More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2213 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2213  ROK family protein  100 
 
 		 423 aa  850    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.915289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32910  transcriptional regulator/sugar kinase  46.7 
 
 		 400 aa  328  8e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.235985  normal  0.423272 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3472  ROK family protein  38.34 
 
 		 393 aa  239  5e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2815  ROK family protein  35.66 
 
 		 389 aa  213  4.9999999999999996e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.231049  normal  0.37172 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31570  transcriptional regulator/sugar kinase  35.26 
 
 		 380 aa  212  9e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.556832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1484  NagC family Transcriptional regulator  32.11 
 
 		 402 aa  184  3e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.511985  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  30.77 
 
 		 386 aa  168  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2553  ROK family protein  30.83 
 
 		 390 aa  159  9e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  25.95 
 
 		 408 aa  136  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17010  transcriptional regulator/sugar kinase  29.55 
 
 		 386 aa  130  6e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00455461  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07440  transcriptional regulator/sugar kinase  29.4 
 
 		 387 aa  120  4.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6967  ROK family protein  29.43 
 
 		 401 aa  113  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.553424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  28.57 
 
 		 390 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  25.8 
 
 		 404 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  25.6 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  23.98 
 
 		 405 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1658  transcriptional regulator Mic  24.13 
 
 		 406 aa  103  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  24.13 
 
 		 406 aa  103  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1590  transcriptional regulator Mic  24.13 
 
 		 406 aa  103  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0384401 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  26.12 
 
 		 405 aa  103  8e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  27 
 
 		 434 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1684  transcriptional regulator Mic  24.28 
 
 		 406 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1851  transcriptional regulator Mic  23.99 
 
 		 406 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4946  ROK family protein  26.4 
 
 		 424 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 405 aa  96.7  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  23.99 
 
 		 407 aa  96.3  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  26.14 
 
 		 400 aa  95.5  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4635  ROK family protein  28.49 
 
 		 401 aa  95.5  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  23.55 
 
 		 406 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  23.55 
 
 		 406 aa  95.5  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01563  DNA-binding transcriptional repressor  23.55 
 
 		 406 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2049  ROK familiy protein  23.55 
 
 		 406 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.688141  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1780  transcriptional regulator Mic  23.55 
 
 		 406 aa  94.4  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1606  transcriptional regulator Mic  23.55 
 
 		 406 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2036  ROK family protein  23.55 
 
 		 406 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01553  hypothetical protein  23.55 
 
 		 406 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1668  transcriptional regulator Mic  23.55 
 
 		 406 aa  94.7  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  24.13 
 
 		 404 aa  92  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  21.96 
 
 		 405 aa  91.3  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  24.59 
 
 		 405 aa  90.5  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  25.99 
 
 		 425 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  23.73 
 
 		 405 aa  88.6  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  26.91 
 
 		 425 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  21.66 
 
 		 405 aa  88.2  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  24.79 
 
 		 386 aa  87.4  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2402  ROK family protein  25.93 
 
 		 392 aa  87  5e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5222  ROK family protein  24.73 
 
 		 429 aa  87  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2951  ROK family protein  25.13 
 
 		 401 aa  87  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  21.39 
 
 		 383 aa  87  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  24.43 
 
 		 410 aa  87  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  23.85 
 
 		 428 aa  86.7  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2381  ROK family protein  27.19 
 
 		 398 aa  86.3  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1858  NagC family Transcriptional regulator  24.3 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00000905056  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2001  putative xylose repressor  26.55 
 
 		 414 aa  85.5  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.244297  normal  0.176601 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  22.99 
 
 		 391 aa  84.7  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  24.49 
 
 		 397 aa  84.7  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  24.77 
 
 		 410 aa  84.3  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  21.31 
 
 		 405 aa  83.6  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  21.31 
 
 		 405 aa  83.6  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  23.78 
 
 		 407 aa  83.2  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  24.77 
 
 		 401 aa  82.8  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  24.2 
 
 		 395 aa  82  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  22.16 
 
 		 396 aa  82  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2445  ROK family protein  25.19 
 
 		 417 aa  82  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  25.14 
 
 		 387 aa  82  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2620  ROK family protein  25.53 
 
 		 425 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.92 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0579  ROK family protein  20.93 
 
 		 388 aa  82  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.255348  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  23.74 
 
 		 402 aa  81.3  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2151  ROK family protein  27.2 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03610  ROK (Repressor, ORF, Kinase) domain protein  30.22 
 
 		 406 aa  80.5  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.759282  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  25.53 
 
 		 395 aa  80.1  0.00000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  23.1 
 
 		 400 aa  79.7  0.00000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  22.97 
 
 		 407 aa  79.3  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1189  ROK family protein  25.95 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1491  ROK family protein  25.46 
 
 		 410 aa  78.2  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1684  ROK family protein  23.77 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.805279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23140  transcriptional regulator/sugar kinase  22.87 
 
 		 396 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.367865  normal  0.116398 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  25.21 
 
 		 414 aa  79  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  21.96 
 
 		 396 aa  77.8  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  22.95 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  22.95 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  22.95 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  22.95 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0233  ROK family protein  25.56 
 
 		 385 aa  78.2  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.207567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  22.95 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1865  ROK family protein  23.75 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.579561 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3729  ROK family protein  25.85 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.201606  normal  0.0168592 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  21.56 
 
 		 416 aa  77.4  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  22.29 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  22.66 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0195  glucokinase, ROK family  27.42 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5489  ROK family protein  26.94 
 
 		 321 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.269543 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1507  ROK domain-containing protein  22.22 
 
 		 393 aa  76.3  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0399  ROK domain-containing protein  24.43 
 
 		 402 aa  75.5  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.00000118651  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14240  glucokinase  30.5 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.443484  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  23.2 
 
 		 409 aa  75.1  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0218  ROK family protein  26.69 
 
 		 432 aa  75.1  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.42624  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1044  ROK family protein  27.46 
 
 		 383 aa  75.5  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.339449  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  25.14 
 
 		 389 aa  74.7  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2468  ROK family protein  26.88 
 
 		 395 aa  73.9  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.873832  normal  0.265065 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>