77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3257 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_3257  DNA polymerase, beta-like region  100 
 
 		 132 aa  268  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00329127  hitchhiker  2.42256e-16 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0658  DNA polymerase beta subunit  67.42 
 
 		 137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311195  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0882  DNA polymerase beta subunit  45.74 
 
 		 156 aa  95.1  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293265 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2567  DNA polymerase beta domain protein region  32.35 
 
 		 141 aa  89.4  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0364  DNA polymerase beta subunit  40.6 
 
 		 148 aa  86.3  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1672  DNA polymerase beta domain protein region  36.75 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0769  DNA polymerase beta subunit  32 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.452444 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1678  DNA polymerase beta subunit  34.68 
 
 		 153 aa  67.8  0.00000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000143849  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0763  DNA polymerase beta subunit  33.59 
 
 		 143 aa  67.4  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.122769 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2352  DNA polymerase, beta-like region  32 
 
 		 148 aa  67.4  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00951181  normal  0.0970434 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2244  DNA polymerase beta subunit  31.43 
 
 		 146 aa  66.6  0.00000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.521292  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1736  hypothetical protein  29.73 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.76389  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4418  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.234666 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0178  DNA polymerase, beta-like region  36.52 
 
 		 163 aa  65.5  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0107452  normal  0.933077 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0250  DNA polymerase beta subunit  33.91 
 
 		 137 aa  63.5  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2563  DNA polymerase beta domain protein region  30 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0074  DNA polymerase beta subunit  35.29 
 
 		 167 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.649799  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1668  DNA polymerase beta domain protein region  31.53 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2558  DNA polymerase beta domain protein region  28.91 
 
 		 157 aa  61.6  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1861  DNA polymerase beta subunit  34.56 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1760  DNA polymerase beta domain protein region  37.36 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  34.29 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1370  DNA polymerase beta subunit  32.99 
 
 		 241 aa  53.5  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0334218 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0225  DNA polymerase beta domain protein region  35.42 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0825  DNA polymerase beta subunit  25.78 
 
 		 140 aa  52.4  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.453012  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1316  nucleotidyltransferase  30.7 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2422  DNA polymerase beta subunit  31.4 
 
 		 135 aa  51.6  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1105  DNA polymerase beta subunit  37 
 
 		 162 aa  51.2  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00137564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1422  DNA polymerase beta subunit  37.27 
 
 		 123 aa  50.8  0.000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.747879  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1075  DNA polymerase beta subunit  38.54 
 
 		 132 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141135 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2195  DNA polymerase beta domain protein region  31.15 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000295232  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2946  DNA polymerase beta subunit  42.39 
 
 		 131 aa  49.3  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2332  DNA polymerase beta subunit  34.52 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1276  DNA polymerase beta subunit  38.6 
 
 		 129 aa  47.8  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156571 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  27.78 
 
 		 135 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0185  DNA polymerase, beta-like region  30.17 
 
 		 150 aa  47.8  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.519951 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1252  DNA polymerase beta domain protein region  30.63 
 
 		 136 aa  47.8  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.859255 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4528  DNA polymerase beta subunit  29.09 
 
 		 152 aa  47  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.373361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0766  DNA polymerase, beta-like region  28.57 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.576445  normal  0.367206 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0295  DNA polymerase beta domain protein region  32.95 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3654  hypothetical protein  35.11 
 
 		 137 aa  46.2  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.544333  normal  0.731043 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5679  putative nucleotidyltransferase  28.89 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0666104  decreased coverage  0.000482275 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1397  DNA polymerase beta domain protein region  33.68 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0347326  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1972  DNA polymerase beta domain protein region  27.56 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18731 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0545  DNA polymerase beta domain protein region  30.19 
 
 		 135 aa  45.8  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00116753  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0284  DNA polymerase beta domain protein region  32.56 
 
 		 99 aa  45.4  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0209  hypothetical protein  27.5 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.184699  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0133  DNA polymerase beta subunit  37.11 
 
 		 131 aa  44.7  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1589  DNA polymerase beta domain protein region  30.23 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.382693  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2734  DNA polymerase beta domain protein region  34.57 
 
 		 144 aa  44.7  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174135  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1936  putative nucleotidyltransferase  41.76 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2954  DNA polymerase beta subunit  28.7 
 
 		 133 aa  44.3  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1772  DNA polymerase beta domain protein region  35.44 
 
 		 99 aa  43.9  0.0007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3165  hypothetical protein  32.22 
 
 		 139 aa  43.5  0.0009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2978  DNA polymerase beta domain protein region  29.91 
 
 		 217 aa  43.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  32.76 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2345  DNA polymerase beta domain protein region  27.78 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0428  DNA polymerase, beta-like region  35.44 
 
 		 153 aa  42.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0480568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0943  DNA polymerase beta subunit  29.66 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.31536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3028  hypothetical protein  45.65 
 
 		 59 aa  42  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0421336  normal  0.501717 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0755  DNA polymerase beta subunit  31.25 
 
 		 123 aa  41.6  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4000  DNA polymerase beta domain protein region  26.15 
 
 		 145 aa  41.6  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0347  DNA polymerase beta domain protein region  37.8 
 
 		 102 aa  41.2  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0502  DNA polymerase beta domain protein region  37.18 
 
 		 124 aa  41.2  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0372  DNA polymerase beta subunit  27.12 
 
 		 141 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000034054  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3253  DNA polymerase beta domain protein region  32.14 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0282  DNA polymerase beta subunit  34.62 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1471  DNA polymerase beta domain protein region  34.57 
 
 		 139 aa  40.8  0.006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.764189  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0244  DNA polymerase beta domain protein region  29.29 
 
 		 131 aa  40.8  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3044  hypothetical protein  23.26 
 
 		 129 aa  40.4  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.137112  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4099  hypothetical protein  30.77 
 
 		 129 aa  40.8  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.41555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1588  hypothetical protein  32 
 
 		 146 aa  40.8  0.007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3846  DNA polymerase beta subunit  34.88 
 
 		 121 aa  40.4  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000154582  unclonable  0.00000693944 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1563  DNA polymerase beta domain protein region  27.68 
 
 		 152 aa  40.4  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1816  hypothetical protein  24.19 
 
 		 133 aa  40.4  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000972669  normal  0.858588 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0515  DNA polymerase beta domain protein region  34.94 
 
 		 108 aa  40  0.009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0793119  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3015  DNA polymerase beta subunit  28.46 
 
 		 142 aa  40  0.009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.914629  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>