61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3165 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3165  hypothetical protein  100 
 
 		 139 aa  281  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1276  DNA polymerase beta subunit  38.66 
 
 		 129 aa  88.2  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156571 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2946  DNA polymerase beta subunit  35.77 
 
 		 131 aa  87.8  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0133  DNA polymerase beta subunit  37.7 
 
 		 131 aa  87.4  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  39.83 
 
 		 135 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1075  DNA polymerase beta subunit  33.05 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141135 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5679  putative nucleotidyltransferase  38.14 
 
 		 135 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0666104  decreased coverage  0.000482275 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1760  DNA polymerase beta domain protein region  39.52 
 
 		 135 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  40 
 
 		 132 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2244  DNA polymerase beta subunit  40.57 
 
 		 146 aa  77  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.521292  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2345  DNA polymerase beta domain protein region  34.13 
 
 		 144 aa  76.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2422  DNA polymerase beta subunit  40.78 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  36.22 
 
 		 143 aa  70.1  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2978  DNA polymerase beta domain protein region  34.21 
 
 		 217 aa  67  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1252  DNA polymerase beta domain protein region  34.21 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.859255 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2973  DNA polymerase beta subunit  41.76 
 
 		 132 aa  65.1  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1397  DNA polymerase beta domain protein region  34.48 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0347326  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0766  DNA polymerase beta subunit  38.96 
 
 		 139 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0551  DNA polymerase beta domain protein region  40.7 
 
 		 106 aa  58.2  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2332  DNA polymerase beta subunit  38.27 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1672  DNA polymerase beta domain protein region  31.67 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3253  DNA polymerase beta domain protein region  34.48 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1471  DNA polymerase beta domain protein region  38.96 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.764189  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1972  DNA polymerase beta domain protein region  32.91 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18731 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1668  DNA polymerase beta domain protein region  28.93 
 
 		 146 aa  52.4  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1816  hypothetical protein  32.47 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000972669  normal  0.858588 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4484  DNA polymerase beta domain protein region  35.79 
 
 		 146 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0331  hypothetical protein  32.93 
 
 		 134 aa  50.4  0.000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0231643  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4418  DNA polymerase beta subunit  33.73 
 
 		 148 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.234666 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1589  DNA polymerase beta domain protein region  35.29 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.382693  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0225  DNA polymerase beta domain protein region  28.87 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0763  DNA polymerase beta subunit  32.14 
 
 		 143 aa  47.4  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.122769 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1105  DNA polymerase beta subunit  41.03 
 
 		 162 aa  47  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00137564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2954  DNA polymerase beta subunit  30.28 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2567  DNA polymerase beta domain protein region  32.18 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2195  DNA polymerase beta domain protein region  31.37 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000295232  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0658  DNA polymerase beta subunit  34.72 
 
 		 137 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311195  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0755  DNA polymerase beta subunit  39.06 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0769  DNA polymerase beta subunit  36.26 
 
 		 140 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.452444 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1736  hypothetical protein  40.85 
 
 		 271 aa  44.7  0.0004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.76389  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3044  hypothetical protein  28.81 
 
 		 129 aa  44.3  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.137112  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0250  DNA polymerase beta subunit  37.08 
 
 		 137 aa  43.9  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0364  DNA polymerase beta subunit  33.03 
 
 		 148 aa  43.9  0.0007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2535  DNA polymerase, beta-like region  39.44 
 
 		 116 aa  43.5  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000686331  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3257  DNA polymerase, beta-like region  32.22 
 
 		 132 aa  43.5  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00329127  hitchhiker  2.42256e-16 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0758  DNA polymerase beta subunit  29.27 
 
 		 136 aa  43.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1370  DNA polymerase beta subunit  33.8 
 
 		 241 aa  42.4  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0334218 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4057  DNA polymerase beta domain protein region  30.67 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1044  DNA polymerase beta subunit  29.41 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0074  DNA polymerase beta subunit  32.14 
 
 		 167 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.649799  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2714  DNA polymerase, beta-like region  40.43 
 
 		 110 aa  41.6  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.505964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2352  DNA polymerase, beta-like region  30.86 
 
 		 148 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00951181  normal  0.0970434 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2147  DNA polymerase beta domain protein region  29.33 
 
 		 112 aa  40.8  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2165  DNA polymerase beta subunit  23.33 
 
 		 151 aa  40.8  0.007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  33.33 
 
 		 102 aa  40.8  0.007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0737  nucleotidyltransferase  30.36 
 
 		 107 aa  40.4  0.008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1316  nucleotidyltransferase  35.37 
 
 		 148 aa  40.4  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0829  DNA polymerase beta subunit  31.4 
 
 		 98 aa  40.4  0.008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.141069  normal  0.412533 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  27.17 
 
 		 96 aa  40.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1655  DNA polymerase beta domain protein region  62.5 
 
 		 128 aa  40  0.01  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>