More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4317 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_4317  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
335 aa  693    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364646  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1053  sensory box protein  46.34 
 
 
353 aa  293  3e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1578  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.65 
 
 
631 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1167  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 
551 aa  135  8e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  35.22 
 
 
759 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3096  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 
659 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2531  sensory box histidine kinase  48.36 
 
 
1053 aa  126  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.606569  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3455  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.55 
 
 
472 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5761  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 
1204 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.122146 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3312  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.26 
 
 
1226 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0987  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.33 
 
 
739 aa  94.7  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000757549  decreased coverage  0.00276789 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  36.67 
 
 
799 aa  87.4  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.89 
 
 
1338 aa  84.7  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0974  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.51 
 
 
916 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0884  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
807 aa  84  0.000000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00331872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0687  putative PAS/PAC sensor protein  31.58 
 
 
914 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000503319  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2784  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 
1222 aa  80.9  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0520121 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 
608 aa  79.3  0.00000000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
904 aa  79  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.84 
 
 
1079 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1227  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.84 
 
 
1229 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3275  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.03 
 
 
919 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  35.59 
 
 
821 aa  76.6  0.0000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2771  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.87 
 
 
1557 aa  76.3  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0878  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 
760 aa  75.5  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.210313  normal  0.808443 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.64 
 
 
861 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.79 
 
 
1359 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.64 
 
 
1316 aa  73.6  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3503  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 
1043 aa  73.2  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0497  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.58 
 
 
1181 aa  70.9  0.00000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
1177 aa  70.5  0.00000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.27 
 
 
756 aa  70.1  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.73 
 
 
839 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1348  putative PAS/PAC sensor protein  27.84 
 
 
888 aa  69.3  0.00000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0827  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
512 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1739  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
841 aa  68.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.165697  normal  0.509542 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  25.78 
 
 
653 aa  68.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.5 
 
 
953 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0295  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
655 aa  67.4  0.0000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  30.53 
 
 
853 aa  67  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.43 
 
 
1014 aa  67  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.553063 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 
1071 aa  67  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0821  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 
473 aa  66.6  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.96 
 
 
1088 aa  66.6  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 
891 aa  66.2  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.33 
 
 
1350 aa  65.9  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3250  sensory transduction histidine kinase  25.56 
 
 
1019 aa  65.9  0.0000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.145129 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.15 
 
 
933 aa  65.9  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  26.94 
 
 
692 aa  65.9  0.0000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2192  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 
359 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0311386  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.82 
 
 
1363 aa  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
962 aa  65.5  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  26.01 
 
 
754 aa  65.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.49 
 
 
1785 aa  65.5  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.62 
 
 
604 aa  65.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  27.88 
 
 
3706 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.75 
 
 
1262 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1490  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.72 
 
 
835 aa  64.7  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1120  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 
805 aa  64.7  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.37757  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5316  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 
1069 aa  65.1  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72275  normal  0.481403 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.03 
 
 
1076 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0299  two component sensor histidine kinase  36.51 
 
 
1239 aa  64.3  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.669336  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2417  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  22.96 
 
 
1535 aa  64.3  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.117494  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1421  putative PAS/PAC sensor protein  22.36 
 
 
588 aa  63.9  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0454368  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4137  signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 
912 aa  64.3  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2638  signal transduction histidine kinase  41.86 
 
 
1246 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.406251  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2943  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 
981 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 
1039 aa  63.9  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25 
 
 
578 aa  63.9  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 
1075 aa  63.5  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 
1050 aa  63.5  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3763  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.44 
 
 
1255 aa  63.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 
1791 aa  63.5  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3718  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.6 
 
 
826 aa  63.5  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1918  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.37 
 
 
878 aa  63.2  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 
640 aa  63.2  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1934  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.92 
 
 
1015 aa  62.8  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.452261  normal  0.114848 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.73 
 
 
1105 aa  63.2  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0266  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
736 aa  62.8  0.000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4378  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
773 aa  62.8  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  26.99 
 
 
1390 aa  62.8  0.000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2854  putative two component signal transduction protein  31.86 
 
 
917 aa  62.4  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5814  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
583 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.552615  normal  0.0161436 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1349  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.14 
 
 
1578 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  30.23 
 
 
684 aa  62  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.14 
 
 
1611 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.82 
 
 
1301 aa  62  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1235  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 
989 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.172784  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.84 
 
 
896 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
955 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4237  putative PAS/PAC sensor protein  26.19 
 
 
843 aa  62  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.28007  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  24.88 
 
 
804 aa  62  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0946  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
656 aa  62.4  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
775 aa  61.2  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
1253 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1039  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
1259 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
1291 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
1767 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
1767 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  23.08 
 
 
1589 aa  61.2  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>