More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1079 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_11400  prolyl-tRNA synthetase  57.24 
 
 		 596 aa  683    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000935816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1906  prolyl-tRNA synthetase  78.57 
 
 		 604 aa  972    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10270  prolyl-tRNA synthetase  55.1 
 
 		 594 aa  652    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23500  prolyl-tRNA synthetase, family II  61.09 
 
 		 591 aa  711    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.759854  normal  0.0415508 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1505  prolyl-tRNA synthetase  61.06 
 
 		 597 aa  729    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.16051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2494  prolyl-tRNA synthetase  59.57 
 
 		 586 aa  700    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.342253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1436  prolyl-tRNA synthetase  59.07 
 
 		 586 aa  721    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1079  proline--tRNA ligase  100 
 
 		 610 aa  1245    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06960  prolyl-tRNA synthetase  55.77 
 
 		 608 aa  649    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0596818  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4009  prolyl-tRNA synthetase  58.74 
 
 		 582 aa  694    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5847  prolyl-tRNA synthetase  55.59 
 
 		 581 aa  641    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0165369  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2200  prolyl-tRNA synthetase  58.74 
 
 		 585 aa  702    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000481191  decreased coverage  0.000820909 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1206  prolyl-tRNA synthetase  60.45 
 
 		 607 aa  693    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0467649  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2147  prolyl-tRNA synthetase  56.04 
 
 		 576 aa  638    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.327916  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1407  prolyl-tRNA synthetase  57.52 
 
 		 603 aa  684    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.116406  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1419  prolyl-tRNA synthetase  58.29 
 
 		 599 aa  689    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000177112 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1015  prolyl-tRNA synthetase  61.51 
 
 		 594 aa  717    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3197  prolyl-tRNA synthetase  57.07 
 
 		 589 aa  674    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0619868  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2059  prolyl-tRNA synthetase  56.29 
 
 		 584 aa  634  1e-180  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0727761  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1055  prolyl-tRNA synthetase  55.09 
 
 		 580 aa  633  1e-180  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0165887  normal  0.0425214 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2076  prolyl-tRNA synthetase  56.29 
 
 		 584 aa  634  1e-180  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0646662  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2122  prolyl-tRNA synthetase  56.29 
 
 		 584 aa  634  1e-180  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.562732  normal  0.015266 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0772  prolyl-tRNA synthetase  55.06 
 
 		 582 aa  630  1e-179  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.594959  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10160  prolyl-tRNA synthetase  54.21 
 
 		 586 aa  629  1e-179  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.290276  normal  0.561115 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2308  prolyl-tRNA synthetase  56.22 
 
 		 585 aa  629  1e-179  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0228399  normal  0.099086 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7754  prolyl-tRNA synthetase  56.32 
 
 		 582 aa  626  1e-178  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0890293  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1707  prolyl-tRNA synthetase  54.64 
 
 		 585 aa  625  1e-178  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0818923  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4045  prolyl-tRNA synthetase  56.32 
 
 		 588 aa  623  1e-177  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.45361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2107  Proline--tRNA ligase  54.59 
 
 		 580 aa  622  1e-177  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.205273  normal  0.90716 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3598  prolyl-tRNA synthetase  53.76 
 
 		 582 aa  612  9.999999999999999e-175  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.393405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12860  prolyl-tRNA synthetase  56.11 
 
 		 582 aa  611  1e-173  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1519  prolyl-tRNA synthetase  52.33 
 
 		 583 aa  597  1e-169  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0864043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3553  prolyl-tRNA synthetase  49.92 
 
 		 584 aa  567  1e-160  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279116  normal  0.0486648 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2947  prolyl-tRNA synthetase  40.07 
 
 		 572 aa  434  1e-120  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000162722  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2738  prolyl-tRNA synthetase  40.5 
 
 		 570 aa  428  1e-118  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2425  prolyl-tRNA synthetase  40.63 
 
 		 570 aa  428  1e-118  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51900  prolyl-tRNA synthetase  40.5 
 
 		 571 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00805338 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0842  prolyl-tRNA synthetase  39.27 
 
 		 570 aa  419  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00522036  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4552  prolyl-tRNA synthetase  40 
 
 		 571 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.651507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4213  prolyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 		 571 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.280151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0503  prolyl-tRNA synthetase  39.21 
 
 		 570 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1205  prolyl-tRNA synthetase  40.73 
 
 		 571 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.363423  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4010  prolyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 		 571 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.550973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1234  prolyl-tRNA synthetase  40.73 
 
 		 571 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2596  prolyl-tRNA synthetase  40.07 
 
 		 569 aa  415  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.607572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0478  prolyl-tRNA synthetase  39.83 
 
 		 575 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.450572  normal  0.306292 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1258  prolyl-tRNA synthetase  39.21 
 
 		 571 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0547668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2796  prolyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 578 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1149  prolyl-tRNA synthetase  40.3 
 
 		 567 aa  410  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.136588  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2139  prolyl-tRNA synthetase  39.29 
 
 		 573 aa  410  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36750  prolyl-tRNA synthetase  39.46 
 
 		 571 aa  411  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0693  prolyl-tRNA synthetase  40.07 
 
 		 577 aa  408  1.0000000000000001e-112  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0657028  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2464  prolyl-tRNA synthetase  39.4 
 
 		 578 aa  405  1.0000000000000001e-112  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2041  prolyl-tRNA synthetase  40.67 
 
 		 567 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1967  prolyl-tRNA synthetase  39.67 
 
 		 569 aa  402  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0515  prolyl-tRNA synthetase  38.82 
 
 		 578 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.6472  normal  0.702798 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3860  prolyl-tRNA synthetase  37.79 
 
 		 566 aa  403  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3988  prolyl-tRNA synthetase  39.07 
 
 		 571 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.360667  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3670  prolyl-tRNA synthetase  37.79 
 
 		 566 aa  402  1e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3560  prolyl-tRNA synthetase  37.79 
 
 		 566 aa  403  1e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3578  prolyl-tRNA synthetase  37.63 
 
 		 566 aa  402  1e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1197  prolyl-tRNA synthetase  39.24 
 
 		 571 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0778981 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3443  prolyl-tRNA synthetase  39.34 
 
 		 578 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0201735  hitchhiker  0.00179562 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3957  prolyl-tRNA synthetase  37.79 
 
 		 566 aa  402  1e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1146  prolyl-tRNA synthetase  39.14 
 
 		 578 aa  405  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0513  prolyl-tRNA synthetase  39.02 
 
 		 578 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2891  prolyl-tRNA synthetase  38.55 
 
 		 573 aa  402  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0892  prolyl-tRNA synthetase  40.2 
 
 		 571 aa  404  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.32096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3866  prolyl-tRNA synthetase  37.79 
 
 		 566 aa  403  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.105071  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1327  prolyl-tRNA synthetase  37.79 
 
 		 566 aa  402  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000145538 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3831  prolyl-tRNA synthetase  37.79 
 
 		 566 aa  402  1e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.08087e-60 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2471  prolyl-tRNA synthetase  38.5 
 
 		 566 aa  404  1e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0749  prolyl-tRNA synthetase  36.29 
 
 		 569 aa  401  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2864  prolyl-tRNA synthetase  38.56 
 
 		 570 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.254717  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002725  prolyl-tRNA synthetase  40.98 
 
 		 571 aa  401  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0739643  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3917  prolyl-tRNA synthetase  38.17 
 
 		 566 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1334  prolyl-tRNA synthetase  38.63 
 
 		 573 aa  402  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000102845 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3642  prolyl-tRNA synthetase  37.96 
 
 		 566 aa  402  9.999999999999999e-111  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03253  prolyl-tRNA synthetase  40.98 
 
 		 571 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0539  prolyl-tRNA synthetase  39.67 
 
 		 568 aa  401  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847816 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2753  prolyl-tRNA synthetase  38.13 
 
 		 571 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00193635  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0892  prolyl-tRNA synthetase  37.62 
 
 		 570 aa  401  9.999999999999999e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000147274  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0490  prolyl-tRNA synthetase  38.49 
 
 		 578 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0401161  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3289  prolyl-tRNA synthetase  40.34 
 
 		 571 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.605586  normal  0.115302 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0400  prolyl-tRNA synthetase  41.51 
 
 		 571 aa  402  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0189539  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3482  prolyl-tRNA synthetase  39.64 
 
 		 578 aa  398  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.373941  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4057  prolyl-tRNA synthetase  40.17 
 
 		 574 aa  396  1e-109  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.391162  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2517  prolyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 578 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.524886  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0731  prolyl-tRNA synthetase  36.29 
 
 		 569 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3520  prolyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 578 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0751  prolyl-tRNA synthetase  39.7 
 
 		 576 aa  396  1e-109  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313509 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3518  prolyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 578 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2646  prolyl-tRNA synthetase  37.99 
 
 		 578 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0450  prolyl-tRNA synthetase  38.51 
 
 		 569 aa  397  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.543628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1298  prolyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 578 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0439  prolyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 578 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0982  prolyl-tRNA synthetase  37.02 
 
 		 570 aa  397  1e-109  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00893244  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0200  prolyl-tRNA synthetase  38.02 
 
 		 580 aa  396  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.74262  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3265  prolyl-tRNA synthetase  39.47 
 
 		 578 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1161  prolyl-tRNA synthetase  38.54 
 
 		 572 aa  397  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>