More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0504 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0504  endonuclease III  100 
 
 		 212 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1990  endonuclease III  71.23 
 
 		 212 aa  317  9e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1681  endonuclease III/Nth  71.23 
 
 		 212 aa  313  9.999999999999999e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0416  endonuclease III/Nth  75 
 
 		 208 aa  313  9.999999999999999e-85  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0457  endonuclease III  69.42 
 
 		 211 aa  302  2.0000000000000002e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.791842 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0501  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  67.92 
 
 		 216 aa  299  2e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0493  endonuclease III  69.12 
 
 		 220 aa  296  1e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3238  endonuclease III  48.06 
 
 		 213 aa  204  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3486  endonuclease III  50.77 
 
 		 287 aa  204  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.607527  normal  0.202788 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2747  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  50.76 
 
 		 212 aa  203  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.81262  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4249  endonuclease III  49.24 
 
 		 249 aa  201  7e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884041  normal  0.624306 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2704  endonuclease III  48.72 
 
 		 215 aa  200  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0851  endonuclease III  46.6 
 
 		 219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0611639  normal  0.050138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0995  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  46.6 
 
 		 219 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00575071  normal  0.104115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4758  endonuclease III  49.75 
 
 		 248 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0812049  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1318  endonuclease III  49 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000293814  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1629  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  47.83 
 
 		 219 aa  199  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.204448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0586  endonuclease III  48.22 
 
 		 270 aa  198  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0932  endonuclease III  47.45 
 
 		 212 aa  197  7.999999999999999e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.577405  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10790  endonuclease III  46.57 
 
 		 212 aa  197  9e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0166  endonuclease III  48.96 
 
 		 248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0597  endonuclease III  48.22 
 
 		 233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.326491 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3441  endonuclease III  47.92 
 
 		 260 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0561  endonuclease III  48.22 
 
 		 233 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.1956 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1525  endonuclease III  48.5 
 
 		 209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000771043  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0159  endonuclease III  48.44 
 
 		 260 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2939  endonuclease III  46.88 
 
 		 211 aa  196  3e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0153  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  48.22 
 
 		 237 aa  196  3e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3741  endonuclease III  47.4 
 
 		 260 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1499  endonuclease III  47.57 
 
 		 219 aa  196  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2793  endonuclease III  46.88 
 
 		 211 aa  195  4.0000000000000005e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3627  endonuclease III  47.69 
 
 		 220 aa  194  6e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620738  normal  0.69522 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3888  endonuclease III/Nth  48.17 
 
 		 212 aa  194  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.324947 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1314  endonuclease III  46.15 
 
 		 230 aa  194  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0570319  normal  0.296572 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0176  endonuclease III  48.96 
 
 		 249 aa  194  7e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.809108  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0970  endonuclease III  46.23 
 
 		 214 aa  193  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.99745  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1022  endonuclease III  46.73 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.99743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0843  endonuclease III  46.73 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667209  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1931  endonuclease III  46.73 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514789  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1336  endonuclease III  46.73 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.70217  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0950  endonuclease III  46.27 
 
 		 214 aa  192  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.066309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1074  endonuclease III  46.27 
 
 		 235 aa  192  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1183  endonuclease III  46.73 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123601  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0305  endonuclease III  46.73 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.77155  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1175  endonuclease III  46.73 
 
 		 214 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3057  endonuclease III  50.26 
 
 		 208 aa  193  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0532  endonuclease III  45.96 
 
 		 213 aa  193  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000213835  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2297  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  48.98 
 
 		 212 aa  192  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1014  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  46.73 
 
 		 214 aa  192  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.969692 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3568  endonuclease III  46.7 
 
 		 214 aa  192  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1735  endonuclease III  47.98 
 
 		 215 aa  191  5e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.61574  normal  0.277364 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4149  endonuclease III  47.12 
 
 		 212 aa  191  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2306  endonuclease III  45.69 
 
 		 220 aa  191  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2682  endonuclease III  45.69 
 
 		 220 aa  191  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  46.23 
 
 		 213 aa  191  8e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2607  endonuclease III  45.69 
 
 		 217 aa  191  8e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2319  endonuclease III  45.55 
 
 		 211 aa  191  9e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1169  endonuclease III/Nth  43.6 
 
 		 236 aa  191  9e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1092  endonuclease III  46.07 
 
 		 212 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2350  endonuclease III  45.27 
 
 		 214 aa  190  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.103385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4320  endonuclease III  46.07 
 
 		 212 aa  190  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2246  endonuclease III  45.73 
 
 		 214 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.769441 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0724  endonuclease III  46.19 
 
 		 213 aa  190  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.155914  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1155  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  47.42 
 
 		 210 aa  190  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4513  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  48.17 
 
 		 212 aa  189  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00739094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3842  endonuclease III  47.92 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.561189  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1869  endonuclease III  45.55 
 
 		 210 aa  189  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0346  endonuclease III  47.72 
 
 		 261 aa  189  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0360921  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2359  endonuclease III  45.55 
 
 		 213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0789  endonuclease III  44.39 
 
 		 212 aa  189  2.9999999999999997e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.584526  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1030  endonuclease III  45.41 
 
 		 210 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000273588  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2019  endonuclease III  44.9 
 
 		 211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3289  endonuclease III  46.67 
 
 		 240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0133312 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3375  endonuclease III  47.4 
 
 		 236 aa  188  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0339  endonuclease III  47.42 
 
 		 256 aa  188  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1715  endonuclease III  44.78 
 
 		 214 aa  188  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104745  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2327  endonuclease III  44.78 
 
 		 214 aa  188  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1634  endonuclease III  46.07 
 
 		 212 aa  188  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6030  endonuclease III  42.93 
 
 		 215 aa  188  5e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2366  endonuclease III  45.96 
 
 		 214 aa  188  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0463  endonuclease III  45.89 
 
 		 226 aa  188  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0687351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5669  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  44.78 
 
 		 214 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1665  endonuclease III  47.12 
 
 		 228 aa  188  5.999999999999999e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.628404  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3695  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  48.97 
 
 		 218 aa  188  7e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002943  endonuclease III  44.5 
 
 		 213 aa  187  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00243051  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3567  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  47.4 
 
 		 268 aa  187  8e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18880  endonuclease III  46.07 
 
 		 212 aa  187  8e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00491393  normal  0.0304533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1398  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  46.07 
 
 		 212 aa  187  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1121  endonuclease III  44.5 
 
 		 212 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1610  endonuclease III  46.6 
 
 		 228 aa  187  1e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1065  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  45.03 
 
 		 211 aa  187  1e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0698164  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2562  endonuclease III  42.93 
 
 		 212 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.560783  normal  0.0252184 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2097  endonuclease III  44.28 
 
 		 214 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.161318 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1539  endonuclease III  45.92 
 
 		 211 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2279  endonuclease III  43.46 
 
 		 213 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0342815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4551  hypothetical protein  43.46 
 
 		 213 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2079  endonuclease III  47.09 
 
 		 214 aa  186  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.29657 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2038  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  42.42 
 
 		 212 aa  186  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0201  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  46.19 
 
 		 274 aa  186  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2991  endonuclease III  47.21 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>