More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2753 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00193  prolyl-tRNA synthetase  69.93 
 
 		 572 aa  841    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.188876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3408  prolyl-tRNA synthetase  69.58 
 
 		 572 aa  837    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.132012  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3265  prolyl-tRNA synthetase  56.31 
 
 		 578 aa  667    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4552  prolyl-tRNA synthetase  65.85 
 
 		 571 aa  788    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.651507  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0574  prolyl-tRNA synthetase  54.59 
 
 		 581 aa  651    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.579261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1205  prolyl-tRNA synthetase  65.14 
 
 		 571 aa  779    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.363423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0751  prolyl-tRNA synthetase  58.33 
 
 		 576 aa  686    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313509 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1091  prolyl-tRNA synthetase  71.1 
 
 		 572 aa  845    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789796  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2013  prolyl-tRNA synthetase  61.14 
 
 		 583 aa  719    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1298  prolyl-tRNA synthetase  56.31 
 
 		 578 aa  667    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2816  prolyl-tRNA synthetase  56.22 
 
 		 574 aa  656    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.116  normal  0.196819 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0280  prolyl-tRNA synthetase  70.63 
 
 		 572 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.888152  normal  0.308702 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3230  prolyl-tRNA synthetase  63.8 
 
 		 569 aa  749    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2338  prolyl-tRNA synthetase  59.47 
 
 		 574 aa  727    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281528 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03253  prolyl-tRNA synthetase  68.26 
 
 		 571 aa  800    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1735  prolyl-tRNA synthetase  61.36 
 
 		 577 aa  729    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3154  prolyl-tRNA synthetase  87.48 
 
 		 570 aa  1046    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3988  prolyl-tRNA synthetase  63.46 
 
 		 571 aa  764    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.360667  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0188  prolyl-tRNA synthetase  69.93 
 
 		 572 aa  841    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.638995  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3443  prolyl-tRNA synthetase  55.75 
 
 		 578 aa  660    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0201735  hitchhiker  0.00179562 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3061  prolyl-tRNA synthetase  55.86 
 
 		 574 aa  636    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2517  prolyl-tRNA synthetase  56.13 
 
 		 578 aa  667    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.524886  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0749  prolyl-tRNA synthetase  58.76 
 
 		 569 aa  706    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0731  prolyl-tRNA synthetase  59.12 
 
 		 569 aa  711    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1399  prolyl-tRNA synthetase  63.67 
 
 		 571 aa  761    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0429  prolyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 		 572 aa  661    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0644  prolyl-tRNA synthetase  55.44 
 
 		 576 aa  655    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0351712  normal  0.29451 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3130  prolyl-tRNA synthetase  81.16 
 
 		 584 aa  979    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00382866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02965  prolyl-tRNA synthetase  61.1 
 
 		 572 aa  694    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.33689  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2952  prolyl-tRNA synthetase  53.71 
 
 		 573 aa  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0701  prolyl-tRNA synthetase  58.63 
 
 		 568 aa  675    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269166  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2112  prolyl-tRNA synthetase  58.01 
 
 		 579 aa  676    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0515  prolyl-tRNA synthetase  56.12 
 
 		 578 aa  656    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.6472  normal  0.702798 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1038  prolyl-tRNA synthetase  71.1 
 
 		 572 aa  845    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0147729  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3518  prolyl-tRNA synthetase  56.31 
 
 		 578 aa  667    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0897  prolyl-tRNA synthetase  59.82 
 
 		 574 aa  729    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1197  prolyl-tRNA synthetase  64.02 
 
 		 571 aa  766    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0778981 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0557  prolyl-tRNA synthetase  55.77 
 
 		 578 aa  658    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.102266  hitchhiker  0.00106773 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3672  prolyl-tRNA synthetase  56.13 
 
 		 578 aa  657    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.371804  normal  0.861053 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1258  prolyl-tRNA synthetase  65.43 
 
 		 571 aa  780    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0547668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0201  prolyl-tRNA synthetase  69.76 
 
 		 572 aa  840    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00399222  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2646  prolyl-tRNA synthetase  55.24 
 
 		 578 aa  651    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0205  prolyl-tRNA synthetase  69.76 
 
 		 572 aa  840    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1075  prolyl-tRNA synthetase  62.87 
 
 		 572 aa  758    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0264  prolyl-tRNA synthetase  70.63 
 
 		 572 aa  844    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.138448  normal  0.408227 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0892  prolyl-tRNA synthetase  68.26 
 
 		 571 aa  795    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.32096  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0198  prolyl-tRNA synthetase  69.93 
 
 		 572 aa  841    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0258989  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0450  prolyl-tRNA synthetase  58.22 
 
 		 569 aa  677    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.543628  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0200  prolyl-tRNA synthetase  53.45 
 
 		 580 aa  634    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.74262  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2796  prolyl-tRNA synthetase  55.54 
 
 		 578 aa  662    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1146  prolyl-tRNA synthetase  56.46 
 
 		 578 aa  671    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2518  prolyl-tRNA synthetase  87.19 
 
 		 571 aa  1047    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468149  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1125  prolyl-tRNA synthetase  64.66 
 
 		 574 aa  777    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0610859  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1274  prolyl-tRNA synthetase  53.1 
 
 		 580 aa  637    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.37743  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0909  Pectate lyase/Amb allergen  62.2 
 
 		 575 aa  728    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000725309  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0264  prolyl-tRNA synthetase  70.63 
 
 		 572 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.390736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0420  prolyl-tRNA synthetase  56.97 
 
 		 573 aa  679    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1227  prolyl-tRNA synthetase  55.32 
 
 		 582 aa  649    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.463936  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0513  prolyl-tRNA synthetase  56.11 
 
 		 578 aa  663    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2544  prolyl-tRNA synthetase  87.39 
 
 		 571 aa  1056    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.54671  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3251  prolyl-tRNA synthetase  81.34 
 
 		 569 aa  988    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.836053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2139  prolyl-tRNA synthetase  65.73 
 
 		 573 aa  775    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0439  prolyl-tRNA synthetase  56.31 
 
 		 578 aa  667    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0463  prolyl-tRNA synthetase  57.79 
 
 		 572 aa  661    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.178394  normal  0.888512 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3100  prolyl-tRNA synthetase  54.95 
 
 		 573 aa  644    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1503  prolyl-tRNA synthetase  84.94 
 
 		 571 aa  1028    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0974844  normal  0.459813 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3482  prolyl-tRNA synthetase  56.13 
 
 		 578 aa  666    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.373941  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0105  prolyl-tRNA synthetase  55.95 
 
 		 578 aa  659    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2596  prolyl-tRNA synthetase  81.69 
 
 		 569 aa  994    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.607572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1276  prolyl-tRNA synthetase  64.67 
 
 		 571 aa  780    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.695644  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0400  prolyl-tRNA synthetase  70.19 
 
 		 571 aa  824    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0189539  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3410  prolyl-tRNA synthetase  71.28 
 
 		 572 aa  847    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0389234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0168  prolyl-tRNA synthetase  59.86 
 
 		 564 aa  726    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1305  prolyl-tRNA synthetase  67.31 
 
 		 571 aa  807    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.30482  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2026  prolyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 		 566 aa  724    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1345  prolyl-tRNA synthetase  87.48 
 
 		 570 aa  1046    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0163482 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1410  prolyl-tRNA synthetase  87.3 
 
 		 570 aa  1045    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0841701 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0539  prolyl-tRNA synthetase  64.25 
 
 		 568 aa  749    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847816 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2753  prolyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 571 aa  1175    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00193635  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0283  prolyl-tRNA synthetase  70.63 
 
 		 572 aa  844    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0846  prolyl-tRNA synthetase  54.09 
 
 		 581 aa  635    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.889779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0490  prolyl-tRNA synthetase  55.94 
 
 		 578 aa  665    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0401161  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51900  prolyl-tRNA synthetase  66.2 
 
 		 571 aa  789    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00805338 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4213  prolyl-tRNA synthetase  64.61 
 
 		 571 aa  775    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.280151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3758  prolyl-tRNA synthetase  70.05 
 
 		 572 aa  841    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000162237  normal  0.107484 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0269  prolyl-tRNA synthetase  70.8 
 
 		 572 aa  847    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.104419 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2864  prolyl-tRNA synthetase  82.65 
 
 		 570 aa  999    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.254717  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1234  prolyl-tRNA synthetase  65.14 
 
 		 571 aa  779    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3520  prolyl-tRNA synthetase  56.31 
 
 		 578 aa  667    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0587  prolyl-tRNA synthetase  55.77 
 
 		 578 aa  658    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3002  prolyl-tRNA synthetase  84.94 
 
 		 571 aa  1027    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4010  prolyl-tRNA synthetase  64.96 
 
 		 571 aa  776    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.550973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1398  prolyl-tRNA synthetase  87.3 
 
 		 570 aa  1045    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.259821  normal  0.232568 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3465  prolyl-tRNA synthetase  69.93 
 
 		 572 aa  841    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0875949  normal  0.524009 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2873  prolyl-tRNA synthetase  85.29 
 
 		 571 aa  1032    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0206  prolyl-tRNA synthetase  69.58 
 
 		 572 aa  838    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.835118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2856  prolyl-tRNA synthetase  84.76 
 
 		 571 aa  1025    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.521169  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1161  prolyl-tRNA synthetase  83.72 
 
 		 572 aa  1004    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0732  prolyl-tRNA synthetase  69.41 
 
 		 572 aa  833    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.342161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3289  prolyl-tRNA synthetase  68.9 
 
 		 571 aa  838    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.605586  normal  0.115302 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>