More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1234 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00193  prolyl-tRNA synthetase  69.63 
 
 		 572 aa  836    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.188876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3408  prolyl-tRNA synthetase  69.28 
 
 		 572 aa  832    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.132012  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2856  prolyl-tRNA synthetase  67.19 
 
 		 571 aa  801    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.521169  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0198  prolyl-tRNA synthetase  69.63 
 
 		 572 aa  836    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0258989  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0264  prolyl-tRNA synthetase  69.28 
 
 		 572 aa  833    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.138448  normal  0.408227 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1205  prolyl-tRNA synthetase  99.65 
 
 		 571 aa  1168    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.363423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2026  prolyl-tRNA synthetase  62.96 
 
 		 566 aa  725    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3002  prolyl-tRNA synthetase  67.02 
 
 		 571 aa  797    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2013  prolyl-tRNA synthetase  63.53 
 
 		 583 aa  728    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2392  prolyl-tRNA synthetase  55.08 
 
 		 581 aa  650    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2816  prolyl-tRNA synthetase  56.37 
 
 		 574 aa  659    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.116  normal  0.196819 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0557  prolyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 		 578 aa  690    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.102266  hitchhiker  0.00106773 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3230  prolyl-tRNA synthetase  59.54 
 
 		 569 aa  697    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1234  prolyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 571 aa  1171    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0168  prolyl-tRNA synthetase  62.96 
 
 		 564 aa  725    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3154  prolyl-tRNA synthetase  68.01 
 
 		 570 aa  808    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3988  prolyl-tRNA synthetase  86.16 
 
 		 571 aa  1033    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.360667  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0574  prolyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 		 581 aa  663    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.579261 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0188  prolyl-tRNA synthetase  69.63 
 
 		 572 aa  836    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.638995  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0218  prolyl-tRNA synthetase  55.2 
 
 		 580 aa  647    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.633447  normal  0.230302 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2517  prolyl-tRNA synthetase  56.77 
 
 		 578 aa  693    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.524886  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0749  prolyl-tRNA synthetase  57.42 
 
 		 569 aa  680    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0731  prolyl-tRNA synthetase  57.42 
 
 		 569 aa  682    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1399  prolyl-tRNA synthetase  86.16 
 
 		 571 aa  1035    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0429  prolyl-tRNA synthetase  60.49 
 
 		 572 aa  703    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0644  prolyl-tRNA synthetase  56.6 
 
 		 576 aa  669    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0351712  normal  0.29451 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0732  prolyl-tRNA synthetase  68.59 
 
 		 572 aa  822    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.342161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2338  prolyl-tRNA synthetase  61.74 
 
 		 574 aa  754    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0281528 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2952  prolyl-tRNA synthetase  55.92 
 
 		 573 aa  676    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0846  prolyl-tRNA synthetase  54.91 
 
 		 581 aa  653    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.889779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2112  prolyl-tRNA synthetase  57.57 
 
 		 579 aa  667    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3265  prolyl-tRNA synthetase  56.94 
 
 		 578 aa  695    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03253  prolyl-tRNA synthetase  67.54 
 
 		 571 aa  793    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3518  prolyl-tRNA synthetase  56.94 
 
 		 578 aa  695    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.331088  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0897  prolyl-tRNA synthetase  61.12 
 
 		 574 aa  739    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1197  prolyl-tRNA synthetase  86.69 
 
 		 571 aa  1032    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0778981 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3061  prolyl-tRNA synthetase  56.7 
 
 		 574 aa  663    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3672  prolyl-tRNA synthetase  56.6 
 
 		 578 aa  689    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.371804  normal  0.861053 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02965  prolyl-tRNA synthetase  59.14 
 
 		 572 aa  681    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.33689  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3251  prolyl-tRNA synthetase  62.98 
 
 		 569 aa  766    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.836053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0280  prolyl-tRNA synthetase  69.11 
 
 		 572 aa  831    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.888152  normal  0.308702 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2646  prolyl-tRNA synthetase  58.16 
 
 		 578 aa  694    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1075  prolyl-tRNA synthetase  63.92 
 
 		 572 aa  755    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0515  prolyl-tRNA synthetase  57.12 
 
 		 578 aa  690    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.6472  normal  0.702798 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1298  prolyl-tRNA synthetase  56.94 
 
 		 578 aa  695    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2864  prolyl-tRNA synthetase  64.97 
 
 		 570 aa  788    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.254717  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0450  prolyl-tRNA synthetase  57.79 
 
 		 569 aa  681    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.543628  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0751  prolyl-tRNA synthetase  61.98 
 
 		 576 aa  716    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313509 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3410  prolyl-tRNA synthetase  69.16 
 
 		 572 aa  818    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0389234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1146  prolyl-tRNA synthetase  57.29 
 
 		 578 aa  701    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1258  prolyl-tRNA synthetase  85.29 
 
 		 571 aa  1022    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0547668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0745  prolyl-tRNA synthetase  54.56 
 
 		 581 aa  647    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390316 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3465  prolyl-tRNA synthetase  69.63 
 
 		 572 aa  836    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0875949  normal  0.524009 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1274  prolyl-tRNA synthetase  55.5 
 
 		 580 aa  650    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.37743  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0909  Pectate lyase/Amb allergen  62.56 
 
 		 575 aa  733    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000725309  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0701  prolyl-tRNA synthetase  60.88 
 
 		 568 aa  707    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269166  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0420  prolyl-tRNA synthetase  57.24 
 
 		 573 aa  684    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0833  prolyl-tRNA synthetase  55.59 
 
 		 580 aa  656    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0513  prolyl-tRNA synthetase  58.68 
 
 		 578 aa  714    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.831114 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2544  prolyl-tRNA synthetase  64.75 
 
 		 571 aa  779    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.54671  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3670  prolyl-tRNA synthetase  55.5 
 
 		 581 aa  664    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.981514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2139  prolyl-tRNA synthetase  70.83 
 
 		 573 aa  838    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0439  prolyl-tRNA synthetase  56.94 
 
 		 578 aa  695    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0463  prolyl-tRNA synthetase  61.54 
 
 		 572 aa  709    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.178394  normal  0.888512 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3100  prolyl-tRNA synthetase  57.83 
 
 		 573 aa  680    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2518  prolyl-tRNA synthetase  67.19 
 
 		 571 aa  804    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468149  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0105  prolyl-tRNA synthetase  56.42 
 
 		 578 aa  691    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4010  prolyl-tRNA synthetase  97.72 
 
 		 571 aa  1150    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.550973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1276  prolyl-tRNA synthetase  63.86 
 
 		 571 aa  759    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.695644  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4213  prolyl-tRNA synthetase  97.72 
 
 		 571 aa  1155    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.280151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1091  prolyl-tRNA synthetase  69.51 
 
 		 572 aa  822    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789796  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1305  prolyl-tRNA synthetase  68.01 
 
 		 571 aa  800    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.30482  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1038  prolyl-tRNA synthetase  69.51 
 
 		 572 aa  822    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0147729  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1345  prolyl-tRNA synthetase  67.61 
 
 		 570 aa  804    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0163482 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1410  prolyl-tRNA synthetase  67.43 
 
 		 570 aa  803    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0841701 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0539  prolyl-tRNA synthetase  66.84 
 
 		 568 aa  782    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847816 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2753  prolyl-tRNA synthetase  65.14 
 
 		 571 aa  779    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00193635  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0206  prolyl-tRNA synthetase  69.63 
 
 		 572 aa  838    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.835118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2596  prolyl-tRNA synthetase  64.21 
 
 		 569 aa  775    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.607572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0490  prolyl-tRNA synthetase  56.77 
 
 		 578 aa  698    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0401161  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51900  prolyl-tRNA synthetase  80.74 
 
 		 571 aa  975    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00805338 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2796  prolyl-tRNA synthetase  57.29 
 
 		 578 aa  697    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0201  prolyl-tRNA synthetase  69.63 
 
 		 572 aa  835    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00399222  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0400  prolyl-tRNA synthetase  66.96 
 
 		 571 aa  801    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0189539  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3130  prolyl-tRNA synthetase  64.39 
 
 		 584 aa  775    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00382866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3758  prolyl-tRNA synthetase  69.16 
 
 		 572 aa  825    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000162237  normal  0.107484 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3520  prolyl-tRNA synthetase  56.94 
 
 		 578 aa  695    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0587  prolyl-tRNA synthetase  56.25 
 
 		 578 aa  690    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5481  prolyl-tRNA synthetase  55.42 
 
 		 581 aa  639    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.808997  normal  0.705204 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0269  prolyl-tRNA synthetase  69.72 
 
 		 572 aa  829    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.104419 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1398  prolyl-tRNA synthetase  67.08 
 
 		 570 aa  801    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.259821  normal  0.232568 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0517  prolyl-tRNA synthetase  54.81 
 
 		 581 aa  651    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801971 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4552  prolyl-tRNA synthetase  81.26 
 
 		 571 aa  978    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.651507  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3443  prolyl-tRNA synthetase  58.33 
 
 		 578 aa  707    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0201735  hitchhiker  0.00179562 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2873  prolyl-tRNA synthetase  67.36 
 
 		 571 aa  803    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1161  prolyl-tRNA synthetase  65.85 
 
 		 572 aa  788    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0200  prolyl-tRNA synthetase  56.26 
 
 		 580 aa  664    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.74262  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3289  prolyl-tRNA synthetase  65.38 
 
 		 571 aa  785    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.605586  normal  0.115302 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3482  prolyl-tRNA synthetase  57.12 
 
 		 578 aa  696    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.373941  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1735  prolyl-tRNA synthetase  65.96 
 
 		 577 aa  765    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>