More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_01563 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01563  DNA-binding transcriptional repressor  100 
 
 
406 aa  825    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2049  ROK familiy protein  100 
 
 
406 aa  825    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.688141  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2304  transcriptional regulator Mic  99.75 
 
 
406 aa  822    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0485397 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01553  hypothetical protein  100 
 
 
406 aa  825    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1851  transcriptional regulator Mic  91.38 
 
 
406 aa  767    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1606  transcriptional regulator Mic  99.51 
 
 
406 aa  821    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2036  ROK family protein  100 
 
 
406 aa  825    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1658  transcriptional regulator Mic  91.13 
 
 
406 aa  766    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1780  transcriptional regulator Mic  99.75 
 
 
406 aa  823    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1919  ROK family protein  87.19 
 
 
407 aa  732    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1590  transcriptional regulator Mic  91.38 
 
 
406 aa  767    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0384401 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1684  transcriptional regulator Mic  91.38 
 
 
406 aa  768    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1668  transcriptional regulator Mic  100 
 
 
406 aa  825    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1801  transcriptional regulator Mic  99.75 
 
 
406 aa  822    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2283  ROK family protein  75.37 
 
 
405 aa  635    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.060664 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1599  transcriptional regulator Mic  91.38 
 
 
406 aa  767    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.510024  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2345  ROK family protein  72.17 
 
 
405 aa  617  1e-176  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1869  Mlc protein  73.65 
 
 
405 aa  620  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0472832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1981  ROK family protein  73.65 
 
 
405 aa  620  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2133  ROK family protein  72.41 
 
 
405 aa  615  1e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1896  ROK family protein  71.67 
 
 
405 aa  611  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2044  ROK family protein  72.41 
 
 
405 aa  614  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.463852  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  46.77 
 
 
405 aa  398  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  46.52 
 
 
434 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  46.63 
 
 
416 aa  394  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  45.52 
 
 
405 aa  383  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  40.5 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  40.5 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  40.5 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  40.5 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  40.5 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  40.5 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  40.5 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  40.5 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  40.5 
 
 
406 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0729  N-acetylglucosamine repressor  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0110065  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2944  ROK family protein  39.7 
 
 
407 aa  308  6.999999999999999e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0669477  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0788  N-acetylglucosamine repressor  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  0.447439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0801  N-acetylglucosamine repressor  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0741  N-acetylglucosamine repressor  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.388075  normal  0.560523 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0837  N-acetylglucosamine repressor  41 
 
 
406 aa  309  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0829  N-acetylglucosamine repressor  39.11 
 
 
404 aa  305  1.0000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.933569  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0514  N-acetylglucosamine repressor  39.4 
 
 
404 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  40 
 
 
408 aa  303  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  40 
 
 
408 aa  302  5.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  40 
 
 
408 aa  302  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1225  ROK family protein  39.5 
 
 
406 aa  303  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.619428  normal  0.0842391 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1191  ROK family protein  39.59 
 
 
406 aa  300  3e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  hitchhiker  0.000194034 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  37.66 
 
 
404 aa  296  5e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  36.66 
 
 
404 aa  293  5e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3130  ROK family protein  37.5 
 
 
407 aa  292  6e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.224994  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1112  ROK family protein  39 
 
 
407 aa  292  7e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1201  ROK family protein  37.5 
 
 
407 aa  286  4e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0872056  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  33.58 
 
 
408 aa  260  4e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  24.81 
 
 
410 aa  166  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3041  ROK family protein  26.98 
 
 
410 aa  160  5e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0418823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  26.8 
 
 
408 aa  159  8e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  27.17 
 
 
400 aa  155  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  24.08 
 
 
396 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3199  ROK family protein  25.89 
 
 
407 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  24.93 
 
 
396 aa  147  5e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27980  transcriptional regulator/sugar kinase  27.44 
 
 
420 aa  146  8.000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0812883  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5188  ROK family protein  26.65 
 
 
401 aa  145  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518111  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  26.72 
 
 
389 aa  144  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  28.81 
 
 
386 aa  144  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0757  NagC-like transcriptional regulator  26.65 
 
 
405 aa  144  3e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00860509  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1302  ROK family protein  28.71 
 
 
400 aa  143  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.107905  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1181  xylose operon repressor  29.75 
 
 
425 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1772  ROK family protein  28.9 
 
 
386 aa  142  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.415249  normal  0.404833 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  25.84 
 
 
401 aa  142  9.999999999999999e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  25.95 
 
 
402 aa  140  3.9999999999999997e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  24.94 
 
 
383 aa  140  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2843  ROK family protein  29.45 
 
 
425 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1116  ROK family protein  29.51 
 
 
320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0146441  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2855  ROK family protein  25.19 
 
 
396 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.133469  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  25.85 
 
 
387 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2995  ROK family protein  26.42 
 
 
393 aa  135  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2995  ROK family protein  23.99 
 
 
408 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  27.03 
 
 
404 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16050  glucokinase  25.96 
 
 
322 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0256  ROK family protein  26.99 
 
 
393 aa  133  5e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0693  ROK family protein  24.87 
 
 
402 aa  132  7.999999999999999e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4279  ROK family protein  28.53 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.141771 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  28.65 
 
 
422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  25.06 
 
 
428 aa  131  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2517  ROK family protein  27.22 
 
 
418 aa  130  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0076  putative glucokinase  26.19 
 
 
315 aa  131  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0098  glucose kinase  26.19 
 
 
315 aa  131  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2754  ROK family protein  33.47 
 
 
332 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  25.52 
 
 
418 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  28.57 
 
 
397 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1323  ROK family protein  32.16 
 
 
314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000170604  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1363  ROK family protein  32.16 
 
 
314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0520337  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2512  ROK family protein  31.78 
 
 
340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.615457  normal  0.876353 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  23.33 
 
 
391 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5335  ROK family protein  24.12 
 
 
401 aa  127  3e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123634  normal  0.740513 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1126  ROK family protein  28.68 
 
 
371 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  23.86 
 
 
399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  28.66 
 
 
435 aa  126  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1217  ROK family protein  29.72 
 
 
316 aa  126  6e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>