 
 		 212 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.324947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4149  endonuclease III  97.64 
 
 		 212 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4513  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  89.62 
 
 		 212 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1092  endonuclease III  88.21 
 
 		 212 aa  400  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  87.74 
 
 		 212 aa  397  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1133  endonuclease III  88.21 
 
 		 335 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875992  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  86.79 
 
 		 212 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1398  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  86.79 
 
 		 212 aa  395  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18880  endonuclease III  86.79 
 
 		 212 aa  394  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00491393  normal  0.0304533 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1634  endonuclease III  85.38 
 
 		 212 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19210  endonuclease III/Nth  80.66 
 
 		 212 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  75.96 
 
 		 212 aa  340  9e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1539  endonuclease III  71.9 
 
 		 211 aa  334  7e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2122  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  74.64 
 
 		 212 aa  332  3e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1735  endonuclease III  75.12 
 
 		 215 aa  330  1e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.61574  normal  0.277364 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01603  DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)  73.56 
 
 		 211 aa  323  1e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00133572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2008  endonuclease III  73.56 
 
 		 211 aa  323  1e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00632932  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1709  endonuclease III  73.56 
 
 		 211 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00510464  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01593  hypothetical protein  73.56 
 
 		 211 aa  323  1e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0014654  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1996  endonuclease III  73.56 
 
 		 211 aa  323  1e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0209025  normal  0.0823674 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1842  endonuclease III  73.56 
 
 		 211 aa  323  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000960215  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1822  endonuclease III  73.56 
 
 		 211 aa  323  1e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.692656  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1566  endonuclease III  73.56 
 
 		 211 aa  323  1e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1901  endonuclease III  73.56 
 
 		 213 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000183349  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2247  endonuclease III  73.56 
 
 		 213 aa  323  2e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000650328  normal  0.36112 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2013  endonuclease III  73.56 
 
 		 213 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000346358  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1623  endonuclease III  73.08 
 
 		 211 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal  0.347988 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1721  endonuclease III  73.08 
 
 		 211 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.161227  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1551  endonuclease III  73.08 
 
 		 211 aa  322  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1563  endonuclease III  73.08 
 
 		 211 aa  321  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0700228  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2345  endonuclease III  73.08 
 
 		 211 aa  321  6e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0106344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1889  endonuclease III  72.6 
 
 		 211 aa  320  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2319  endonuclease III  71.63 
 
 		 211 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002943  endonuclease III  70.28 
 
 		 213 aa  318  5e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00243051  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2021  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  70.33 
 
 		 229 aa  318  5e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  71.15 
 
 		 211 aa  317  7.999999999999999e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02970  endonuclease III  72.68 
 
 		 217 aa  317  1e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2234  endonuclease III  71.23 
 
 		 213 aa  317  1e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219145 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1030  endonuclease III  70.95 
 
 		 210 aa  316  2e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000273588  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0532  endonuclease III  72.6 
 
 		 213 aa  316  2e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000213835  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0732  endonuclease III  70.62 
 
 		 211 aa  315  3e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  70.81 
 
 		 211 aa  315  3e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1815  endonuclease III  71.15 
 
 		 211 aa  313  8e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000116865  decreased coverage  0.000297282 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1844  endonuclease III  70.19 
 
 		 213 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000031535  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1866  endonuclease III  69.86 
 
 		 211 aa  313  9.999999999999999e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.561613  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2178  endonuclease III  68.75 
 
 		 213 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468625  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2514  endonuclease III  69.57 
 
 		 231 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  69.23 
 
 		 211 aa  311  5.999999999999999e-84  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2070  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  69.23 
 
 		 213 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.027671  normal  0.855553 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1869  endonuclease III  69.38 
 
 		 210 aa  310  1e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  69.23 
 
 		 211 aa  309  2e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1905  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  68.75 
 
 		 213 aa  309  2e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2359  endonuclease III  70.67 
 
 		 213 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2279  endonuclease III  68.27 
 
 		 213 aa  308  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0342815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2097  endonuclease III  69.38 
 
 		 214 aa  308  5e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161318 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2265  endonuclease III  67.79 
 
 		 213 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000635696  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4551  hypothetical protein  67.79 
 
 		 213 aa  308  5e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1836  endonuclease III  67.92 
 
 		 213 aa  308  5e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.194851  normal  0.186741 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1499  endonuclease III  67.62 
 
 		 219 aa  308  5.9999999999999995e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1314  endonuclease III  71.43 
 
 		 230 aa  307  5.9999999999999995e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0570319  normal  0.296572 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  69.52 
 
 		 219 aa  307  8e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  69.52 
 
 		 219 aa  307  8e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1046  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  70.33 
 
 		 214 aa  306  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0950  endonuclease III  69.38 
 
 		 214 aa  306  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.066309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2059  endonuclease III  67.79 
 
 		 213 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000403968  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2633  endonuclease III  68.9 
 
 		 225 aa  306  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2160  endonuclease III  67.94 
 
 		 211 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.615191  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2174  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  68.78 
 
 		 211 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.660077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2106  endonuclease III  67.31 
 
 		 213 aa  305  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0792284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2350  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  304  5.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103385 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1715  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  304  6e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104745  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2327  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  304  6e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5669  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  68.42 
 
 		 214 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0871  endonuclease III  66.99 
 
 		 214 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.348794 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0809  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  68.75 
 
 		 211 aa  303  1.0000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.631495 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0936  endonuclease III  67.46 
 
 		 214 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0591838 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2562  endonuclease III  67.79 
 
 		 212 aa  302  2.0000000000000002e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.560783  normal  0.0252184 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2971  endonuclease III  67.31 
 
 		 210 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1922  endonuclease III  69.23 
 
 		 211 aa  302  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00782  endonuclease III  69.86 
 
 		 236 aa  301  4.0000000000000003e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0572206  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2246  endonuclease III  67.94 
 
 		 214 aa  301  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.769441 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2038  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  66.83 
 
 		 212 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0970  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  301  5.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.99745  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2366  endonuclease III  67.94 
 
 		 214 aa  300  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2072  endonuclease III  66.04 
 
 		 213 aa  300  9e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1183  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123601  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0305  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.77155  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  68.57 
 
 		 213 aa  300  1e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1931  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514789  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0843  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667209  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1336  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1022  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.99743  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1014  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  68.9 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.969692 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1175  endonuclease III  68.42 
 
 		 214 aa  300  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2517  endonuclease III  68.42 
 
 		 216 aa  300  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1005  endonuclease III protein  66.51 
 
 		 214 aa  299  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.248668  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0463  endonuclease III  66.83 
 
 		 226 aa  299  3e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0687351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  66.51 
 
 		 210 aa  298  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2193  endonuclease III  62.73 
 
 		 220 aa  298  4e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.296276  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3170  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  67.46 
 
 		 216 aa  297  7e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>