More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0285 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012803  Mlut_07010  translation initiation factor 2  66.3 
 
 		 930 aa  834    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1061  translation initiation factor IF-2  64.14 
 
 		 961 aa  810    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.271136  normal  0.0744531 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3966  translation initiation factor IF-2  62.26 
 
 		 998 aa  808    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.602986  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2152  translation initiation factor IF-2  63.22 
 
 		 938 aa  797    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0901193  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1743  translation initiation factor IF-2  90.19 
 
 		 975 aa  1136    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.695409  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12854  translation initiation factor IF-2  63.49 
 
 		 900 aa  814    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000971271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0778  translation initiation factor IF-2  62.28 
 
 		 955 aa  808    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.425771  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1421  translation initiation factor IF-2  61.88 
 
 		 980 aa  775    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1443  translation initiation factor IF-2  67.08 
 
 		 1044 aa  879    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.366242 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14570  translation initiation factor 2  63.27 
 
 		 938 aa  822    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00182457  normal  0.54145 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11480  translation initiation factor 2  53.58 
 
 		 969 aa  911    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.21089  normal  0.867698 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10320  translation initiation factor 2  53.53 
 
 		 957 aa  919    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0686977  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2489  translation initiation factor IF-2  68.49 
 
 		 956 aa  876    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.872607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1182  translation initiation factor IF-2  61.62 
 
 		 1046 aa  781    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.195294 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3562  translation initiation factor IF-2  61.46 
 
 		 1062 aa  756    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.558222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2065  translation initiation factor IF-2  62.71 
 
 		 920 aa  790    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.636635  normal  0.928572 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3592  translation initiation factor IF-2  61.36 
 
 		 1012 aa  797    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.17436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1327  translation initiation factor IF-2  60.82 
 
 		 995 aa  766    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0335521 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1715  translation initiation factor IF-2  64.06 
 
 		 934 aa  812    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2082  translation initiation factor IF-2  62.71 
 
 		 920 aa  790    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5834  translation initiation factor IF-2  63.68 
 
 		 1034 aa  805    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4039  translation initiation factor IF-2  63.34 
 
 		 930 aa  819    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.162941  normal  0.681084 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1510  translation initiation factor IF-2  68.03 
 
 		 957 aa  870    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3331  translation initiation factor IF-2  62.5 
 
 		 992 aa  800    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.285011  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23450  translation initiation factor 2  67.86 
 
 		 939 aa  879    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0250989  normal  0.0490514 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2116  translation initiation factor IF-2  63.39 
 
 		 1051 aa  815    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1370  translation initiation factor IF-2  60.66 
 
 		 999 aa  764    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.515442  normal  0.133918 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1426  translation initiation factor IF-2  67.24 
 
 		 954 aa  871    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000203462 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1211  translation initiation factor IF-2  68.17 
 
 		 951 aa  871    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.186812  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1416  translation initiation factor IF-2  67.39 
 
 		 968 aa  884    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.919668  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1019  translation initiation factor IF-2  68.54 
 
 		 1004 aa  879    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1515  translation initiation factor IF-2  51.98 
 
 		 879 aa  891    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.610025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0285  translation initiation factor IF-2  100 
 
 		 954 aa  1929    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3190  translation initiation factor IF-2  61.97 
 
 		 938 aa  793    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2128  translation initiation factor IF-2  62.71 
 
 		 920 aa  790    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.524074  normal  0.0207369 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2314  translation initiation factor IF-2  63.12 
 
 		 930 aa  804    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.596134  normal  0.0338999 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2207  translation initiation factor IF-2  64.26 
 
 		 612 aa  800    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000537417  decreased coverage  0.000616715 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1155  translation initiation factor IF-2  52.78 
 
 		 732 aa  612  1e-173  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000874472  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3676  translation initiation factor IF-2  49.69 
 
 		 971 aa  608  9.999999999999999e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156109  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0900  translation initiation factor IF-2  40.31 
 
 		 882 aa  606  9.999999999999999e-173  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.437883  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  38.95 
 
 		 985 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  50.61 
 
 		 907 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  50 
 
 		 884 aa  600  1e-170  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0457  translation initiation factor IF-2  50.66 
 
 		 1161 aa  600  1e-170  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2047  translation initiation factor IF-2  52.03 
 
 		 739 aa  596  1e-169  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1435  translation initiation factor IF-2  46.33 
 
 		 860 aa  598  1e-169  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0755934  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  49.14 
 
 		 883 aa  595  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1645  translation initiation factor IF-2  52.55 
 
 		 692 aa  594  1e-168  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0509218  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  53.43 
 
 		 903 aa  595  1e-168  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1810  translation initiation factor IF-2  50.4 
 
 		 920 aa  592  1e-167  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0893364  normal  0.24179 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  50.32 
 
 		 882 aa  591  1e-167  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1302  translation initiation factor IF-2  47.6 
 
 		 986 aa  592  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.454709  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1355  translation initiation factor IF-2  52 
 
 		 834 aa  592  1e-167  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.723459  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0814  translation initiation factor IF-2  37.19 
 
 		 882 aa  588  1e-166  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0318288 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2465  translation initiation factor IF-2  52.38 
 
 		 689 aa  588  1e-166  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000966946  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0836  translation initiation factor IF-2  51 
 
 		 720 aa  583  1.0000000000000001e-165  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0991  translation initiation factor 2  52.91 
 
 		 1035 aa  583  1.0000000000000001e-165  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0315386  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3188  translation initiation factor IF-2  51.26 
 
 		 1029 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000140569  normal  0.29235 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3860  translation initiation factor IF-2  51.19 
 
 		 686 aa  582  1e-164  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000141928  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3851  translation initiation factor IF-2  51.19 
 
 		 686 aa  581  1e-164  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.970916  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3664  translation initiation factor IF-2  51.02 
 
 		 686 aa  579  1e-164  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3554  translation initiation factor IF-2  51.36 
 
 		 686 aa  581  1e-164  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3572  translation initiation factor IF-2  51.36 
 
 		 686 aa  581  1e-164  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3950  translation initiation factor IF-2  51.02 
 
 		 686 aa  579  1e-164  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.373868  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3911  translation initiation factor IF-2  51.7 
 
 		 686 aa  581  1e-164  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2774  translation initiation factor IF-2  50.92 
 
 		 1131 aa  576  1.0000000000000001e-163  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0650084  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1333  translation initiation factor IF-2  51.36 
 
 		 688 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0112644  hitchhiker  0.000569775 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07840  translation initiation factor IF-2  51.61 
 
 		 686 aa  578  1.0000000000000001e-163  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  49.51 
 
 		 921 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3635  translation initiation factor IF-2  51.19 
 
 		 688 aa  574  1.0000000000000001e-162  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0196676  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0699  translation initiation factor IF-2  51.1 
 
 		 752 aa  574  1.0000000000000001e-162  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000680705  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1261  translation initiation factor IF-2  50.17 
 
 		 945 aa  575  1.0000000000000001e-162  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.817984  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1630  translation initiation factor IF-2  50.17 
 
 		 956 aa  572  1e-161  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  47.88 
 
 		 975 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  47.56 
 
 		 922 aa  569  1e-161  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  47.88 
 
 		 975 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  47.88 
 
 		 975 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0926  translation initiation factor IF-2  46.05 
 
 		 888 aa  572  1e-161  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0148793  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  47.88 
 
 		 975 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1662  translation initiation factor IF-2  49.83 
 
 		 822 aa  568  1e-160  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1309  translation initiation factor IF-2  50.75 
 
 		 924 aa  569  1e-160  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0121044  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  47.73 
 
 		 975 aa  568  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1051  translation initiation factor IF-2  49.75 
 
 		 845 aa  569  1e-160  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000251511  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1762  translation initiation factor IF-2  47.73 
 
 		 975 aa  568  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.599583  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2564  translation initiation factor IF-2  47.58 
 
 		 976 aa  567  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0419633  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  47.73 
 
 		 975 aa  568  1e-160  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0367  translation initiation factor IF-2  48.41 
 
 		 936 aa  566  1e-160  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000368497  normal  0.59996 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  49.92 
 
 		 971 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  47.93 
 
 		 971 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  49.92 
 
 		 971 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1476  translation initiation factor IF-2  49.92 
 
 		 971 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2433  translation initiation factor IF-2  50 
 
 		 1079 aa  569  1e-160  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.189984  normal  0.802602 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2011  translation initiation factor IF-2  48.44 
 
 		 992 aa  568  1e-160  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577771  normal  0.890025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1755  translation initiation factor IF-2  47.93 
 
 		 969 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.718536  normal  0.0607148 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4641  translation initiation factor IF-2  47.51 
 
 		 972 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1669  translation initiation factor IF-2  49.92 
 
 		 949 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  45.96 
 
 		 949 aa  563  1.0000000000000001e-159  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0369  translation initiation factor IF-2  46.99 
 
 		 991 aa  562  1.0000000000000001e-159  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0109319  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1692  translation initiation factor IF-2  46.4 
 
 		 968 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258602  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1422  translation initiation factor IF-2  47.93 
 
 		 972 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0279549 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>