41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1397 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1397  DNA polymerase beta domain protein region  100 
 
 		 134 aa  273  4e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0347326  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2978  DNA polymerase beta domain protein region  54.76 
 
 		 217 aa  131  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1252  DNA polymerase beta domain protein region  55.08 
 
 		 136 aa  127  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.859255 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0269  nucleotidyltransferase  38.52 
 
 		 135 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5679  putative nucleotidyltransferase  37.78 
 
 		 135 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0666104  decreased coverage  0.000482275 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2281  nucleotidyltransferase  39.47 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0106509  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1276  DNA polymerase beta subunit  36.36 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000156571 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1760  DNA polymerase beta domain protein region  39.32 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2422  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1075  DNA polymerase beta subunit  34.43 
 
 		 132 aa  67  0.00000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141135 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0893  DNA polymerase beta domain-containing protein region  32.12 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2946  DNA polymerase beta subunit  34.35 
 
 		 131 aa  58.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3165  hypothetical protein  34.48 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0133  DNA polymerase beta subunit  33.87 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2345  DNA polymerase beta domain protein region  31.15 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1678  DNA polymerase beta subunit  35.42 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000143849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0658  DNA polymerase beta subunit  30.43 
 
 		 137 aa  48.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000311195  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1316  nucleotidyltransferase  32.41 
 
 		 148 aa  45.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3257  DNA polymerase, beta-like region  33.68 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00329127  hitchhiker  2.42256e-16 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2244  DNA polymerase beta subunit  32.63 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.521292  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2954  DNA polymerase beta subunit  30.7 
 
 		 133 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0825  DNA polymerase beta subunit  27.21 
 
 		 140 aa  45.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.453012  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0225  DNA polymerase beta domain protein region  34.12 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2332  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2563  DNA polymerase beta domain protein region  30.19 
 
 		 133 aa  44.7  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2567  DNA polymerase beta domain protein region  27.06 
 
 		 141 aa  44.7  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0763  DNA polymerase beta subunit  30.85 
 
 		 143 aa  44.7  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.122769 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2558  DNA polymerase beta domain protein region  29.25 
 
 		 157 aa  43.9  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4418  DNA polymerase beta subunit  31.52 
 
 		 148 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.234666 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1672  DNA polymerase beta domain protein region  27.64 
 
 		 146 aa  43.9  0.0009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  38.81 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0882  DNA polymerase beta subunit  29.67 
 
 		 156 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000293265 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1861  DNA polymerase beta subunit  28.33 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  39.66 
 
 		 96 aa  42  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1668  DNA polymerase beta domain protein region  32.05 
 
 		 146 aa  41.2  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2734  DNA polymerase beta domain protein region  50 
 
 		 144 aa  41.6  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174135  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  37.93 
 
 		 96 aa  41.2  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  35.44 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2738  DNA polymerase beta domain protein region  58.06 
 
 		 109 aa  40.8  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.474404 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2973  DNA polymerase beta subunit  34.15 
 
 		 132 aa  40.8  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  34.78 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>