95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0658 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0658  DNA polymerase beta subunit  100 
 
 		 137 aa  276  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311195  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3257  DNA polymerase, beta-like region  67.42 
 
 		 132 aa  182  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00329127  hitchhiker  2.42256e-16 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2567  DNA polymerase beta domain protein region  35.51 
 
 		 141 aa  88.2  3e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0882  DNA polymerase beta subunit  39.2 
 
 		 156 aa  81.6  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293265 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1672  DNA polymerase beta domain protein region  33.8 
 
 		 146 aa  80.1  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0178  DNA polymerase, beta-like region  41.22 
 
 		 163 aa  72  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0107452  normal  0.933077 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0364  DNA polymerase beta subunit  32.62 
 
 		 148 aa  71.6  0.000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2352  DNA polymerase, beta-like region  32.82 
 
 		 148 aa  69.3  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00951181  normal  0.0970434 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1736  hypothetical protein  32.43 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.76389  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1668  DNA polymerase beta domain protein region  31.78 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1760  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 135 aa  67  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0250  DNA polymerase beta subunit  41.9 
 
 		 137 aa  65.9  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0074  DNA polymerase beta subunit  38.39 
 
 		 167 aa  63.5  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.649799  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2244  DNA polymerase beta subunit  30.48 
 
 		 146 aa  61.6  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.521292  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2563  DNA polymerase beta domain protein region  32.23 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2558  DNA polymerase beta domain protein region  32.23 
 
 		 157 aa  60.5  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1075  DNA polymerase beta subunit  38.14 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141135 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  34.29 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0769  DNA polymerase beta subunit  31.19 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.452444 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1861  DNA polymerase beta subunit  34.78 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1370  DNA polymerase beta subunit  39.13 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0334218 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2422  DNA polymerase beta subunit  32.23 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1422  DNA polymerase beta subunit  40.82 
 
 		 123 aa  56.6  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.747879  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1772  DNA polymerase beta domain protein region  35.48 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1678  DNA polymerase beta subunit  32.79 
 
 		 153 aa  53.9  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000143849  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0133  DNA polymerase beta subunit  36.63 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0225  DNA polymerase beta domain protein region  35.71 
 
 		 142 aa  53.5  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0763  DNA polymerase beta subunit  33.96 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.122769 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2954  DNA polymerase beta subunit  33.67 
 
 		 133 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4418  DNA polymerase beta subunit  31.9 
 
 		 148 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.234666 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0825  DNA polymerase beta subunit  28.36 
 
 		 140 aa  52  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.453012  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1769  hypothetical protein  33.64 
 
 		 292 aa  51.2  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.026632  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  26.61 
 
 		 135 aa  50.8  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5679  putative nucleotidyltransferase  27.52 
 
 		 135 aa  50.8  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0666104  decreased coverage  0.000482275 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2195  DNA polymerase beta domain protein region  34.65 
 
 		 145 aa  50.8  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000295232  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1936  putative nucleotidyltransferase  42.7 
 
 		 107 aa  50.1  0.000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1105  DNA polymerase beta subunit  34.95 
 
 		 162 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00137564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2946  DNA polymerase beta subunit  35.65 
 
 		 131 aa  50.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2973  DNA polymerase beta subunit  35.62 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1999  DNA polymerase beta domain protein region  29.27 
 
 		 155 aa  49.3  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.95495  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0295  DNA polymerase beta domain protein region  32.18 
 
 		 98 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0284  DNA polymerase beta domain protein region  30.53 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3654  hypothetical protein  32.48 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.544333  normal  0.731043 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1252  DNA polymerase beta domain protein region  32.32 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.859255 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1397  DNA polymerase beta domain protein region  30.43 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0347326  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1972  DNA polymerase beta domain protein region  30.34 
 
 		 131 aa  47.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18731 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0755  DNA polymerase beta subunit  33.75 
 
 		 123 aa  47.8  0.00006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0372  DNA polymerase beta subunit  30.56 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000034054  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2734  DNA polymerase beta domain protein region  38.46 
 
 		 144 aa  47  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174135  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1816  hypothetical protein  28.41 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000972669  normal  0.858588 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0428  DNA polymerase, beta-like region  36.59 
 
 		 153 aa  46.6  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0480568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  30.83 
 
 		 143 aa  46.6  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0545  DNA polymerase beta domain protein region  31.07 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00116753  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  33.75 
 
 		 100 aa  45.4  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0185  DNA polymerase, beta-like region  32.28 
 
 		 150 aa  45.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.519951 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3165  hypothetical protein  34.72 
 
 		 139 aa  46.2  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  38.33 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1589  DNA polymerase beta domain protein region  28.15 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.382693  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  38.89 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0244  DNA polymerase beta domain protein region  33.68 
 
 		 131 aa  44.7  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1316  nucleotidyltransferase  33.33 
 
 		 148 aa  44.7  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3015  DNA polymerase beta subunit  33.04 
 
 		 142 aa  44.3  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.914629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  39.29 
 
 		 97 aa  44.3  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0763  DNA polymerase beta domain protein region  26.47 
 
 		 111 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.667533  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2978  DNA polymerase beta domain protein region  31.31 
 
 		 217 aa  43.9  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1028  DNA polymerase beta domain protein region  32.32 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000129156  normal  0.703188 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1164  DNA polymerase beta subunit  34.83 
 
 		 113 aa  43.9  0.0008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1276  DNA polymerase beta subunit  34.65 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156571 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1563  DNA polymerase beta domain protein region  26.79 
 
 		 152 aa  42.7  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1471  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.764189  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2332  DNA polymerase beta subunit  29.51 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4484  DNA polymerase beta domain protein region  35.37 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2345  DNA polymerase beta domain protein region  24.44 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4528  DNA polymerase beta subunit  29.03 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.373361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3962  DNA polymerase beta domain protein region  40.96 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0997  DNA polymerase beta subunit  33.01 
 
 		 115 aa  42  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.995341  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  44.9 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  37.5 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  34.78 
 
 		 96 aa  42  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3028  hypothetical protein  41.86 
 
 		 59 aa  41.6  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0421336  normal  0.501717 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  31.03 
 
 		 97 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0515  DNA polymerase beta domain protein region  40.7 
 
 		 108 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0793119  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  42 
 
 		 100 aa  42  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  40.62 
 
 		 121 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3846  DNA polymerase beta subunit  35.29 
 
 		 121 aa  41.6  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000154582  unclonable  0.00000693944 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0347  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 102 aa  41.2  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1381  DNA polymerase beta domain protein region  25.96 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2165  DNA polymerase beta subunit  24.79 
 
 		 151 aa  41.2  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3260  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 152 aa  40.8  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  42.47 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3549  aminoglycoside resistance protein  45.83 
 
 		 327 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0399  DNA polymerase beta subunit  42.62 
 
 		 155 aa  40.8  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3203  DNA polymerase beta subunit  36 
 
 		 98 aa  40.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4099  hypothetical protein  31.91 
 
 		 129 aa  40.4  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.41555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1646  DNA polymerase beta domain protein region  34.72 
 
 		 113 aa  40  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0702167  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>